seq1 = pF1KE1964.tfa, 1584 bp
seq2 = pF1KE1964/gi568815590f_144397195.tfa (gi568815590f:144397195_144601900), 204706 bp

>pF1KE1964 1584
>gi568815590f:144397195_144601900 (Chr8)

1-259  (100001-100259)   100% ->
260-330  (101576-101646)   100% ->
331-476  (101722-101867)   100% ->
477-580  (102902-103005)   100% ->
581-705  (103073-103197)   100% ->
706-831  (103293-103418)   100% ->
832-907  (103492-103567)   100% ->
908-1037  (103648-103777)   100% ->
1038-1203  (103935-104100)   100% ->
1204-1584  (104326-104706)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGAGCACCTGGAGCTGCTGGCAGAGATGCCCATGGTGGGCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGAGCACCTGGAGCTGCTGGCAGAGATGCCCATGGTGGGCAGGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCACACAGGAGCGGCTGAAGCATGCCCAGAAGCGGCGCGCCCAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGCACACAGGAGCGGCTGAAGCATGCCCAGAAGCGGCGCGCCCAGCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAAGATGTGGGCCCAGGCTGAGAAGGAGGCCCAGGGCAAGAAGGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAAGATGTGGGCCCAGGCTGAGAAGGAGGCCCAGGGCAAGAAGGGTCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGGAGCGTCCCCGGAAGGAGGCAGCCAGCCAAGGGCTCCTGAAGCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGGAGCGTCCCCGGAAGGAGGCAGCCAGCCAAGGGCTCCTGAAGCAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTCTTCCCTCCCAGTGTTGTCCTTCTGGAGGCCGCTGCCCGAAATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTCTTCCCTCCCAGTGTTGTCCTTCTGGAGGCCGCTGCCCGAAATGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGAAGAAG         TCCGCCAGTTCCTTGGGAGTGGGGTCAGCCCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGAAGAAGGTG...CAGTCCGCCAGTTCCTTGGGAGTGGGGTCAGCCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GACTTGGCCAACGAGGACGGCCTGACGGCCCTGCACCAG         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101608 GACTTGGCCAACGAGGACGGCCTGACGGCCCTGCACCAGGTC...CAGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTGCATTGATGATTTCCGAGAGATGGTGCAGCAGCTCCTGGAGGCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101724 CTGCATTGATGATTTCCGAGAGATGGTGCAGCAGCTCCTGGAGGCTGGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAACATCAATGCCTGTGACAGTGAGTGCTGGACGCCTCTGCATGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101774 CCAACATCAATGCCTGTGACAGTGAGTGCTGGACGCCTCTGCATGCTGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCACCTGCGGCCACCTGCACCTGGTGGAGCTGCTCATCGCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101824 GCCACCTGCGGCCACCTGCACCTGGTGGAGCTGCTCATCGCCAGGTA...

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    477    TGGCGCCAATCTCCTGGCGGTCAACACCGACGGGAACATGCCCTATG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102899 CAGTGGCGCCAATCTCCTGGCGGTCAACACCGACGGGAACATGCCCTATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACCTGTGTGATGATGAGCAGACGCTGGACTGCCTGGAGACTGCCATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102949 ACCTGTGTGATGATGAGCAGACGCTGGACTGCCTGGAGACTGCCATGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GACCGTG         GCATCACCCAGGACAGCATCGAGGCCGCCCGGGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102999 GACCGTGGTA...CAGGCATCACCCAGGACAGCATCGAGGCCGCCCGGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGTGCCAGAACTGCGCATGCTGGACGACATCCGGAGCCGGCTGCAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103107 CGTGCCAGAACTGCGCATGCTGGACGACATCCGGAGCCGGCTGCAGGCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGGCAGACCTCCATGCCCCCCTGGACCACGGGGCCACGCTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 103157 GGGCAGACCTCCATGCCCCCCTGGACCACGGGGCCACGCTGGTG...CAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGCACGTCGCAGCCGCCAACGGGTTCAGCGAGGCGGCTGCCCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103293 CTGCACGTCGCAGCCGCCAACGGGTTCAGCGAGGCGGCTGCCCTGCTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGAACACCGAGCCAGCCTGAGCGCTAAGGACCAAGACGGCTGGGAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103343 GGAACACCGAGCCAGCCTGAGCGCTAAGGACCAAGACGGCTGGGAGCCGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGCACGCCGCGGCCTACTGGGGCCAG         GTGCCCCTGGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 103393 TGCACGCCGCGGCCTACTGGGGCCAGGTG...CAGGTGCCCCTGGTGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTGCTCGTGGCGCACGGGGCCGACCTGAACGCAAAGTCCCTGATGGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103507 CTGCTCGTGGCGCACGGGGCCGACCTGAACGCAAAGTCCCTGATGGACGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GACGCCCCTTG         ATGTGTGCGGGGACGAGGAGGTGCGGGCCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103557 GACGCCCCTTGGTG...CAGATGTGTGCGGGGACGAGGAGGTGCGGGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGCTGCTGGAGCTGAAGCACAAGCACGACGCCCTCCTGCGCGCCCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103678 AGCTGCTGGAGCTGAAGCACAAGCACGACGCCCTCCTGCGCGCCCAGAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CGCCAGCGCTCCTTGCTGCGCCGCCGCACCTCCAGCGCCGGCAGCCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103728 CGCCAGCGCTCCTTGCTGCGCCGCCGCACCTCCAGCGCCGGCAGCCGCGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038          GAAGGTGGTGAGGCGGGTGAGCCTAACCCAGCGCACCGACC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103778 GTG...CAGGAAGGTGGTGAGGCGGGTGAGCCTAACCCAGCGCACCGACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGTACCGCAAGCAGCACGCCCAGGAGGCCATCGTGTGGCAACAGCCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103976 TGTACCGCAAGCAGCACGCCCAGGAGGCCATCGTGTGGCAACAGCCGCCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CCCACCAGCCCGGAGCCGCCCGAGGACAACGATGACCGCCAGACAGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104026 CCCACCAGCCCGGAGCCGCCCGAGGACAACGATGACCGCCAGACAGGCGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGAGCTCAGGCCGCCGCCCCCGGAG         GAGGACAACCCCGAAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 104076 AGAGCTCAGGCCGCCGCCCCCGGAGGTG...CAGGAGGACAACCCCGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGGTCAGGCCGCACAATGGCCGAGTAGGGGGCTCCCCAGTGCGGCATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104342 TGGTCAGGCCGCACAATGGCCGAGTAGGGGGCTCCCCAGTGCGGCATCTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TACTCCAAGCGACTAGACCGGAGTGTCTCCTACCAGCTGAGCCCCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104392 TACTCCAAGCGACTAGACCGGAGTGTCTCCTACCAGCTGAGCCCCCTGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CAGCACCACCCCCCACACCCTGGTCCACGACAAGGCCCACCACACCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104442 CAGCACCACCCCCCACACCCTGGTCCACGACAAGGCCCACCACACCCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CTGACCTGAAGCGCCAGCGAGCTGCTGCCAAGCTGCAGCGACCCCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104492 CTGACCTGAAGCGCCAGCGAGCTGCTGCCAAGCTGCAGCGACCCCCACCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GAGGGGCCCGAGAGCCCTGAGACAGCTGAGCCTGGCCTGCCTGGTGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104542 GAGGGGCCCGAGAGCCCTGAGACAGCTGAGCCTGGCCTGCCTGGTGACAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GGTGACCCCCCAGCCTGACTGTGGCTTCAGGGCAGGCGGGGACCCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104592 GGTGACCCCCCAGCCTGACTGTGGCTTCAGGGCAGGCGGGGACCCACCCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TGCTCAAGCTCACAGCCCCGGCGGTGGAGGCTCCCGTGGAGAGGAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104642 TGCTCAAGCTCACAGCCCCGGCGGTGGAGGCTCCCGTGGAGAGGAGGCCG

   1650     .    :    .
   1570 TGCTGCCTGCTCATG
        |||||||||||||||
 104692 TGCTGCCTGCTCATG