seq1 = pF1KE1963.tfa, 1572 bp
seq2 = pF1KE1963/gi568815587r_2064236.tfa (gi568815587r:2064236_2271786), 207551 bp

>pF1KE1963 1572
>gi568815587r:2064236_2271786 (Chr11)

(complement)

1-90  (100001-100090)   100% ->
91-171  (101017-101097)   100% ->
172-393  (101916-102137)   99% ->
394-568  (103122-103296)   100% ->
569-657  (103608-103696)   100% ->
658-725  (103854-103921)   100% ->
726-776  (104302-104352)   100% ->
777-922  (104755-104900)   100% ->
923-1058  (105019-105154)   100% ->
1059-1128  (105238-105307)   100% ->
1129-1185  (105729-105785)   100% ->
1186-1281  (106024-106119)   100% ->
1282-1415  (106422-106555)   100% ->
1416-1572  (107395-107551)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCACCCCCGACGCCACCACGCCACAGGCCAAGGGCTTCCGCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCACCCCCGACGCCACCACGCCACAGGCCAAGGGCTTCCGCAGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTGTCTGAGCTGGACGCCAAGCAGGCAGAGGCCATCATG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100051 CGTGTCTGAGCTGGACGCCAAGCAGGCAGAGGCCATCATGGTA...CAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCGCCCCGGGGCCCAGCCTCACAGGCTCTCCGTGGCCTGGAACTGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101018 GCGCCCCGGGGCCCAGCCTCACAGGCTCTCCGTGGCCTGGAACTGCAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCAGCTGCATCCTACACCCCCACCCCAAGG         TCCCCGCGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101068 CCAGCTGCATCCTACACCCCCACCCCAAGGGTA...CAGTCCCCGCGGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CATTGGGCGCAGGCAGAGCCTCATCGAGGACGCCCGCAAGGAGCGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101927 CATTGGGCGCAGGCAGAGCCTCATCGAGGACGCCCGCAAGGAGCGGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CGGCGGTGGCAGCAGCGGCCGCTGCAGTCCCCTCGGAGCCCGGGGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101977 CGGCGGTGGCAGCAGCGGCCGCTGCAGTCCCCTCGGAGCCCGGGGACCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGGAGGCTGTGGCCTTTGAGGAGAAGGAGGGGAAGGCCATGCTAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 102027 CTGGAGGCTGTGGCCTTTGAGGAGAAGGAGGGGAAGGCCGTGCTAAACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTCTTCTCCCCGAGGGCCACCAAGCCCTCGGCGCTGTCCCGAGCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102077 GCTCTTCTCCCCGAGGGCCACCAAGCCCTCGGCGCTGTCCCGAGCTGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGTGTTTGAG         ACGTTTGAAGCCAAAATCCACCATCTAGAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102127 AGGTGTTTGAGGTG...AAGACGTTTGAAGCCAAAATCCACCATCTAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCCGGCCCGCCCAGAGGCCGCGAGCTGGGGGCCCCCACCTGGAGTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103152 ACCCGGCCCGCCCAGAGGCCGCGAGCTGGGGGCCCCCACCTGGAGTACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGTGCGCCTCGAGGTGCGCCGAGGGGACCTGGCCGCCCTGCTCAGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103202 CGTGCGCCTCGAGGTGCGCCGAGGGGACCTGGCCGCCCTGCTCAGTGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGCGCCAGGTGTCAGAGGACGTGCGCAGCCCCGCGGGGCCCAAGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103252 TGCGCCAGGTGTCAGAGGACGTGCGCAGCCCCGCGGGGCCCAAGGGTG..

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    569     TCCCCTGGTTCCCAAGAAAAGTGTCAGAGCTGGACAAGTGTCATCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103302 .AAGTCCCCTGGTTCCCAAGAAAAGTGTCAGAGCTGGACAAGTGTCATCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCTGGTCACCAAGTTCGACCCTGACCTGGACTTGGACCACCCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103654 CCTGGTCACCAAGTTCGACCCTGACCTGGACTTGGACCACCCGGTG...C

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    658   GGCTTCTCGGACCAGGTGTACCGCCAGCGCAGGAAGCTGATTGCTGAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103852 AGGGCTTCTCGGACCAGGTGTACCGCCAGCGCAGGAAGCTGATTGCTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATCGCCTTCCAGTACAGGCA         CGGCGACCCGATTCCCCGTGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103902 ATCGCCTTCCAGTACAGGCAGTG...CAGCGGCGACCCGATTCCCCGTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGAGTACACCGCCGAGGAGATTGCCACCTG         GAAGGAGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 104323 GGAGTACACCGCCGAGGAGATTGCCACCTGGTG...CAGGAAGGAGGTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACACCACGCTGAAGGGCCTCTACGCCACGCACGCCTGCGGGGAGCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104766 ACACCACGCTGAAGGGCCTCTACGCCACGCACGCCTGCGGGGAGCACCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAGGCCTTTGCTTTGCTGGAGCGCTTCAGCGGCTACCGGGAAGACAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104816 GAGGCCTTTGCTTTGCTGGAGCGCTTCAGCGGCTACCGGGAAGACAATAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCCCCAGCTGGAGGACGTCTCCCGCTTCCTGAAGG         AGCGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 104866 CCCCCAGCTGGAGGACGTCTCCCGCTTCCTGAAGGGTG...CAGAGCGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CGGGCTTCCAGCTGCGGCCTGTGGCCGGCCTGCTGTCCGCCCGGGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105025 CGGGCTTCCAGCTGCGGCCTGTGGCCGGCCTGCTGTCCGCCCGGGACTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTGGCCAGCCTGGCCTTCCGCGTGTTCCAGTGCACCCAGTATATCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105075 CTGGCCAGCCTGGCCTTCCGCGTGTTCCAGTGCACCCAGTATATCCGCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CGCGTCCTCGCCCATGCACTCCCCTGAGCC         GGACTGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 105125 CGCGTCCTCGCCCATGCACTCCCCTGAGCCGTG...CAGGGACTGCTGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ACGAGCTGCTGGGGCACGTGCCCATGCTGGCCGACCGCACCTTCGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105249 ACGAGCTGCTGGGGCACGTGCCCATGCTGGCCGACCGCACCTTCGCGCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TTCTCGCAG         GACATTGGCCTGGCGTCCCTGGGGGCCTCGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 105299 TTCTCGCAGGTA...CAGGACATTGGCCTGGCGTCCCTGGGGGCCTCGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGAGGAAATTGAGAAGCTGTCCACG         CTGTACTGGTTCACGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105761 TGAGGAAATTGAGAAGCTGTCCACGGTG...CAGCTGTACTGGTTCACGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TGGAGTTCGGGCTGTGTAAGCAGAACGGGGAGGTGAAGGCCTATGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106040 TGGAGTTCGGGCTGTGTAAGCAGAACGGGGAGGTGAAGGCCTATGGTGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GGGCTGCTGTCCTCCTACGGGGAGCTCCTG         CACTGCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 106090 GGGCTGCTGTCCTCCTACGGGGAGCTCCTGGTG...CAGCACTGCCTGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TGAGGAGCCTGAGATTCGGGCCTTCGACCCTGAGGCTGCGGCCGTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106433 TGAGGAGCCTGAGATTCGGGCCTTCGACCCTGAGGCTGCGGCCGTGCAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CCTACCAAGACCAGACGTACCAGTCAGTCTACTTCGTGTCTGAGAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106483 CCTACCAAGACCAGACGTACCAGTCAGTCTACTTCGTGTCTGAGAGCTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 AGTGACGCCAAGGACAAGCTCAG         GAGCTATGCCTCACGCAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106533 AGTGACGCCAAGGACAAGCTCAGGTG...CAGGAGCTATGCCTCACGCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CCAGCGCCCCTTCTCCGTGAAGTTCGACCCGTACACGCTGGCCATCGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107413 CCAGCGCCCCTTCTCCGTGAAGTTCGACCCGTACACGCTGGCCATCGACG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TGCTGGACAGCCCCCAGGCCGTGCGGCGCTCCCTGGAGGGTGTCCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107463 TGCTGGACAGCCCCCAGGCCGTGCGGCGCTCCCTGGAGGGTGTCCAGGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .
   1534 GAGCTGGACACCCTTGCCCATGCGCTGAGTGCCATTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107513 GAGCTGGACACCCTTGCCCATGCGCTGAGTGCCATTGGC