seq1 = pF1KE1962.tfa, 1581 bp
seq2 = pF1KE1962/gi568815587f_34339014.tfa (gi568815587f:34339014_34571430), 232417 bp

>pF1KE1962 1581
>gi568815587f:34339014_34571430 (Chr11)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-238  (110179-110350)   100% ->
239-349  (111975-112085)   100% ->
350-480  (113064-113194)   100% ->
481-585  (114077-114181)   100% ->
586-711  (114788-114913)   100% ->
712-903  (116998-117189)   100% ->
904-1056  (117652-117804)   100% ->
1057-1195  (122238-122376)   100% ->
1196-1326  (125092-125222)   100% ->
1327-1434  (129275-129382)   100% ->
1435-1518  (131945-132028)   100% ->
1519-1581  (132355-132417)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGACAGCCGGGATCCCGCCAGCGACCAGATGCAGCACTGGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGACAGCCGGGATCCCGCCAGCGACCAGATGCAGCACTGGAAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCGGGCCGCGCAG         AAAGCTGATGTCCTGACCACTGGAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGCGGGCCGCGCAGGTA...TAGAAAGCTGATGTCCTGACCACTGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGGTAACCCAGTAGGAGACAAACTTAATGTTATTACAGTAGGGCCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110204 CTGGTAACCCAGTAGGAGACAAACTTAATGTTATTACAGTAGGGCCCCGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGCCCCTTCTTGTTCAGGATGTGGTTTTCACTGATGAAATGGCTCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110254 GGGCCCCTTCTTGTTCAGGATGTGGTTTTCACTGATGAAATGGCTCATTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGACCGAGAGAGAATTCCTGAGAGAGTTGTGCATGCTAAAGGAGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 110304 TGACCGAGAGAGAATTCCTGAGAGAGTTGTGCATGCTAAAGGAGCAGGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    239       GGGCCTTTGGCTACTTTGAGGTCACACATGACATTACCAAATAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110354 ...TAGGGGCCTTTGGCTACTTTGAGGTCACACATGACATTACCAAATAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCCAAGGCAAAGGTATTTGAGCATATTGGAAAGAAGACTCCCATCGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112019 TCCAAGGCAAAGGTATTTGAGCATATTGGAAAGAAGACTCCCATCGCAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCGGTTCTCCACTGTTG         CTGGAGAATCGGGTTCAGCTGACA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 112069 TCGGTTCTCCACTGTTGGTA...TAGCTGGAGAATCGGGTTCAGCTGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGTTCGGGACCCTCGTGGGTTTGCAGTGAAATTTTACACAGAAGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113088 CAGTTCGGGACCCTCGTGGGTTTGCAGTGAAATTTTACACAGAAGATGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AACTGGGATCTCGTTGGAAATAACACCCCCATTTTCTTCATCAGGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113138 AACTGGGATCTCGTTGGAAATAACACCCCCATTTTCTTCATCAGGGATCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATATTG         TTTCCATCTTTTATCCACAGCCAAAAGAGAAATC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113188 CATATTGGTA...TAGTTTCCATCTTTTATCCACAGCCAAAAGAGAAATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTCAGACACATCTGAAGGATCCGGACATGGTCTGGGACTTCTGGAGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114111 CTCAGACACATCTGAAGGATCCGGACATGGTCTGGGACTTCTGGAGCCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGTCCTGAGTCTCTGCATCAG         GTTTCTTTCTTGTTCAGTGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 114161 CGTCCTGAGTCTCTGCATCAGGTA...TAGGTTTCTTTCTTGTTCAGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCGGGGGATTCCAGATGGACATCGCCACATGAATGGATATGGATCACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114808 TCGGGGGATTCCAGATGGACATCGCCACATGAATGGATATGGATCACATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTTTCAAGCTGGTTAATGCAAATGGGGAGGCAGTTTATTGCAAATTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114858 CTTTCAAGCTGGTTAATGCAAATGGGGAGGCAGTTTATTGCAAATTCCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TATAAG         ACTGACCAGGGCATCAAAAACCTTTCTGTTGAAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114908 TATAAGGTA...TAGACTGACCAGGGCATCAAAAACCTTTCTGTTGAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGCGGCGAGACTTTCCCAGGAAGATCCTGACTATGGCATCCGGGATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117033 TGCGGCGAGACTTTCCCAGGAAGATCCTGACTATGGCATCCGGGATCTTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTAACGCCATTGCCACAGGAAAGTACCCCTCCTGGACTTTTTACATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117083 TTAACGCCATTGCCACAGGAAAGTACCCCTCCTGGACTTTTTACATCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTCATGACATTTAATCAGGCAGAAACTTTTCCATTTAATCCATTCGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117133 GTCATGACATTTAATCAGGCAGAAACTTTTCCATTTAATCCATTCGATCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CACCAAG         GTTTGGCCTCACAAGGACTACCCTCTCATCCCAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117183 CACCAAGGTG...CAGGTTTGGCCTCACAAGGACTACCCTCTCATCCCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTGGTAAACTGGTCTTAAACCGGAATCCAGTTAATTACTTTGCTGAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117686 TTGGTAAACTGGTCTTAAACCGGAATCCAGTTAATTACTTTGCTGAGGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAACAGATAGCCTTCGACCCAAGCAACATGCCACCTGGCATTGAGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117736 GAACAGATAGCCTTCGACCCAAGCAACATGCCACCTGGCATTGAGGCCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TCCTGACAAAATGCTTCAG         GGCCGCCTTTTTGCCTATCCTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 117786 TCCTGACAAAATGCTTCAGGTG...CAGGGCCGCCTTTTTGCCTATCCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACACTCACCGCCATCGCCTGGGACCCAATTATCTTCATATACCTGTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122260 ACACTCACCGCCATCGCCTGGGACCCAATTATCTTCATATACCTGTGAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TGTCCCTACCGTGCTCGAGTGGCCAACTACCAGCGTGACGGCCCGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122310 TGTCCCTACCGTGCTCGAGTGGCCAACTACCAGCGTGACGGCCCGATGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CATGCAGGACAATCAGG         GTGGTGCTCCAAATTACTACCCCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 122360 CATGCAGGACAATCAGGGTA...AAGGTGGTGCTCCAAATTACTACCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ACAGCTTTGGTGCTCCGGAACAACAGCCTTCTGCCCTGGAGCACAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125116 ACAGCTTTGGTGCTCCGGAACAACAGCCTTCTGCCCTGGAGCACAGCATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CAATATTCTGGAGAAGTGCGGAGATTCAACACTGCCAATGATGATAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125166 CAATATTCTGGAGAAGTGCGGAGATTCAACACTGCCAATGATGATAACGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TACTCAG         GTGCGGGCATTCTATGTGAACGTGCTGAATGAGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125216 TACTCAGGTA...CAGGTGCGGGCATTCTATGTGAACGTGCTGAATGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AACAGAGGAAACGTCTGTGTGAGAACATTGCCGGCCACCTGAAGGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129309 AACAGAGGAAACGTCTGTGTGAGAACATTGCCGGCCACCTGAAGGATGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CAAATTTTCATCCAGAAGAAAGCG         GTCAAGAACTTCACTGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 129359 CAAATTTTCATCCAGAAGAAAGCGGTG...TAGGTCAAGAACTTCACTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GGTCCACCCTGACTACGGGAGCCACATCCAGGCTCTTCTGGACAAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131962 GGTCCACCCTGACTACGGGAGCCACATCCAGGCTCTTCTGGACAAGTACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 ATGCTGAGAAGCCTAAG         AATGCGATTCACACCTTTGTGCAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 132012 ATGCTGAGAAGCCTAAGGTA...CAGAATGCGATTCACACCTTTGTGCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .
   1543 TCCGGATCTCACTTGGCGGCAAGGGAGAAGGCAAATCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132379 TCCGGATCTCACTTGGCGGCAAGGGAGAAGGCAAATCTG