seq1 = pF1KE1960.tfa, 1566 bp
seq2 = pF1KE1960/gi568815596f_201085778.tfa (gi568815596f:201085778_201317738), 231961 bp

>pF1KE1960 1566
>gi568815596f:201085778_201317738 (Chr2)

1-347  (100001-100347)   100% ->
348-441  (101929-102022)   100% ->
442-577  (107207-107342)   100% ->
578-684  (110065-110171)   100% ->
685-721  (117953-117989)   100% ->
722-813  (120105-120196)   100% ->
814-922  (122298-122406)   100% ->
923-1415  (123293-123785)   99% ->
1416-1566  (131811-131961)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAATCTCAAGGTCAACATTGGTATTCCAGTTCAGATAAAAACTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAATCTCAAGGTCAACATTGGTATTCCAGTTCAGATAAAAACTGTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTGAGCTTTCGTGAGAAGCTTCTGATTATTGATTCAAACCTGGGGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTGAGCTTTCGTGAGAAGCTTCTGATTATTGATTCAAACCTGGGGGTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGATGTGGAGAACCTCAAGTTTCTCTGCATAGGATTGGTCCCCAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGATGTGGAGAACCTCAAGTTTCTCTGCATAGGATTGGTCCCCAACAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGCTGGAGAAGTCCAGCTCAGCCTCAGATGTTTTTGAACATCTCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGCTGGAGAAGTCCAGCTCAGCCTCAGATGTTTTTGAACATCTCTTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGAGGATCTGCTGAGTGAGGAAGACCCTTTCTTCCTGGCAGAACTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGAGGATCTGCTGAGTGAGGAAGACCCTTTCTTCCTGGCAGAACTCCTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATATCATACGGCAGAAGAAGCTGCTGCAGCACCTCAACTGTACCAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATATCATACGGCAGAAGAAGCTGCTGCAGCACCTCAACTGTACCAAAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAAGTGGAGCGACTGCTGCCCACCCGACAAAGGGTTTCTCTGTTTAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100301 GAAGTGGAGCGACTGCTGCCCACCCGACAAAGGGTTTCTCTGTTTAGGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    348       AAACCTGCTCTACGAACTGTCAGAAGGCATTGACTCAGAGAACT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ...TAGAAACCTGCTCTACGAACTGTCAGAAGGCATTGACTCAGAGAACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TAAAGGACATGATCTTCCTTCTGAAAGACTCGCTTCCCAAAACTGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101973 TAAAGGACATGATCTTCCTTCTGAAAGACTCGCTTCCCAAAACTGAAATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442          ACCTCCCTAAGTTTCCTGGCATTTCTAGAGAAACAAGGTAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102023 GTG...TAGACCTCCCTAAGTTTCCTGGCATTTCTAGAGAAACAAGGTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AATAGATGAAGATAATCTGACATGCCTGGAGGACCTCTGCAAAACAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107248 AATAGATGAAGATAATCTGACATGCCTGGAGGACCTCTGCAAAACAGTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TACCTAAACTTTTGAGAAACATAGAGAAATACAAAAGAGAGAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 107298 TACCTAAACTTTTGAGAAACATAGAGAAATACAAAAGAGAGAAAGGTA..

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    578     CTATCCAGATAGTGACACCTCCTGTAGACAAGGAAGCCGAGTCGTA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107348 .CAGCTATCCAGATAGTGACACCTCCTGTAGACAAGGAAGCCGAGTCGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCAAGGAGAGGAAGAACTAGTTTCCCAAACAGATGTTAAGACATTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110111 TCAAGGAGAGGAAGAACTAGTTTCCCAAACAGATGTTAAGACATTCTTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AAGCCTTACCG         CAGGAGTCCTGGCAAAATAAGCATGCAGGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 110161 AAGCCTTACCGGTA...CAGCAGGAGTCCTGGCAAAATAAGCATGCAGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGTAATG         GTAACAGAGCCACAAATGGTGCACCAAGCCTGGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117983 AGTAATGGTA...TAGGTAACAGAGCCACAAATGGTGCACCAAGCCTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTCCAGGGGGATGCAAGGAGCATCTGCTAACACTCTAAACTCTGAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120139 CTCCAGGGGGATGCAAGGAGCATCTGCTAACACTCTAAACTCTGAAACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCACAAAG         AGGGCAGCTGTGTACAGGATGAATCGGAACCAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 120189 GCACAAAGGTC...AAGAGGGCAGCTGTGTACAGGATGAATCGGAACCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGAGGCCTCTGTGTCATTGTCAACAACCACAGCTTTACCTCCCTGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122331 AGAGGCCTCTGTGTCATTGTCAACAACCACAGCTTTACCTCCCTGAAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAGACAAGGAACCCATAAAGATGCTG         AGATCCTGAGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 122381 CAGACAAGGAACCCATAAAGATGCTGGTA...CAGAGATCCTGAGTCATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGTTCCAGTGGCTTGGGTTCACAGTGCATATACACAATAATGTGACGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123308 TGTTCCAGTGGCTTGGGTTCACAGTGCATATACACAATAATGTGACGAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTGGAAATGGAGATGGTCCTGCAGAAGCAGAAGTGCAATCCAGCCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123358 GTGGAAATGGAGATGGTCCTGCAGAAGCAGAAGTGCAATCCAGCCCATGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CGACGGGGACTGCTTCGTGTTCTGTATTCTGACCCATGGGAGATTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123408 CGACGGGGACTGCTTCGTGTTCTGTATTCTGACCCATGGGAGATTTGGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CTGTCTACTCTTCGGATGAGGCCCTCATTCCCATTCGGGAGATCATGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123458 CTGTCTACTCTTCGGATGAGGCCCTCATTCCCATTCGGGAGATCATGTCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CACTTCACAGCCCTGCAGTGCCCTAGACTGGCTGAAAAACCTAAACTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123508 CACTTCACAGCCCTGCAGTGCCCTAGACTGGCTGAAAAACCTAAACTCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TTTCATCCAGGCCTGCCAAGGTGAAGAGATACAGCCTTCCATATCCATCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 123558 TTTCATCCAGGCCTGCCAAGGTGAAGAGATACAGCCTTCCGTATCCATCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AAGCAGATGCTCTGAACCCTGAGCAGGCACCCACTTCCCTGCAGGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123608 AAGCAGATGCTCTGAACCCTGAGCAGGCACCCACTTCCCTGCAGGACAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 ATTCCTGCCGAGGCTGACTTCCTACTTGGTCTGGCCACTGTCCCAGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123658 ATTCCTGCCGAGGCTGACTTCCTACTTGGTCTGGCCACTGTCCCAGGCTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TGTATCCTTTCGGCATGTGGAGGAAGGCAGCTGGTATATTCAGTCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123708 TGTATCCTTTCGGCATGTGGAGGAAGGCAGCTGGTATATTCAGTCTCTGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 GTAATCATCTGAAGAAATTGGTCCCAAG         ACATGAAGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 123758 GTAATCATCTGAAGAAATTGGTCCCAAGGTG...CAGACATGAAGACATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 TTATCCATCCTCACTGCTGTCAACGATGATGTGAGTCGAAGAGTGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131824 TTATCCATCCTCACTGCTGTCAACGATGATGTGAGTCGAAGAGTGGACAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 ACAGGGAACAAAGAAACAGATGCCCCAGCCTGCTTTCACACTAAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131874 ACAGGGAACAAAGAAACAGATGCCCCAGCCTGCTTTCACACTAAGGAAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .
   1529 AACTAGTATTCCCTGTGCCCCTGGATGCACTTTCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131924 AACTAGTATTCCCTGTGCCCCTGGATGCACTTTCATTA