seq1 = pF1KE1956.tfa, 1539 bp
seq2 = pF1KE1956/gi568815594f_25212810.tfa (gi568815594f:25212810_25469161), 256352 bp

>pF1KE1956 1539
>gi568815594f:25212810_25469161 (Chr4)

1-127  (100001-100127)   100% ->
128-246  (101237-101355)   100% ->
247-329  (102509-102591)   100% ->
330-605  (120374-120649)   100% ->
606-686  (121099-121179)   100% ->
687-759  (132739-132811)   98% ->
760-910  (136683-136833)   100% ->
911-1011  (138780-138880)   100% ->
1012-1133  (149050-149171)   100% ->
1134-1209  (149417-149492)   98% ->
1210-1261  (151645-151696)   100% ->
1262-1406  (152213-152357)   100% ->
1407-1539  (156220-156352)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCTCCAGGAATGGGTTTGAAGCCGTGGAGGCAGAGGGCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCCTCCAGGAATGGGTTTGAAGCCGTGGAGGCAGAGGGCAGCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGGTGCCGGGGAAGCTCGGGAATGGAGGTGGTGCTTCCTTTGGATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGGTGCCGGGGAAGCTCGGGAATGGAGGTGGTGCTTCCTTTGGATCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGTCCCCGCCCCGCTGTGCCCTCACG         GACCCACTCTTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100101 CCGTCCCCGCCCCGCTGTGCCCTCACGGTG...TAGGACCCACTCTTCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTGTAAAGGTGACCCAAGGGAAAGAAGAAACTCGGAGGTTTTATGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 TTTGTAAAGGTGACCCAAGGGAAAGAAGAAACTCGGAGGTTTTATGCCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTCAGCCTGTAGAGATAGAAAAGACTGTAATTTTTTTCAGTGGGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 TTCAGCCTGTAGAGATAGAAAAGACTGTAATTTTTTTCAGTGGGAAGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAAAG         TTGTCAGGAGCTAGACTTGCTGCCCGAGAAGCTCAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 AAAAGGTA...CAGTTGTCAGGAGCTAGACTTGCTGCCCGAGAAGCTCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACCGAAGATGTCAGCCTCCCCTGTCCCGAACGCAGTGTGTGGAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 102545 AACCGAAGATGTCAGCCTCCCCTGTCCCGAACGCAGTGTGTGGAAAGGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    330       GTACTTGAAGTTTATTGAGTTGCCCTTGACTCAGAGAAAGTTTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102595 ...AAGGTACTTGAAGTTTATTGAGTTGCCCTTGACTCAGAGAAAGTTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTCAAACATGTCAGCAGTTGTTGTTACCAGATGACTGGGGGCAACATAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120418 GTCAAACATGTCAGCAGTTGTTGTTACCAGATGACTGGGGGCAACATAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGCATCAGGTTCTGGGTAATGTGTCCATTACCCAGTTAAGAAGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120468 GAGCATCAGGTTCTGGGTAATGTGTCCATTACCCAGTTAAGAAGGCCCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCAACTCCTTTATCCACTGGAAAACAAGAAGACAAATGCCCAGTATCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120518 TCAACTCCTTTATCCACTGGAAAACAAGAAGACAAATGCCCAGTATCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTGCTGATCGGAGCTGTCAGTTCTTGGTAGACTTACTTTCTGCCCTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120568 TTGCTGATCGGAGCTGTCAGTTCTTGGTAGACTTACTTTCTGCCCTCGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTCAGAAGAGTACTGTGTGTTGGAACACCAAG         GTTGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 120618 TTCAGAAGAGTACTGTGTGTTGGAACACCAAGGTA...TAGGTTGCATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCTGATCAAGTTGACAGCATCAGGTGACAAGAAGTCTAACATTAAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121108 GCTGATCAAGTTGACAGCATCAGGTGACAAGAAGTCTAACATTAAAAGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTTTATTGGATATTGATTTTCG         GTATTCACAGTTTTATATG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 121158 TTTTATTGGATATTGATTTTCGGTA...CAGGTATTCACAGTTTTATATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAAGATAGCTTTTGCCGTTATAATATGTTTAACCATCATTTCTTTGATGG
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 132758 GAAGATAGCTTTTGCCATTATAATATGTTTAACCATCATTTCTTTGATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAAG         ACTGCCCTTGAAGTATGCAGAGCATTTTTACAGGAAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132808 AAAGGTA...CAGACTGCCCTTGAAGTATGCAGAGCATTTTTACAGGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATAAAGGCGAAGGAATCATTATGGTGACGGATCCTCCGTTTGGTGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136720 ATAAAGGCGAAGGAATCATTATGGTGACGGATCCTCCGTTTGGTGGCTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTTGAACCTCTGGCTATTACATTCAAGAAGTTAATTGCTATGTGGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136770 GTTGAACCTCTGGCTATTACATTCAAGAAGTTAATTGCTATGTGGAAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGGTCAAAGCCAAG         ATGACAGTCACAAAGAACTACCCATTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 136820 AGGTCAAAGCCAAGGTG...TAGATGACAGTCACAAAGAACTACCCATTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCTGGATTTTCCCCTATTTTTTTGAATCCCGAATTTGTCAGTTTTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138807 TCTGGATTTTCCCCTATTTTTTTGAATCCCGAATTTGTCAGTTTTTTCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGCTTCCAGATGCTGGATTACCAG         GTAGATTATGATAATCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 138857 AGCTTCCAGATGCTGGATTACCAGGTA...TAGGTAGATTATGATAATCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGCACTTTATAAACACGGAAAGACAGGTCGAAAACAGTCTCCCGTGCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149067 TGCACTTTATAAACACGGAAAGACAGGTCGAAAACAGTCTCCCGTGCGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTTTCACCAACATTCCGCCCAACAAAATAATCCTTCCTACTGAAGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149117 TTTTCACCAACATTCCGCCCAACAAAATAATCCTTCCTACTGAAGAAGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TACAG         ATTTTGCTCTCCGTGTCAACGGTATGTTTCTCTAGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149167 TACAGGTA...TAGATTTTGCTCTCCGTGTCAACGGTATGTTTCTCTAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GAATCAACACTGTGAGCACTGTAATTCTTGCACATCCAAG         G
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 149453 GAATCAACACTGTGAGCTCTGTAATTCTTGCACATCCAAGGTA...TAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ATGGCAGGAAATGGAACCATTGCTTTCTCTGTAAAAAGTGTGTAAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151646 ATGGCAGGAAATGGAACCATTGCTTTCTCTGTAAAAAGTGTGTAAAGCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 T         CCTGGATCCACTGTAGCATCTGCAATCACTGTGCTGTTCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151696 TGTA...CAGCCTGGATCCACTGTAGCATCTGCAATCACTGTGCTGTTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AGATCATTCTTGTGAGGGCCCCAAACATGGCTGCTTTATTTGTGGTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152253 AGATCATTCTTGTGAGGGCCCCAAACATGGCTGCTTTATTTGTGGTGAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGGATCATAAACGCAGTACTTGTCCTAACATTGCTACATCTAAGAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152303 TGGATCATAAACGCAGTACTTGTCCTAACATTGCTACATCTAAGAGAGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AACAA         AGCTGTCAGAAAGCAGAAGCAAAGAAAAAGTAATAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152353 AACAAGTC...CAGAGCTGTCAGAAAGCAGAAGCAAAGAAAAAGTAATAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GATGAAAATGGAGACCACGAAAGGACAATCCATGAATCATACATCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156256 GATGAAAATGGAGACCACGAAAGGACAATCCATGAATCATACATCTGCTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1493 CAAGGAGAAAGAAAAGGAGGGAAAGAGCCCATCAATATCTTGGCTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156306 CAAGGAGAAAGAAAAGGAGGGAAAGAGCCCATCAATATCTTGGCTCT