seq1 = pF1KE1954.tfa, 1530 bp
seq2 = pF1KE1954/gi568815597r_241397831.tfa (gi568815597r:241397831_241619722), 221892 bp

>pF1KE1954 1530
>gi568815597r:241397831_241619722 (Chr1)

(complement)

1-132  (100001-100132)   100% ->
133-267  (102407-102541)   100% ->
268-378  (106010-106120)   100% ->
379-555  (107580-107756)   100% ->
556-738  (110938-111120)   100% ->
739-904  (113555-113720)   100% ->
905-1108  (115478-115681)   100% ->
1109-1236  (117153-117280)   100% ->
1237-1390  (119133-119286)   100% ->
1391-1530  (121753-121892)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTACCGAGCACTTCGGCTCCTCGCGCGCTCGCGTCCCCTCGTGCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTACCGAGCACTTCGGCTCCTCGCGCGCTCGCGTCCCCTCGTGCGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCAGCCGCAGCCTTAGCTTCGGCTCCCGGCTTGGGTGGCGCGGCCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCCAGCCGCAGCCTTAGCTTCGGCTCCCGGCTTGGGTGGCGCGGCCGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTCGTTTTGGCCTCCGAACGCGGCTCGAATG         GCAAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100101 CCTCGTTTTGGCCTCCGAACGCGGCTCGAATGGTG...TAGGCAAGCCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATTCCTTCCGGATAGAATATGATACCTTTGGTGAACTAAAGGTGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102416 AATTCCTTCCGGATAGAATATGATACCTTTGGTGAACTAAAGGTGCCAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGATAAGTATTATGGCGCCCAGACCGTGAGATCTACGATGAACTTTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102466 TGATAAGTATTATGGCGCCCAGACCGTGAGATCTACGATGAACTTTAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGGAGGTGTGACAGAACGCATGCCA         ACCCCAGTTATTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102516 TTGGAGGTGTGACAGAACGCATGCCAGTA...TAGACCCCAGTTATTAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTTTTGGCATCTTGAAGCGAGCGGCCGCTGAAGTAAACCAGGATTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106025 GCTTTTGGCATCTTGAAGCGAGCGGCCGCTGAAGTAAACCAGGATTATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCTTGATCCAAAGATTGCTAATGCAATAATGAAGGCAGCAGATGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106075 TCTTGATCCAAAGATTGCTAATGCAATAATGAAGGCAGCAGATGAGGTA.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    379      GTAGCTGAAGGTAAATTAAATGATCATTTTCCTCTCGTGGTATGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106125 ..CAGGTAGCTGAAGGTAAATTAAATGATCATTTTCCTCTCGTGGTATGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGACTGGATCAGGAACTCAGACAAATATGAATGTAAATGAAGTCATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107625 CAGACTGGATCAGGAACTCAGACAAATATGAATGTAAATGAAGTCATTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAATAGAGCAATTGAAATGTTAGGAGGTGAACTTGGCAGCAAGATACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107675 CAATAGAGCAATTGAAATGTTAGGAGGTGAACTTGGCAGCAAGATACCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGCATCCCAACGATCATGTTAATAAAAGCCAG         AGCTCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 107725 TGCATCCCAACGATCATGTTAATAAAAGCCAGGTC...CAGAGCTCAAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GATACTTTTCCCACAGCAATGCACATTGCTGCTGCAATAGAAGTTCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110947 GATACTTTTCCCACAGCAATGCACATTGCTGCTGCAATAGAAGTTCATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGTACTGTTACCAGGACTACAGAAGTTACATGATGCTCTTGATGCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110997 AGTACTGTTACCAGGACTACAGAAGTTACATGATGCTCTTGATGCAAAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCAAAGAGTTTGCACAGATCATCAAGATTGGACGTACTCATACTCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111047 CCAAAGAGTTTGCACAGATCATCAAGATTGGACGTACTCATACTCAGGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCTGTTCCACTTACTCTTGGGCAG         GAATTTAGTGGTTATGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 111097 GCTGTTCCACTTACTCTTGGGCAGGTA...CAGGAATTTAGTGGTTATGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TCAACAAGTAAAATATGCAATGACAAGAATAAAAGCTGCCATGCCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113572 TCAACAAGTAAAATATGCAATGACAAGAATAAAAGCTGCCATGCCAAGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCTATGAGCTCGCAGCTGGAGGCACTGCTGTTGGTACAGGTTTAAATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113622 TCTATGAGCTCGCAGCTGGAGGCACTGCTGTTGGTACAGGTTTAAATACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AGAATTGGCTTTGCAGAAAAGGTTGCTGCAAAAGTGGCTGCACTTACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 113672 AGAATTGGCTTTGCAGAAAAGGTTGCTGCAAAAGTGGCTGCACTTACAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    905         GCTTGCCTTTTGTCACTGCTCCGAATAAATTTGAAGCTCTGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113722 TT...TAGGCTTGCCTTTTGTCACTGCTCCGAATAAATTTGAAGCTCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTGCTCATGACGCTCTGGTTGAGCTCAGTGGAGCCATGAACACTACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115520 CTGCTCATGACGCTCTGGTTGAGCTCAGTGGAGCCATGAACACTACTGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TGCAGTCTGATGAAGATAGCAAATGATATTCGATTTTTGGGTTCTGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115570 TGCAGTCTGATGAAGATAGCAAATGATATTCGATTTTTGGGTTCTGGTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TCGGTCAGGTCTGGGAGAATTGATCTTGCCTGAAAATGAACCAGGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115620 TCGGTCAGGTCTGGGAGAATTGATCTTGCCTGAAAATGAACCAGGAAGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GTATCATGCCAG         GCAAGGTGAACCCTACTCAGTGTGAAGCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 115670 GTATCATGCCAGGTA...AAGGCAAGGTGAACCCTACTCAGTGTGAAGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ATGACCATGGTTGCAGCCCAAGTCATGGGGAACCATGTTGCTGTCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117182 ATGACCATGGTTGCAGCCCAAGTCATGGGGAACCATGTTGCTGTCACTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CGGAGGCAGCAATGGACATTTTGAGTTGAATGTTTTCAAGCCAATGATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 117232 CGGAGGCAGCAATGGACATTTTGAGTTGAATGTTTTCAAGCCAATGATGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1237         ATTAAAAATGTGTTACACTCAGCCAGGCTGCTGGGGGATGCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117282 TA...AAGATTAAAAATGTGTTACACTCAGCCAGGCTGCTGGGGGATGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TCAGTTTCCTTTACAGAAAACTGCGTGGTGGGAATCCAGGCCAATACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119175 TCAGTTTCCTTTACAGAAAACTGCGTGGTGGGAATCCAGGCCAATACAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 AAGGATCAACAAGCTGATGAATGAGTCTCTAATGTTGGTGACAGCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119225 AAGGATCAACAAGCTGATGAATGAGTCTCTAATGTTGGTGACAGCTCTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 ATCCTCATATAG         GGTATGACAAGGCAGCAAAGATTGCTAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 119275 ATCCTCATATAGGTA...CAGGGTATGACAAGGCAGCAAAGATTGCTAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ACAGCACACAAAAATGGATCAACCTTAAAGGAAACTGCTATCGAACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121782 ACAGCACACAAAAATGGATCAACCTTAAAGGAAACTGCTATCGAACTTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CTATCTCACAGCAGAGCAGTTTGACGAATGGGTAAAACCTAAGGACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121832 CTATCTCACAGCAGAGCAGTTTGACGAATGGGTAAAACCTAAGGACATGC

   1600     .    :
   1520 TGGGTCCAAAG
        |||||||||||
 121882 TGGGTCCAAAG