seq1 = pF1KE1949.tfa, 1512 bp
seq2 = pF1KE1949/gi568815576f_39315006.tfa (gi568815576f:39315006_39530219), 215214 bp

>pF1KE1949 1512
>gi568815576f:39315006_39530219 (Chr22)

1-33  (84798-84830)   100% ->
34-170  (100001-100137)   100% ->
171-324  (100495-100648)   100% ->
325-411  (101786-101872)   100% ->
412-550  (102706-102844)   100% ->
551-664  (103727-103840)   100% ->
665-776  (104514-104625)   100% ->
777-921  (106822-106966)   100% ->
922-1144  (111698-111920)   100% ->
1145-1307  (113016-113178)   100% ->
1308-1512  (115010-115214)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGCAGAGGAGGAGCTTGCTGCAGAGT         GAGCAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  84798 ATGGCGGCGCAGAGGAGGAGCTTGCTGCAGAGTGTG...CAGGAGCAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCCAAGCTGGACAGATGACCTGCCTCTCTGCCACCTCTCTGGGGTTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100009 GCCAAGCTGGACAGATGACCTGCCTCTCTGCCACCTCTCTGGGGTTGGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGCCTCCAACCGCAGCTACTCTGCTGATGGCAAGGGCACTGAGAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100059 CAGCCTCCAACCGCAGCTACTCTGCTGATGGCAAGGGCACTGAGAGCCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCGCCAGAGGACAGCTGGCTCAAGTTCAG         GAGTGAGAACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100109 CCGCCAGAGGACAGCTGGCTCAAGTTCAGGTG...CAGGAGTGAGAACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTGCTTCCTGTATGGGGTCTTCAACGGCTATGATGGCAACCGAGTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100507 CTGCTTCCTGTATGGGGTCTTCAACGGCTATGATGGCAACCGAGTGACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACTTCGTGGCCCAGCGGCTGTCCGCAGAGCTCCTGCTGGGCCAGCTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100557 ACTTCGTGGCCCAGCGGCTGTCCGCAGAGCTCCTGCTGGGCCAGCTGAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCGAGCACGCCGAGGCCGATGTGCGGCGTGTGCTGCTGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100607 GCCGAGCACGCCGAGGCCGATGTGCGGCGTGTGCTGCTGCAGGTA...TA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    325  GCCTTCGATGTGGTGGAGAGGAGCTTCCTGGAGTCCATTGACGACGCCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101785 GGCCTTCGATGTGGTGGAGAGGAGCTTCCTGGAGTCCATTGACGACGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGCTGAGAAGGCAAGCCTCCAGTCGCAATTGCCAGAG         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101835 TGGCTGAGAAGGCAAGCCTCCAGTCGCAATTGCCAGAGGTA...TAGGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTCCCTCAGCACCAGCTGCCTCCTCAGTATCAGAAGATCCTTGAGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102709 GTCCCTCAGCACCAGCTGCCTCCTCAGTATCAGAAGATCCTTGAGAGACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAAGACGTTAGAGAGGGAAATTTCGGGAGGGGCCATGGCCGTTGTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102759 CAAGACGTTAGAGAGGGAAATTTCGGGAGGGGCCATGGCCGTTGTGGCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCCTTCTCAACAACAAGCTCTACGTCGCCAATGTCG         GTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102809 TCCTTCTCAACAACAAGCTCTACGTCGCCAATGTCGGTG...CAGGTACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AACCGTGCACTTTTATGCAAATCGACAGTGGATGGGTTGCAGGTGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103732 AACCGTGCACTTTTATGCAAATCGACAGTGGATGGGTTGCAGGTGACACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTGAACGTGGACCACACCACAGAGAACGAGGATGAGCTCTTCCGTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103782 GCTGAACGTGGACCACACCACAGAGAACGAGGATGAGCTCTTCCGTCTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CGCAGCTGG         GCTTGGATGCTGGAAAGATCAAGCAGGTGGGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103832 CGCAGCTGGGTG...TAGGCTTGGATGCTGGAAAGATCAAGCAGGTGGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATCATCTGTGGGCAGGAGAGCACCCGGCGGATCGGGGATTACAAGGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104546 ATCATCTGTGGGCAGGAGAGCACCCGGCGGATCGGGGATTACAAGGTTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ATATGGCTACACGGACATTGACCTTCTCAG         CGCTGCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 104596 ATATGGCTACACGGACATTGACCTTCTCAGGTA...TAGCGCTGCCAAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCAAACCAATCATCGCAGAGCCAGAAATCCATGGGGCACAGCCGCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106833 CCAAACCAATCATCGCAGAGCCAGAAATCCATGGGGCACAGCCGCTGGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGGGTGACGGGCTTCTTGGTGCTGATGTCGGAGGGGTTGTACAAGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106883 GGGGTGACGGGCTTCTTGGTGCTGATGTCGGAGGGGTTGTACAAGGCCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGAGGCAGCCCATGGGCCTGGGCAGGCCAACCAG         GAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 106933 AGAGGCAGCCCATGGGCCTGGGCAGGCCAACCAGGTG...CAGGAGATTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTGCGATGATTGACACTGAGTTTGCCAAGCAGACCTCCCTGGACGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111705 CTGCGATGATTGACACTGAGTTTGCCAAGCAGACCTCCCTGGACGCAGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GCCCAGGCCGTCGTGGACCGGGTGAAGCGCATCCACAGCGACACCTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111755 GCCCAGGCCGTCGTGGACCGGGTGAAGCGCATCCACAGCGACACCTTCGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAGTGGTGGGGAGCGTGCCAGGTTCTGCCCCCGGCACGAGGACATGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111805 CAGTGGTGGGGAGCGTGCCAGGTTCTGCCCCCGGCACGAGGACATGACCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGCTAGTGAGGAACTTTGGCTACCCGCTGGGCGAAATGAGCCAGCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111855 TGCTAGTGAGGAACTTTGGCTACCCGCTGGGCGAAATGAGCCAGCCCACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CCGAGCCCAGCCCCAG         CTGCAGGAGGACGAGTGTACCCTGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 111905 CCGAGCCCAGCCCCAGGTA...AAGCTGCAGGAGGACGAGTGTACCCTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GTCTGTGCCATACTCCAGCGCCCAGAGCACCAGCAAGACCAGCGTGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113041 GTCTGTGCCATACTCCAGCGCCCAGAGCACCAGCAAGACCAGCGTGACCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCTCCCTTGTCATGCCCTCCCAGGGCCAGATGGTCAACGGGGCTCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113091 TCTCCCTTGTCATGCCCTCCCAGGGCCAGATGGTCAACGGGGCTCACAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GCTTCCACCCTGGACGAAGCCACCCCCACCCTCACCAA         CCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 113141 GCTTCCACCCTGGACGAAGCCACCCCCACCCTCACCAAGTA...CAGCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AAGCCCGACCTTAACCCTGCAGTCCACCAACACGCACACGCAGAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115013 AAGCCCGACCTTAACCCTGCAGTCCACCAACACGCACACGCAGAGCAGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GCTCCAGCTCTGACGGAGGCCTCTTCCGCTCCCGGCCCGCCCACTCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115063 GCTCCAGCTCTGACGGAGGCCTCTTCCGCTCCCGGCCCGCCCACTCGCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CCGCCTGGCGAGGACGGTCGTGTTGAGCCCTATGTGGACTTTGCTGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115113 CCGCCTGGCGAGGACGGTCGTGTTGAGCCCTATGTGGACTTTGCTGAGTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TTACCGCCTCTGGAGCGTGGACCATGGCGAGCAGAGCGTGGTGACAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115163 TTACCGCCTCTGGAGCGTGGACCATGGCGAGCAGAGCGTGGTGACAGCAC

   1600 
   1511 CG
        ||
 115213 CG