seq1 = pF1KE1948.tfa, 1509 bp
seq2 = pF1KE1948/gi568815596r_39636738.tfa (gi568815596r:39636738_39879239), 242502 bp

>pF1KE1948 1509
>gi568815596r:39636738_39879239 (Chr2)

(complement)

1-126  (100001-100126)   100% ->
127-262  (107600-107735)   100% ->
263-672  (109121-109530)   100% ->
673-750  (110739-110816)   100% ->
751-803  (113131-113183)   100% ->
804-891  (117822-117909)   100% ->
892-963  (123280-123351)   100% ->
964-1078  (123831-123945)   100% ->
1079-1187  (134762-134870)   100% ->
1188-1509  (142181-142502)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGAGGCGCGTGGAGAGCCAGGGTCCGGGCCTGAGGCTGGCGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGAGGCGCGTGGAGAGCCAGGGTCCGGGCCTGAGGCTGGCGCCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTCTTCTGCACTGCGGGTCGCGGCCTGGAGCCGTTCGTAATGCGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATTCTTCTGCACTGCGGGTCGCGGCCTGGAGCCGTTCGTAATGCGAGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCGGGCGCGGCTGGCGGCCACGCAG         GTTGAATATATTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 TGCGGGCGCGGCTGGCGGCCACGCAGGTG...TAGGTTGAATATATTTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGAAAGGTTTTTTTCACCACCTGTTCTGATTTGAATATGTTGAAGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107615 GGAAAGGTTTTTTTCACCACCTGTTCTGATTTGAATATGTTGAAGAAATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAATCTGCAGAAAGATTATTTTTGCTGATTAAAAAGCAGTTTCCACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107665 AAAATCTGCAGAAAGATTATTTTTGCTGATTAAAAAGCAGTTTCCACTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTATTTCTTCTGTAAGTAAAG         GAAAAATATTTAATGAAATG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 107715 TTATTTCTTCTGTAAGTAAAGGTA...TAGGAAAAATATTTAATGAAATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAAAGACTTATAAATGAAGATCCAGGAAGTTGGTTGAATGCCATTTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109141 CAAAGACTTATAAATGAAGATCCAGGAAGTTGGTTGAATGCCATTTCAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTGGAAAAATCTTCTTGAACTTGATGCAAAAAAGGAAAAACTTTCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109191 TTGGAAAAATCTTCTTGAACTTGATGCAAAAAAGGAAAAACTTTCTCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAGATGATAACCAACTAAAAAGAAAAGTGGGAGAAAATGAAATCATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109241 GAGATGATAACCAACTAAAAAGAAAAGTGGGAGAAAATGAAATCATTGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGAAATTAAAAATAGAACAAATGCAAAAGATAGAAGAGAATAGGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109291 AAGAAATTAAAAATAGAACAAATGCAAAAGATAGAAGAGAATAGGGACTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCAGCTGGAAAAACAAATAAAAGAAGAAACTCTGGAGCAAAGAGATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109341 CCAGCTGGAAAAACAAATAAAAGAAGAAACTCTGGAGCAAAGAGATTTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCACTAAAAGCGAAAAGTTTCAAGAAGAAGAATTTCAGAATGACATAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109391 CCACTAAAAGCGAAAAGTTTCAAGAAGAAGAATTTCAGAATGACATAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAAGCAATTGATACTCATAATCAGAATGACTTGACTTTCAGAGTATCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109441 AAAGCAATTGATACTCATAATCAGAATGACTTGACTTTCAGAGTATCTTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TCGCTGCAGTGGAACTATTGGAAAGGCCTTCACTGCACAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 109491 TCGCTGCAGTGGAACTATTGGAAAGGCCTTCACTGCACAGGTA...CAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGGTAGGAAAAGTAATTGGAATTGCTATTATGAAACACTTTGGATGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110740 AGGTAGGAAAAGTAATTGGAATTGCTATTATGAAACACTTTGGATGGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCAGACTTGAGGAATCCACAATTAGAG         ATCTTTATACATCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 110790 GCAGACTTGAGGAATCCACAATTAGAGGTA...CAGATCTTTATACATCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AAATGACATTTACTCTGTGGTGGGGATTCCTGTGTTCAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 113145 AAATGACATTTACTCTGTGGTGGGGATTCCTGTGTTCAGGTA...TAGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTTCCCTAGCCAGCAGAGCTTACATCAAGACAGCTGGACTGCGATCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117824 TTTCCCTAGCCAGCAGAGCTTACATCAAGACAGCTGGACTGCGATCTACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATAGCGTGGGCAATGGCATCTCTGGCTGACATTAAG         GCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 117874 ATAGCGTGGGCAATGGCATCTCTGGCTGACATTAAGGTA...CAGGCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGCATTTGTTTTAGATCCAATGTGTGGACTTGGAACAATACTTTTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123285 TGCATTTGTTTTAGATCCAATGTGTGGACTTGGAACAATACTTTTGGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTGCTAAAGAATGGCCA         GATGTGTATTATGTAGGTGCTGAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 123335 CTGCTAAAGAATGGCCAGTA...TAGGATGTGTATTATGTAGGTGCTGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTCAGCGACTCACAGTTACTAGGTACTTGGGACAATCTGAAAGCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123855 GTCAGCGACTCACAGTTACTAGGTACTTGGGACAATCTGAAAGCTGCAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCTTGAGGATAAAATTGAATTACTTAAAATCTCTGTTATAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 123905 CCTTGAGGATAAAATTGAATTACTTAAAATCTCTGTTATAGGTA...CAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AATTGCCATTGCCTTCAGAAAGTGTTGATATTATTATTTCTGACATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134762 AATTGCCATTGCCTTCAGAAAGTGTTGATATTATTATTTCTGACATTCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TTTGGGAAAAAGTTTAAGTTAGGAAAAGACATCAAAAGCATTCTACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134812 TTTGGGAAAAAGTTTAAGTTAGGAAAAGACATCAAAAGCATTCTACAAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AATGGAAAG         AGTGCTTCATGTTGGCGGAACCATTGTATTGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 134862 AATGGAAAGGTA...CAGAGTGCTTCATGTTGGCGGAACCATTGTATTGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGCTTAGTGAAGATCACCACAGGCGCCTTACAGATTGTAAAGAGAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142213 TGCTTAGTGAAGATCACCACAGGCGCCTTACAGATTGTAAAGAGAGCAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ATCCCTTTCAATTCCAAGGACAGTCACACAGATGAACCTGGAATTAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142263 ATCCCTTTCAATTCCAAGGACAGTCACACAGATGAACCTGGAATTAAAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GTGCTTGAATCCTGAAGAAAAAACTGGTGCATTCAAGACAGCGTCAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142313 GTGCTTGAATCCTGAAGAAAAAACTGGTGCATTCAAGACAGCGTCAACTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CATTCGAAGCCAGTAACCACAAATTCTTAGACAGAATGTCACCATTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142363 CATTCGAAGCCAGTAACCACAAATTCTTAGACAGAATGTCACCATTTGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TCCTTGGTACCAGTGGAATGCTACAAAGTTAGCCTTGGAAAGACAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142413 TCCTTGGTACCAGTGGAATGCTACAAAGTTAGCCTTGGAAAGACAGATGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GTTCATATGTAAATATAAGAAGTCGCACTCTTCTGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142463 GTTCATATGTAAATATAAGAAGTCGCACTCTTCTGGACTG