seq1 = pF1KE1947.tfa, 1503 bp
seq2 = pF1KE1947/gi568815587r_117189569.tfa (gi568815587r:117189569_117415795), 226227 bp

>pF1KE1947 1503
>gi568815587r:117189569_117415795 (Chr11)

(complement)

1-261  (100001-100261)   100% ->
262-350  (118835-118923)   100% ->
351-567  (120449-120665)   100% ->
568-705  (121788-121925)   100% ->
706-840  (122608-122742)   100% ->
841-942  (123983-124084)   100% ->
943-1092  (124747-124896)   100% ->
1093-1264  (125137-125308)   100% ->
1265-1503  (125989-126227)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCAAGCCCTGCCCTGGCTCCTGCTGTGGATGGGCGCGGGAGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCAAGCCCTGCCCTGGCTCCTGCTGTGGATGGGCGCGGGAGTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCTGCCCACGGCACCCAGCACGGCATCCGGCTGCCCCTGCGCAGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCTGCCCACGGCACCCAGCACGGCATCCGGCTGCCCCTGCGCAGCGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGGGGCGCCCCCCTGGGGCTGCGGCTGCCCCGGGAGACCGACGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGGGGCGCCCCCCTGGGGCTGCGGCTGCCCCGGGAGACCGACGAAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCGAGGAGCCCGGCCGGAGGGGCAGCTTTGTGGAGATGGTGGACAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCGAGGAGCCCGGCCGGAGGGGCAGCTTTGTGGAGATGGTGGACAACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAGGGGCAAGTCGGGGCAGGGCTACTACGTGGAGATGACCGTGGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAGGGGCAAGTCGGGGCAGGGCTACTACGTGGAGATGACCGTGGGCAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCCCGCAGACG         CTCAACATCCTGGTGGATACAGGCAGCAGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCCCGCAGACGGTA...CAGCTCAACATCCTGGTGGATACAGGCAGCAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AACTTTGCAGTGGGTGCTGCCCCCCACCCCTTCCTGCATCGCTACTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118865 AACTTTGCAGTGGGTGCTGCCCCCCACCCCTTCCTGCATCGCTACTACCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAGGCAGCT         GTCCAGCACATACCGGGACCTCCGGAAGGGTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 118915 GAGGCAGCTGTG...CAGGTCCAGCACATACCGGGACCTCCGGAAGGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGTATGTGCCCTACACCCAGGGCAAGTGGGAAGGGGAGCTGGGCACCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120481 TGTATGTGCCCTACACCCAGGGCAAGTGGGAAGGGGAGCTGGGCACCGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGGTAAGCATCCCCCATGGCCCCAACGTCACTGTGCGTGCCAACATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120531 CTGGTAAGCATCCCCCATGGCCCCAACGTCACTGTGCGTGCCAACATTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGCCATCACTGAATCAGACAAGTTCTTCATCAACGGCTCCAACTGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120581 TGCCATCACTGAATCAGACAAGTTCTTCATCAACGGCTCCAACTGGGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCATCCTGGGGCTGGCCTATGCTGAGATTGCCAGG         CCTGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 120631 GCATCCTGGGGCTGGCCTATGCTGAGATTGCCAGGGTG...AAGCCTGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GACTCCCTGGAGCCTTTCTTTGACTCTCTGGTAAAGCAGACCCACGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121794 GACTCCCTGGAGCCTTTCTTTGACTCTCTGGTAAAGCAGACCCACGTTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAACCTCTTCTCCCTGCAGCTTTGTGGTGCTGGCTTCCCCCTCAACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121844 CAACCTCTTCTCCCTGCAGCTTTGTGGTGCTGGCTTCCCCCTCAACCAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CTGAAGTGCTGGCCTCTGTCGGAGGGAGCATG         ATCATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 121894 CTGAAGTGCTGGCCTCTGTCGGAGGGAGCATGGTG...TAGATCATTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGTATCGACCACTCGCTGTACACAGGCAGTCTCTGGTATACACCCATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122617 GGTATCGACCACTCGCTGTACACAGGCAGTCTCTGGTATACACCCATCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCGGGAGTGGTATTATGAGGTGATCATTGTGCGGGTGGAGATCAATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122667 GCGGGAGTGGTATTATGAGGTGATCATTGTGCGGGTGGAGATCAATGGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGGATCTGAAAATGGACTGCAAGGAG         TACAACTATGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 122717 AGGATCTGAAAATGGACTGCAAGGAGGTA...TAGTACAACTATGACAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AGCATTGTGGACAGTGGCACCACCAACCTTCGTTTGCCCAAGAAAGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123998 AGCATTGTGGACAGTGGCACCACCAACCTTCGTTTGCCCAAGAAAGTGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGAAGCTGCAGTCAAATCCATCAAGGCAGCCTCCTCC         ACGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 124048 TGAAGCTGCAGTCAAATCCATCAAGGCAGCCTCCTCCGTG...CAGACGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGAAGTTCCCTGATGGTTTCTGGCTAGGAGAGCAGCTGGTGTGCTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124751 AGAAGTTCCCTGATGGTTTCTGGCTAGGAGAGCAGCTGGTGTGCTGGCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GCAGGCACCACCCCTTGGAACATTTTCCCAGTCATCTCACTCTACCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124801 GCAGGCACCACCCCTTGGAACATTTTCCCAGTCATCTCACTCTACCTAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GGGTGAGGTTACCAACCAGTCCTTCCGCATCACCATCCTTCCGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 124851 GGGTGAGGTTACCAACCAGTCCTTCCGCATCACCATCCTTCCGCAGGTA.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093      CAATACCTGCGGCCAGTGGAAGATGTGGCCACGTCCCAAGACGAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124901 ..TAGCAATACCTGCGGCCAGTGGAAGATGTGGCCACGTCCCAAGACGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TGTTACAAGTTTGCCATCTCACAGTCATCCACGGGCACTGTTATGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125182 TGTTACAAGTTTGCCATCTCACAGTCATCCACGGGCACTGTTATGGGAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGTTATCATGGAGGGCTTCTACGTTGTCTTTGATCGGGCCCGAAAACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125232 TGTTATCATGGAGGGCTTCTACGTTGTCTTTGATCGGGCCCGAAAACGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TTGGCTTTGCTGTCAGCGCTTGCCATG         TGCACGATGAGTTC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 125282 TTGGCTTTGCTGTCAGCGCTTGCCATGGTG...CAGTGCACGATGAGTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AGGACGGCAGCGGTGGAAGGCCCTTTTGTCACCTTGGACATGGAAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126003 AGGACGGCAGCGGTGGAAGGCCCTTTTGTCACCTTGGACATGGAAGACTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGGCTACAACATTCCACAGACAGATGAGTCAACCCTCATGACCATAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126053 TGGCTACAACATTCCACAGACAGATGAGTCAACCCTCATGACCATAGCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 ATGTCATGGCTGCCATCTGCGCCCTCTTCATGCTGCCACTCTGCCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126103 ATGTCATGGCTGCCATCTGCGCCCTCTTCATGCTGCCACTCTGCCTCATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GTGTGTCAGTGGCGCTGCCTCCGCTGCCTGCGCCAGCAGCATGATGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126153 GTGTGTCAGTGGCGCTGCCTCCGCTGCCTGCGCCAGCAGCATGATGACTT

   1550     .    :    .    :    .
   1479 TGCTGATGACATCTCCCTGCTGAAG
        |||||||||||||||||||||||||
 126203 TGCTGATGACATCTCCCTGCTGAAG