seq1 = pF1KE1946.tfa, 1503 bp
seq2 = pF1KE1946/gi568815578r_35333912.tfa (gi568815578r:35333912_35537928), 204017 bp

>pF1KE1946 1503
>gi568815578r:35333912_35537928 (Chr20)

(complement)

1-631  (100001-100631)   100% ->
632-1503  (103146-104017)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGACTCCCCAAACTCCTCACTTTCTTGCTTTGGTACCTGGCTTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGACTCCCCAAACTCCTCACTTTCTTGCTTTGGTACCTGGCTTGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACCTGGAATTCATCTGCACTGTGTTGGGTGCCCCTGACTTGGGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACCTGGAATTCATCTGCACTGTGTTGGGTGCCCCTGACTTGGGCCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GACCCCAGGGGACCAGGCCAGGATTGGCCAAAGCAGAGGCCAAGGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GACCCCAGGGGACCAGGCCAGGATTGGCCAAAGCAGAGGCCAAGGAGAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCCCCCTGGCCCGGAACGTCTTCAGGCCAGGGGGTCACAGCTATGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCCCCCTGGCCCGGAACGTCTTCAGGCCAGGGGGTCACAGCTATGGTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGGGCCACCAATGCCAATGCCAGGGCAAAGGGAGGCACCGGGCAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGGGCCACCAATGCCAATGCCAGGGCAAAGGGAGGCACCGGGCAGACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GAGGCCTGACACAGCCCAAGAAGGATGAACCCAAAAAGCTGCCCCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GAGGCCTGACACAGCCCAAGAAGGATGAACCCAAAAAGCTGCCCCCCAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCGGGCGGCCCTGAACCCAAGCCAGGACACCCTCCCCAAACAAGGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCGGGCGGCCCTGAACCCAAGCCAGGACACCCTCCCCAAACAAGGCAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TACAGCCCGGACTGTGACCCCAAAAGGACAGCTTCCCGGAGGCAAGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TACAGCCCGGACTGTGACCCCAAAAGGACAGCTTCCCGGAGGCAAGGCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCCCAAAAGCAGGATCTGTCCCCAGCTCCTTCCTGCTGAAGAAGGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCCCAAAAGCAGGATCTGTCCCCAGCTCCTTCCTGCTGAAGAAGGCCAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGCCCGGGCCCCCACGAGAGCCCAAGGAGCCGTTTCGCCCACCCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAGCCCGGGCCCCCACGAGAGCCCAAGGAGCCGTTTCGCCCACCCCCCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CACACCCCACGAGTACATGCTCTCGCTGTACAGGACGCTGTCCGATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CACACCCCACGAGTACATGCTCTCGCTGTACAGGACGCTGTCCGATGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACAGAAAGGGAGGCAACAGCAGCGTGAAGTTGGAGGCTGGCCTGGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACAGAAAGGGAGGCAACAGCAGCGTGAAGTTGGAGGCTGGCCTGGCCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACCATCACCAGCTTTATTGACAAAGGGCAAG         ATGACCGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100601 ACCATCACCAGCTTTATTGACAAAGGGCAAGGTG...TAGATGACCGAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TCCCGTGGTCAGGAAGCAGAGGTACGTGTTTGACATTAGTGCCCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103156 TCCCGTGGTCAGGAAGCAGAGGTACGTGTTTGACATTAGTGCCCTGGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGGATGGGCTGCTGGGGGCCGAGCTGCGGATCTTGCGGAAGAAGCCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103206 AGGATGGGCTGCTGGGGGCCGAGCTGCGGATCTTGCGGAAGAAGCCCTCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GACACGGCCAAGCCAGCGGCCCCCGGAGGCGGGCGGGCTGCCCAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103256 GACACGGCCAAGCCAGCGGCCCCCGGAGGCGGGCGGGCTGCCCAGCTGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCTGTCCAGCTGCCCCAGCGGCCGGCAGCCGGCCTCCTTGCTGGATGTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 103306 GCTGTCCAGCTGCCCCAGCGGCCGGCAGCCGGCCGCCTTGCTGGATGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCTCCGTGCCAGGCCTGGACGGATCTGGCTGGGAGGTGTTCGACATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103356 GCTCCGTGCCAGGCCTGGACGGATCTGGCTGGGAGGTGTTCGACATCTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AAGCTCTTCCGAAACTTTAAGAACTCGGCCCAGCTGTGCCTGGAGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103406 AAGCTCTTCCGAAACTTTAAGAACTCGGCCCAGCTGTGCCTGGAGCTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GGCCTGGGAACGGGGCAGGGCCGTGGACCTCCGTGGCCTGGGCTTCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103456 GGCCTGGGAACGGGGCAGGGCCGTGGACCTCCGTGGCCTGGGCTTCGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GCGCCGCCCGGCAGGTCCACGAGAAGGCCCTGTTCCTGGTGTTTGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 103506 GCGCCGCCCGGCAGGTCCACGAGAAAGCCCTGTTCCTGGTGTTTGGCCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 ACCAAGAAACGGGACCTGTTCTTTAATGAGATTAAGGCCCGCTCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103556 ACCAAGAAACGGGACCTGTTCTTTAATGAGATTAAGGCCCGCTCTGGCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GGACGATAAGACCGTGTATGAGTACCTGTTCAGCCAGCGGCGAAAACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103606 GGACGATAAGACCGTGTATGAGTACCTGTTCAGCCAGCGGCGAAAACGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 GGGCCCCACTGGCCACTCGCCAGGGCAAGCGACCCAGCAAGAACCTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103656 GGGCCCCACTGGCCACTCGCCAGGGCAAGCGACCCAGCAAGAACCTTAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GCTCGCTGCAGTCGGAAGGCACTGCATGTCAACTTCAAGGACATGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103706 GCTCGCTGCAGTCGGAAGGCACTGCATGTCAACTTCAAGGACATGGGCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 GGACGACTGGATCATCGCACCCCTTGAGTACGAGGCTTTCCACTGCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103756 GGACGACTGGATCATCGCACCCCTTGAGTACGAGGCTTTCCACTGCGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 GGCTGTGCGAGTTCCCATTGCGCTCCCACCTGGAGCCCACGAATCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103806 GGCTGTGCGAGTTCCCATTGCGCTCCCACCTGGAGCCCACGAATCATGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 GTCATCCAGACCCTGATGAACTCCATGGACCCCGAGTCCACACCACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103856 GTCATCCAGACCCTGATGAACTCCATGGACCCCGAGTCCACACCACCCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CTGCTGTGTGCCCACGCGGCTGAGTCCCATCAGCATCCTCTTCATTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103906 CTGCTGTGTGCCCACGCGGCTGAGTCCCATCAGCATCCTCTTCATTGACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 CTGCCAACAACGTGGTGTATAAGCAGTATGAGGACATGGTCGTGGAGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103956 CTGCCAACAACGTGGTGTATAAGCAGTATGAGGACATGGTCGTGGAGTCG

   1500     .    :
   1492 TGTGGCTGCAGG
        ||||||||||||
 104006 TGTGGCTGCAGG