seq1 = pF1KE1945.tfa, 1500 bp
seq2 = pF1KE1945/gi568815578r_49407923.tfa (gi568815578r:49407923_49668116), 260194 bp

>pF1KE1945 1500
>gi568815578r:49407923_49668116 (Chr20)

(complement)

1-74  (100001-100074)   100% ->
75-198  (117928-118051)   100% ->
199-377  (120098-120276)   100% ->
378-521  (123669-123812)   100% ->
522-673  (128396-128547)   100% ->
674-855  (143878-144059)   100% ->
856-1024  (153722-153890)   100% ->
1025-1206  (154856-155037)   100% ->
1207-1358  (156938-157089)   100% ->
1359-1500  (160053-160194)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTGGGCCGCGCTCCTCGGCCTCCTGGCCGCACTGTTGCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTGGGCCGCGCTCCTCGGCCTCCTGGCCGCACTGTTGCTGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTACTGAGCCGCCGCCGCACGCG         GCGACCTGGTGAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100051 GCTACTGAGCCGCCGCCGCACGCGGTG...TAGGCGACCTGGTGAGCCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCTGGACCTGGGCAGCATCCCCTGGTTGGGGTATGCCTTGGACTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117945 CCCTGGACCTGGGCAGCATCCCCTGGTTGGGGTATGCCTTGGACTTTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAGATGCTGCCAGCTTCCTCACGAGGATGAAGGAGAAGCACGGTGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117995 AAAGATGCTGCCAGCTTCCTCACGAGGATGAAGGAGAAGCACGGTGACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTTACT         ATACTGGTTGGGGGCAGGTATGTCACCGTTCTCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118045 CTTTACTGTA...CAGATACTGGTTGGGGGCAGGTATGTCACCGTTCTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGACCCACACTCCTACGACGCGGTGGTGTGGGAGCCTCGCACCAGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120132 TGGACCCACACTCCTACGACGCGGTGGTGTGGGAGCCTCGCACCAGGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACTTCCATGCCTATGCCATCTTCCTCATGGAGAGGATTTTTGATGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120182 GACTTCCATGCCTATGCCATCTTCCTCATGGAGAGGATTTTTGATGTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTTCCACATTACAGCCCCAGTGATGAAAAGGCCAGGATGAAACT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 120232 GCTTCCACATTACAGCCCCAGTGATGAAAAGGCCAGGATGAAACTGTG..

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    378     GACTCTTCTCCACAGAGAGCTCCAGGCACTCACAGAAGCCATGTAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120282 .CAGGACTCTTCTCCACAGAGAGCTCCAGGCACTCACAGAAGCCATGTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCAACCTCCATGCAGTGCTGTTGGGCGATGCTACAGAAGCAGGCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123715 ACCAACCTCCATGCAGTGCTGTTGGGCGATGCTACAGAAGCAGGCAGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTGGCACGAGATGGGTCTCCTCGACTTCTCCTACAGCTTCCTGCTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 123765 CTGGCACGAGATGGGTCTCCTCGACTTCTCCTACAGCTTCCTGCTCAGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    522        AGCCGGCTACCTGACTCTTTACGGAATTGAGGCGCTGCCACGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123815 G...CAGAGCCGGCTACCTGACTCTTTACGGAATTGAGGCGCTGCCACGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACCCATGAAAGCCAGGCCCAGGACCGCGTCCACTCAGCTGATGTCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128439 ACCCATGAAAGCCAGGCCCAGGACCGCGTCCACTCAGCTGATGTCTTCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CACCTTTCGCCAGCTCGACCGGCTGCTCCCCAAACTGGCCCGTGGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128489 CACCTTTCGCCAGCTCGACCGGCTGCTCCCCAAACTGGCCCGTGGCTCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGTCAGTGG         GGGACAAGGACCACATGTGCAGTGTCAAAAGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 128539 TGTCAGTGGGTA...CAGGGGACAAGGACCACATGTGCAGTGTCAAAAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGCCTGTGGAAGCTGCTATCCCCAGCCAGGCTGGCCAGGCGGGCCCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143910 CGCCTGTGGAAGCTGCTATCCCCAGCCAGGCTGGCCAGGCGGGCCCACCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAGCAAATGGCTGGAGAGTTACCTGCTGCACCTGGAGGAGATGGGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143960 GAGCAAATGGCTGGAGAGTTACCTGCTGCACCTGGAGGAGATGGGTGTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CAGAGGAGATGCAGGCACGGGCCCTGGTGCTGCAGCTGTGGGCCACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144010 CAGAGGAGATGCAGGCACGGGCCCTGGTGCTGCAGCTGTGGGCCACACAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856          GGGAATATGGGTCCCGCTGCCTTCTGGCTCCTGCTCTTCCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144060 GTG...CAGGGGAATATGGGTCCCGCTGCCTTCTGGCTCCTGCTCTTCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TCTCAAGAATCCTGAAGCCCTGGCTGCTGTCCGCGGAGAGCTCGAGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153763 TCTCAAGAATCCTGAAGCCCTGGCTGCTGTCCGCGGAGAGCTCGAGAGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCCTTTGGCAAGCGGAGCAGCCTGTCTCGCAGACGACCACTCTCCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153813 TCCTTTGGCAAGCGGAGCAGCCTGTCTCGCAGACGACCACTCTCCCACAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AAGGTTCTAGACAGCACACCTGTGCTTG         ATAGCGTGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 153863 AAGGTTCTAGACAGCACACCTGTGCTTGGTG...CAGATAGCGTGCTGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGAGAGCCTCAGGCTTACAGCTGCCCCCTTCATCACCCGCGAGGTTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154869 TGAGAGCCTCAGGCTTACAGCTGCCCCCTTCATCACCCGCGAGGTTGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGGACCTGGCCATGCCCATGGCAGACGGGCGAGAATTCAACCTGCGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154919 TGGACCTGGCCATGCCCATGGCAGACGGGCGAGAATTCAACCTGCGACGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGTGACCGCCTCCTCCTCTTCCCCTTCCTGAGCCCCCAGAGAGACCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154969 GGTGACCGCCTCCTCCTCTTCCCCTTCCTGAGCCCCCAGAGAGACCCAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 AATCTACACAGACCCAGAG         GTATTTAAATACAACCGATTCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 155019 AATCTACACAGACCCAGAGGTA...CAGGTATTTAAATACAACCGATTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGAACCCTGACGGATCAGAGAAGAAAGACTTTTACAAGGATGGGAAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156960 TGAACCCTGACGGATCAGAGAAGAAAGACTTTTACAAGGATGGGAAACGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CTGAAGAATTACAACATGCCCTGGGGGGCGGGGCACAATCACTGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157010 CTGAAGAATTACAACATGCCCTGGGGGGCGGGGCACAATCACTGCCTGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GAGGAGTTATGCGGTCAACAGCATCAAACA         ATTTGTGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 157060 GAGGAGTTATGCGGTCAACAGCATCAAACAGTG...CAGATTTGTGTTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TTGTGCTGGTGCACTTGGACTTGGAGCTGATCAACGCAGATGTGGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160064 TTGTGCTGGTGCACTTGGACTTGGAGCTGATCAACGCAGATGTGGAGATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CCTGAGTTTGACCTCAGCAGGTACGGCTTCGGTCTGATGCAGCCGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160114 CCTGAGTTTGACCTCAGCAGGTACGGCTTCGGTCTGATGCAGCCGGAACA

   1550     .    :    .    :    .    :
   1470 CGACGTGCCCGTCCGCTACCGCATCCGCCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 160164 CGACGTGCCCGTCCGCTACCGCATCCGCCCA