seq1 = pF1KE1944.tfa, 1500 bp
seq2 = pF1KE1944/gi568815592r_44159222.tfa (gi568815592r:44159222_44365763), 206542 bp

>pF1KE1944 1500
>gi568815592r:44159222_44365763 (Chr6)

(complement)

1-782  (100001-100782)   100% ->
783-885  (103102-103204)   100% ->
886-1108  (103916-104138)   100% ->
1109-1197  (105225-105313)   100% ->
1198-1437  (105482-105721)   100% ->
1438-1500  (106480-106542)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATCAACGAAGGAGTGAGTCAAGGCCCGGGAACCACAGACTCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATCAACGAAGGAGTGAGTCAAGGCCCGGGAACCACAGACTCCAAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTACGCAGAGCCCGGGAAGGGGGATTCCGGAGGGGCGGGGCCTCTTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTACGCAGAGCCCGGGAAGGGGGATTCCGGAGGGGCGGGGCCTCTTTCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAAGCGCCCGCCGGGGGCGGGGAGGGGGCGGGGCCATCCGCGTGAGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAAGCGCCCGCCGGGGGCGGGGAGGGGGCGGGGCCATCCGCGTGAGGCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCTGTTGGTCCGGAGGGGCGGGGCGAGGAGGAGGACCCGCTTGGGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCTGTTGGTCCGGAGGGGCGGGGCGAGGAGGAGGACCCGCTTGGGCGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCGGCTGCCCACAGTAACCGCTGGGTGGACCTGGCCAGCGCTCCGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCGGCTGCCCACAGTAACCGCTGGGTGGACCTGGCCAGCGCTCCGAACCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGTCCTCGCTGCGCGCCGGCCCCTCGGAGCCCCACAGCCCGGGAAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGTCCTCGCTGCGCGCCGGCCCCTCGGAGCCCCACAGCCCGGGAAGGAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCGCCGCGGGCCGGGCGCCCGCTCTGCCAAGCGGACCCGCAACCCGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCGCCGCGGGCCGGGCGCCCGCTCTGCCAAGCGGACCCGCAACCCGGAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCGGCGCGGCGGAGCCTGGAGCCGGATCCTGCTCAGACCGGGCCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGCGGCGCGGCGGAGCCTGGAGCCGGATCCTGCTCAGACCGGGCCCCGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGGCCAGAGCCGCGGGCATGTCGGAGGCGCGGAAGGGGCCGGACGAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGGCCAGAGCCGCGGGCATGTCGGAGGCGCGGAAGGGGCCGGACGAGGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGGAGAGCCAGTACGACTCTGGCATTGAGTCTCTGCGCTCTCTGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAGGAGAGCCAGTACGACTCTGGCATTGAGTCTCTGCGCTCTCTGCGCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCTACCCGAGTCCACCTCGGCTCCAGCCTCCGGGCCCTCGGACGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCTACCCGAGTCCACCTCGGCTCCAGCCTCCGGGCCCTCGGACGGCAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCCAGCCCTGCACCCATCCTCCGGGACCCGTCAAGGAACCACAGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCCAGCCCTGCACCCATCCTCCGGGACCCGTCAAGGAACCACAGGAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAAGACGCGGATGGGGAGCGGGCTGATTCCACCTATGGCTCCTCCTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAAGACGCGGATGGGGAGCGGGCTGATTCCACCTATGGCTCCTCCTCGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CACCTACACCCTGTCCTTGCTGGGGGGCCCCGAGGCTGAGGACCCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CACCTACACCCTGTCCTTGCTGGGGGGCCCCGAGGCTGAGGACCCGGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CACGCCTGCCACTCCCCCACGTGGGGGCGCTGAGCCCTCAGCAGCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CACGCCTGCCACTCCCCCACGTGGGGGCGCTGAGCCCTCAGCAGCTGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCACTCACTTACATCTCCGAGGACGGAGACAC         GCTGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100751 GCACTCACTTACATCTCCGAGGACGGAGACACGTG...TAGGCTGGTCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CCTGGCAGTGATTCATGAGGCCCCAGCGGTGCTGCTCTGTTGCCTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103111 CCTGGCAGTGATTCATGAGGCCCCAGCGGTGCTGCTCTGTTGCCTGGCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TGCTGCCCCAGGAGGTCCTGGACATTCAAAATAACCTTTACCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 103161 TGCTGCCCCAGGAGGTCCTGGACATTCAAAATAACCTTTACCAGGTT...

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    886    ACAGCACTCCATCTGGCTGTACATCTGGACCAACCGGGCGCAGTTCG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103913 CAGACAGCACTCCATCTGGCTGTACATCTGGACCAACCGGGCGCAGTTCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GGCACTGGTGCTGAAGGGGGCCAGCCGGGCACTACAGGACCGGCATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103963 GGCACTGGTGCTGAAGGGGGCCAGCCGGGCACTACAGGACCGGCATGGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ACACAGCCCTTCATGTGGCCTGCCAGCGCCAGCACTTGGCCTGTGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104013 ACACAGCCCTTCATGTGGCCTGCCAGCGCCAGCACTTGGCCTGTGCCCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TGCCTGCTGGAAGGGCGGCCAGAGCCAGGCAGAGGAACATCTCACTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104063 TGCCTGCTGGAAGGGCGGCCAGAGCCAGGCAGAGGAACATCTCACTCTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GGACCTCCAGCTGCAAAACTGGCAAG         GTCTGGCTTGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104113 GGACCTCCAGCTGCAAAACTGGCAAGGTG...CAGGTCTGGCTTGTCTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 ACATTGCCACCCTTCAGAAGAACCAACCACTCATGGAATTGCTGCTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105240 ACATTGCCACCCTTCAGAAGAACCAACCACTCATGGAATTGCTGCTTCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 AATGGAGCTGACATTGATGTGCAG         GAGGGCACCAGTGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 105290 AATGGAGCTGACATTGATGTGCAGGTG...CAGGAGGGCACCAGTGGTAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GACAGCGCTGCACCTGGCTGTGGAAACCCAAGAGCGGGGCCTGGTACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105499 GACAGCGCTGCACCTGGCTGTGGAAACCCAAGAGCGGGGCCTGGTACAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TCCTGCTCCAGGCTGGTGCCCAGGTAGATGCCCGCATGCTGAACGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105549 TCCTGCTCCAGGCTGGTGCCCAGGTAGATGCCCGCATGCTGAACGGGTGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 ACACCCCTGCACCTGGCAGCTGGCCGGGGTCTCATGGGCATCTCATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105599 ACACCCCTGCACCTGGCAGCTGGCCGGGGTCTCATGGGCATCTCATCCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 TCTGTGCAAGGCGGGTGCTGACTCCCTGCTGCGGAATGTGGAGGATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105649 TCTGTGCAAGGCGGGTGCTGACTCCCTGCTGCGGAATGTGGAGGATGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 CGCCCCAGGACCTGACTGAGGAA         TCCCTTGTCCTTTTGCCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 105699 CGCCCCAGGACCTGACTGAGGAAGTA...CAGTCCCTTGTCCTTTTGCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1456 TTTGATGACCTGAAGATCTCAGGGAAACTGCTGCTGTGTACCGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106498 TTTGATGACCTGAAGATCTCAGGGAAACTGCTGCTGTGTACCGAC