seq1 = pF1KE1943.tfa, 1494 bp
seq2 = pF1KE1943/gi568815589r_96409673.tfa (gi568815589r:96409673_96719378), 309706 bp

>pF1KE1943 1494
>gi568815589r:96409673_96719378 (Chr9)

(complement)

1-160  (100001-100160)   100% ->
161-251  (153896-153986)   100% ->
252-327  (154527-154602)   100% ->
328-420  (156594-156686)   100% ->
421-497  (167507-167583)   100% ->
498-564  (177487-177553)   100% ->
565-627  (180239-180301)   100% ->
628-715  (184837-184924)   100% ->
716-946  (185222-185452)   100% ->
947-1085  (195654-195792)   100% ->
1086-1245  (195959-196118)   100% ->
1246-1343  (196776-196873)   100% ->
1344-1460  (209590-209706)   100% ->
1461-1494  (215590-215623)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCGGAAAAGCGAGCGGCGGTCGAGCTGGGCCGCCGCGCCCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCGGAAAAGCGAGCGGCGGTCGAGCTGGGCCGCCGCGCCCCCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCGCGGCGCTGCTCGTCGACCTCGCCGGGTGTGAAGAAGATCCGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCGCGGCGCTGCTCGTCGACCTCGCCGGGTGTGAAGAAGATCCGCAGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCACGCAGCAAGACCCGCGCCGCCGGGACCCCCAGGACGACGTGTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCACGCAGCAAGACCCGCGCCGCCGGGACCCCCAGGACGACGTGTACCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACATCACCG         ATCGCCTTTGTTTTGCCATTCTCTACAGCAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACATCACCGGTG...CAGATCGCCTTTGTTTTGCCATTCTCTACAGCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACCAAAGAGTGCATCAAATGTACATTATTTCAGCATAGATAATGAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153927 ACCAAAGAGTGCATCAAATGTACATTATTTCAGCATAGATAATGAACTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AATATGAGAA         CTTCTACGCAGATTTTGGACCACTCAATCTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 153977 AATATGAGAAGTA...AAGCTTCTACGCAGATTTTGGACCACTCAATCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCAATGGTTTACAGATATTGTTGCAAGATCAATAAGAAATTAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 154558 GCAATGGTTTACAGATATTGTTGCAAGATCAATAAGAAATTAAAGGTA..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    328     TCCATTACAATGTTAAGGAAGAAAATTGTTCATTTTACTGGCTCTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154608 .CAGTCCATTACAATGTTAAGGAAGAAAATTGTTCATTTTACTGGCTCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATCAGAGAAAACAAGCAAATGCTGCCTTCCTTGTTGGATGCTACATG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 156640 ATCAGAGAAAACAAGCAAATGCTGCCTTCCTTGTTGGATGCTACATGGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    421       GTTATATATTTGGGGAGAACCCCAGAAGAAGCATATAGAATATT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156690 ...TAGGTTATATATTTGGGGAGAACCCCAGAAGAAGCATATAGAATATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AATCTTTGGAGAGACATCCTATATTCCTTTCAG         AGATGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 167551 AATCTTTGGAGAGACATCCTATATTCCTTTCAGGTA...CAGAGATGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCTATGGAAGTTGCAATTTCTACATTACACTTCTTGACTGTTTTCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177495 CCTATGGAAGTTGCAATTTCTACATTACACTTCTTGACTGTTTTCATGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTAAAGAAG         GCAATGCAGTATGGCTTCCTTAATTTCAACTC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 177545 GTAAAGAAGGTG...TAGGCAATGCAGTATGGCTTCCTTAATTTCAACTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ATTTAACCTTGATGAATATGAACACTATGAA         AAAGCAGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 180271 ATTTAACCTTGATGAATATGAACACTATGAAGTA...CAGAAAGCAGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATGGAGATTTAAATTGGATAATACCAGACCGATTTATTGCCTTCTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184847 ATGGAGATTTAAATTGGATAATACCAGACCGATTTATTGCCTTCTGTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CCTCATTCAAGAGCCAGACTTGAAAGTG         GTTACCACCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 184897 CCTCATTCAAGAGCCAGACTTGAAAGTGGTA...TAGGTTACCACCAACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TTCTCCTGAGACTTATATTCAATATTTTAAGAATCACAATGTTACTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185235 TTCTCCTGAGACTTATATTCAATATTTTAAGAATCACAATGTTACTACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TTATTCGTCTGAATAAAAGGATGTATGATGCCAAACGCTTTACGGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185285 TTATTCGTCTGAATAAAAGGATGTATGATGCCAAACGCTTTACGGATGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GGCTTCGATCACCATGATCTTTTCTTTGCGGATGGCAGCACCCCTACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185335 GGCTTCGATCACCATGATCTTTTCTTTGCGGATGGCAGCACCCCTACTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGCCATTGTCAAAGAATTCCTAGATATCTGTGAAAATGCTGAGGGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185385 TGCCATTGTCAAAGAATTCCTAGATATCTGTGAAAATGCTGAGGGTGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTGCAGTACATTGCAAAG         CTGGCCTTGGTCGCACGGGCACT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 185435 TTGCAGTACATTGCAAAGGTA...TAGCTGGCCTTGGTCGCACGGGCACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CTGATAGCCTGCTACATCATGAAGCATTACAGGATGACAGCAGCCGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195677 CTGATAGCCTGCTACATCATGAAGCATTACAGGATGACAGCAGCCGAGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CATTGCGTGGGTCAGGATCTGCAGACCTGGCTCGGTGATTGGGCCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195727 CATTGCGTGGGTCAGGATCTGCAGACCTGGCTCGGTGATTGGGCCTCAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGCAGTTTTTGGTGAT         GAAGCAAACCAACCTCTGGCTGGAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 195777 AGCAGTTTTTGGTGATGTA...TAGGAAGCAAACCAACCTCTGGCTGGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GGGGACTATTTTCGTCAGAAGTTAAAGGGGCAGGAGAATGGACAACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195984 GGGGACTATTTTCGTCAGAAGTTAAAGGGGCAGGAGAATGGACAACACAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AGCAGCCTTCTCCAAACTTCTCTCTGGCGTTGATGACATTTCCATAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196034 AGCAGCCTTCTCCAAACTTCTCTCTGGCGTTGATGACATTTCCATAAATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GGGTCGAGAATCAAGATCAGCAAGAACCCGAACCG         TACAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 196084 GGGTCGAGAATCAAGATCAGCAAGAACCCGAACCGGTA...CAGTACAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GATGATGACGAAATCAATGGAGTGACACAAGGTGATAGACTTCGGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196782 GATGATGACGAAATCAATGGAGTGACACAAGGTGATAGACTTCGGGCCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GAAAAGCAGAAGACAATCCAAAACAAACGCTATTCCTCTCAC        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 196832 GAAAAGCAGAAGACAATCCAAAACAAACGCTATTCCTCTCACGTG...CA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1344  AGTAATTCTTCAATCCAGTGTTCAGAGCTGTAAAACATCTGAACCTAAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209589 GAGTAATTCTTCAATCCAGTGTTCAGAGCTGTAAAACATCTGAACCTAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 ATTTCTGGCAGTGCAGGCATTACTAAAAGAACCACCAGATCTGCTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209639 ATTTCTGGCAGTGCAGGCATTACTAAAAGAACCACCAGATCTGCTTCAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GAAAAGCAGTGTTAAAAG         TCTCTCCATTTCAAGGACTAAAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 209689 GAAAAGCAGTGTTAAAAGGTG...TAGTCTCTCCATTTCAAGGACTAAAA

   1600     .    :
   1484 CAGTCTTGCGT
        |||||||||||
 215613 CAGTCTTGCGT