seq1 = pF1KE1942.tfa, 1488 bp
seq2 = pF1KE1942/gi568815597r_30613585.tfa (gi568815597r:30613585_30823551), 209967 bp

>pF1KE1942 1488
>gi568815597r:30613585_30823551 (Chr1)

(complement)

1-94  (100001-100094)   100% ->
95-441  (101801-102147)   100% ->
442-664  (104595-104817)   100% ->
665-790  (106637-106762)   100% ->
791-1207  (107227-107643)   100% ->
1208-1360  (108243-108395)   100% ->
1361-1436  (109225-109300)   100% ->
1437-1488  (109916-109967)   94%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGGTCCTCTCTGGCACTAGCCTCATGCTCTGCAGCCTGCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGGTCCTCTCTGGCACTAGCCTCATGCTCTGCAGCCTGCTGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCCAGGCCCTGTGCAGCCCTGGCCTCGCCCCCCAGTCCAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100051 GCTCCAGGCCCTGTGCAGCCCTGGCCTCGCCCCCCAGTCCAGAGGTG...

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     95    GCCATCTCTGCCGGACGCGGCCCACAGACCTGGTGTTTGTTGTCGAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101798 CAGGCCATCTCTGCCGGACGCGGCCCACAGACCTGGTGTTTGTTGTCGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCTCTCGCAGCGTTCGGCCTGTTGAATTTGAGAAAGTGAAGGTATTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101848 AGCTCTCGCAGCGTTCGGCCTGTTGAATTTGAGAAAGTGAAGGTATTCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTCCCAGGTCATCGAGTCGCTGGACGTGGGGCCCAATGCCACCCGGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101898 GTCCCAGGTCATCGAGTCGCTGGACGTGGGGCCCAATGCCACCCGGGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCATGGTCAACTATGCCAGCACCGTGAAGCAGGAGTTCTCGCTGCGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101948 GCATGGTCAACTATGCCAGCACCGTGAAGCAGGAGTTCTCGCTGCGGGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CATGTCTCCAAGGCCGCACTGCTGCAGGCTGTGCGCCGTATCCAGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101998 CATGTCTCCAAGGCCGCACTGCTGCAGGCTGTGCGCCGTATCCAGCCGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTCCACAGGCACCATGACCGGCCTGGCCATCCAGTTCGCTATCACCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102048 GTCCACAGGCACCATGACCGGCCTGGCCATCCAGTTCGCTATCACCAAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCTTCGGCGATGCAGAGGGTGGTCGTTCCAGGTCCCCTGACATCAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102098 CCTTCGGCGATGCAGAGGGTGGTCGTTCCAGGTCCCCTGACATCAGCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442          GTGGTCATCGTGGTGACAGACGGGAGGCCCCAGGACAGCGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102148 GTA...CAGGTGGTCATCGTGGTGACAGACGGGAGGCCCCAGGACAGCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCAGGACGTGTCTGCGCGGGCCCGGGCCAGCGGCGTCGAGCTGTTCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104636 GCAGGACGTGTCTGCGCGGGCCCGGGCCAGCGGCGTCGAGCTGTTCGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCGGAGTGGGCAGCGTGGACAAGGCCACGCTGCGGCAGATCGCCAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104686 TCGGAGTGGGCAGCGTGGACAAGGCCACGCTGCGGCAGATCGCCAGCGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CCGCAGGACGAACACGTCGATTACGTGGAGAGCTACAGCGTCATCGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104736 CCGCAGGACGAACACGTCGATTACGTGGAGAGCTACAGCGTCATCGAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCTGTCCAGGAAGTTCCAGGAGGCCTTCTGCG         TGGTGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104786 GCTGTCCAGGAAGTTCCAGGAGGCCTTCTGCGGTG...CAGTGGTGTCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACCTGTGCGCCACAGGGGACCATGACTGTGAGCAGGTGTGCATCAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106646 ACCTGTGCGCCACAGGGGACCATGACTGTGAGCAGGTGTGCATCAGCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CCCGGTTCCTACACCTGCGCCTGCCACGAGGGCTTCACTCTGAACAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106696 CCCGGTTCCTACACCTGCGCCTGCCACGAGGGCTTCACTCTGAACAGCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CGGCAAGACCTGCAATG         TCTGCAGTGGTGGTGGTGGCAGCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 106746 CGGCAAGACCTGCAATGGTC...CAGTCTGCAGTGGTGGTGGTGGCAGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CGGCCACTGACCTGGTCTTCCTCATTGACGGATCCAAGAGTGTGAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107251 CGGCCACTGACCTGGTCTTCCTCATTGACGGATCCAAGAGTGTGAGGCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GAGAACTTTGAGCTGGTGAAGAAGTTCATCAGTCAGATCGTGGATACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107301 GAGAACTTTGAGCTGGTGAAGAAGTTCATCAGTCAGATCGTGGATACGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GGACGTGTCAGACAAGCTGGCCCAGGTGGGGCTGGTGCAGTACTCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107351 GGACGTGTCAGACAAGCTGGCCCAGGTGGGGCTGGTGCAGTACTCAAGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CTGTGCGCCAGGAGTTCCCCCTGGGTCGCTTCCACACCAAGAAGGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107401 CTGTGCGCCAGGAGTTCCCCCTGGGTCGCTTCCACACCAAGAAGGACATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AAGGCGGCTGTGCGGAATATGTCCTACATGGAGAAGGGCACAATGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107451 AAGGCGGCTGTGCGGAATATGTCCTACATGGAGAAGGGCACAATGACTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GGCTGCTCTCAAGTACCTCATTGACAATTCCTTCACTGTGTCCAGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107501 GGCTGCTCTCAAGTACCTCATTGACAATTCCTTCACTGTGTCCAGTGGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 CTAGGCCCGGGGCCCAGAAGGTGGGCATTGTCTTCACTGATGGCCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107551 CTAGGCCCGGGGCCCAGAAGGTGGGCATTGTCTTCACTGATGGCCGGAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CAGGACTACATTAATGATGCTGCCAAGAAGGCCAAAGACCTCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107601 CAGGACTACATTAATGATGCTGCCAAGAAGGCCAAAGACCTCGGTA...C

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1208   GCTTTAAGATGTTTGCTGTGGGTGTGGGCAATGCCGTGGAGGATGAGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108241 AGGCTTTAAGATGTTTGCTGTGGGTGTGGGCAATGCCGTGGAGGATGAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TGAGGGAAATAGCCTCAGAGCCTGTGGCAGAGCACTACTTCTACACGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108291 TGAGGGAAATAGCCTCAGAGCCTGTGGCAGAGCACTACTTCTACACGGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GACTTCAAGACCATCAACCAGATAGGCAAGAAGTTGCAGAAGAAGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108341 GACTTCAAGACCATCAACCAGATAGGCAAGAAGTTGCAGAAGAAGATCTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 TGTGG         AGGAAGACCCGTGTGCCTGCGAGTCCCTGGTGAAAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108391 TGTGGGTG...CAGAGGAAGACCCGTGTGCCTGCGAGTCCCTGGTGAAAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 TCCAAGCCAAAGTGGAGGGGCTGCTGCAGGCCCTGACCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>> 
 109261 TCCAAGCCAAAGTGGAGGGGCTGCTGCAGGCCCTGACCAGGAA...GAGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 AAACTGGAAGCTGTGAGTAAGCGGCTGGCCATCCTGGAGAACACAGTTGT
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109917 CCACTGGAAGCTGTGAGTAAGCGGCTGGCCATCCTGGAGAACACAGTTGT

   1550 
   1488 C
        |
 109967 C