seq1 = pF1KE1940.tfa, 1458 bp
seq2 = pF1KE1940/gi568815582r_67887509.tfa (gi568815582r:67887509_68093212), 205704 bp

>pF1KE1940 1458
>gi568815582r:67887509_68093212 (Chr16)

(complement)

1-263  (100001-100263)   100% ->
264-390  (100577-100703)   100% ->
391-520  (101020-101149)   100% ->
521-662  (101234-101375)   100% ->
663-732  (102029-102098)   100% ->
733-909  (102216-102392)   100% ->
910-994  (103082-103166)   100% ->
995-1070  (103815-103890)   100% ->
1071-1206  (105226-105361)   100% ->
1207-1458  (105453-105704)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCCCTCCGGCCTCGAGGGTCCCGGCACGTTTGGTCGGTGGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGCCCTCCGGCCTCGAGGGTCCCGGCACGTTTGGTCGGTGGCCTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGAGTCTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGCTCCAGCCTGTAACCTGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGAGTCTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGCTCCAGCCTGTAACCTGTGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACACCACGCCAGGCCCCCCCAGAGCCCTCACCACGCTGGGCGCCCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACACCACGCCAGGCCCCCCCAGAGCCCTCACCACGCTGGGCGCCCCCAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCCACACCATGCCGGGCACCTACGCTCCCTCGACCACACTCAGTAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCCACACCATGCCGGGCACCTACGCTCCCTCGACCACACTCAGTAGTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCACCCAGGGCCTGCAAGAGCAGGCACGGGCCCTGATGCGGGACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGCACCCAGGGCCTGCAAGAGCAGGCACGGGCCCTGATGCGGGACTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGCTCGTGGACGG         CCACAACGACCTGCCCCTGGTCCTAAGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGCTCGTGGACGGGTG...CAGCCACAACGACCTGCCCCTGGTCCTAAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGGTTTACCAGAAAGGGCTACAGGATGTTAACCTGCGCAATTTCAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100605 CAGGTTTACCAGAAAGGGCTACAGGATGTTAACCTGCGCAATTTCAGCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGGCCAGACCAGCCTGGACAGGCTTAGAGATGGCCTCGTGGGCGCCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100655 CGGCCAGACCAGCCTGGACAGGCTTAGAGATGGCCTCGTGGGCGCCCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    391         TTCTGGTCAGCCTATGTGCCATGCCAGACCCAGGACCGGGAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100705 TA...CAGTTCTGGTCAGCCTATGTGCCATGCCAGACCCAGGACCGGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCCTGCGCCTCACCCTGGAGCAGATTGACCTCATACGCCGCATGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101062 GCCCTGCGCCTCACCCTGGAGCAGATTGACCTCATACGCCGCATGTGTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTCCTATTCTGAGCTGGAGCTTGTGACCTCGGCTAAAG         CTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101112 CTCCTATTCTGAGCTGGAGCTTGTGACCTCGGCTAAAGGTA...CAGCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGAACGACACTCAGAAATTGGCCTGCCTCATCGGTGTAGAGGGTGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101237 TGAACGACACTCAGAAATTGGCCTGCCTCATCGGTGTAGAGGGTGGCCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCGCTGGACAATAGCCTCTCCATCTTACGTACCTTCTACATGCTGGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101287 TCGCTGGACAATAGCCTCTCCATCTTACGTACCTTCTACATGCTGGGAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCGCTACCTGACGCTCACCCACACCTGCAACACACCCTG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101337 GCGCTACCTGACGCTCACCCACACCTGCAACACACCCTGGTG...CAGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CAGAGAGCTCCGCTAAGGGCGTCCACTCCTTCTACAACAACATCAGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102031 CAGAGAGCTCCGCTAAGGGCGTCCACTCCTTCTACAACAACATCAGCGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTGACTGACTTTGGTGAG         AAGGTGGTGGCAGAAATGAACCG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102081 CTGACTGACTTTGGTGAGGTG...CAGAAGGTGGTGGCAGAAATGAACCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCTGGGCATGATGGTAGACTTATCCCATGTCTCAGATGCTGTGGCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102239 CCTGGGCATGATGGTAGACTTATCCCATGTCTCAGATGCTGTGGCACGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GGGCCCTGGAAGTGTCACAGGCACCTGTGATCTTCTCCCACTCGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102289 GGGCCCTGGAAGTGTCACAGGCACCTGTGATCTTCTCCCACTCGGCTGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CGGGGTGTGTGCAACAGTGCTCGGAATGTTCCTGATGACATCCTGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102339 CGGGGTGTGTGCAACAGTGCTCGGAATGTTCCTGATGACATCCTGCAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TCTG         AAGAAGAACGGTGGCGTCGTGATGGTGTCTTTGTCCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102389 TCTGGTG...CAGAAGAAGAACGGTGGCGTCGTGATGGTGTCTTTGTCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGGGAGTAATACAGTGCAACCCATCAGCCAATGTGTCCACTGTGGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 103119 TGGGAGTAATACAGTGCAACCCATCAGCCAATGTGTCCACTGTGGCAGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    995        ATCACTTCGACCACATCAAGGCTGTCATTGGATCCAAGTTCAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103169 A...CAGATCACTTCGACCACATCAAGGCTGTCATTGGATCCAAGTTCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CGGGATTGGTGGAGATTATGATGGGGCCGGCAA         ATTCCCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103858 CGGGATTGGTGGAGATTATGATGGGGCCGGCAAGTG...CAGATTCCCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGGGGCTGGAAGACGTGTCCACATACCCGGTCCTGATAGAGGAGTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105234 AGGGGCTGGAAGACGTGTCCACATACCCGGTCCTGATAGAGGAGTTGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AGTCGTGGCTGGAGTGAGGAAGAGCTTCAGGGTGTCCTTCGTGGAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105284 AGTCGTGGCTGGAGTGAGGAAGAGCTTCAGGGTGTCCTTCGTGGAAACCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCTGCGGGTCTTCAGACAAGTGGAAAAG         GTACAGGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 105334 GCTGCGGGTCTTCAGACAAGTGGAAAAGGTA...TAGGTACAGGAAGAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ACAAATGGCAAAGCCCCTTGGAGGACAAGTTCCCGGATGAGCAGCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105466 ACAAATGGCAAAGCCCCTTGGAGGACAAGTTCCCGGATGAGCAGCTGAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AGTTCCTGCCACTCCGACCTCTCACGTCTGCGTCAGAGACAGAGTCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105516 AGTTCCTGCCACTCCGACCTCTCACGTCTGCGTCAGAGACAGAGTCTGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TTCAGGCCAGGAACTCACTGAGATTCCCATACACTGGACAGCCAAGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105566 TTCAGGCCAGGAACTCACTGAGATTCCCATACACTGGACAGCCAAGTTAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CAGCCAAGTGGTCAGTCTCAGAGTCCTCCCCCCACATGGCCCCAGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105616 CAGCCAAGTGGTCAGTCTCAGAGTCCTCCCCCCACATGGCCCCAGTCCTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .
   1420 GCAGTTGTGGCCACCTTCCCAGTCCTTATTCTGTGGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105666 GCAGTTGTGGCCACCTTCCCAGTCCTTATTCTGTGGCTC