seq1 = pF1KE1939.tfa, 1443 bp
seq2 = pF1KE1939/gi568815578f_38246517.tfa (gi568815578f:38246517_38476666), 230150 bp

>pF1KE1939 1443
>gi568815578f:38246517_38476666 (Chr20)

1-124  (100001-100124)   100% ->
125-239  (103032-103146)   100% ->
240-368  (104295-104423)   100% ->
369-524  (107768-107923)   100% ->
525-588  (108830-108893)   100% ->
589-652  (114188-114251)   98% ->
653-744  (117459-117550)   100% ->
745-921  (118060-118236)   100% ->
922-981  (120253-120312)   100% ->
982-1149  (122479-122646)   100% ->
1150-1217  (124222-124289)   100% ->
1218-1260  (124764-124806)   100% ->
1261-1324  (126556-126619)   98% ->
1325-1401  (127421-127497)   100% ->
1402-1443  (130109-130150)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGCCTTGGCCAGAGCCCTGCCGTCCATACTGCTGGCATTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGCCTTGGCCAGAGCCCTGCCGTCCATACTGCTGGCATTGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TACGTCCACCCCAGAGGCTCTGGGTGCCAACCCCGGCTTGGTCGCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TACGTCCACCCCAGAGGCTCTGGGTGCCAACCCCGGCTTGGTCGCCAGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCACCGACAAGGGACTGCAGTATG         CGGCCCAGGAGGGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100101 TCACCGACAAGGGACTGCAGTATGGTA...CAGCGGCCCAGGAGGGGCTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTAGCTCTGCAGAGTGAGCTGCTCAGGATCACGCTGCCTGACTTCACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103049 TTAGCTCTGCAGAGTGAGCTGCTCAGGATCACGCTGCCTGACTTCACCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGACTTGAGGATCCCCCACGTCGGCCGTGGGCGCTATGAGTTCCACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 103099 GGACTTGAGGATCCCCCACGTCGGCCGTGGGCGCTATGAGTTCCACAGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    240        CCTGAACATCCACAGCTGTGAGCTGCTTCACTCTGCGCTGAGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103149 G...CAGCCTGAACATCCACAGCTGTGAGCTGCTTCACTCTGCGCTGAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTGTCCCTGGCCAGGGCCTGAGTCTCAGCATCTCCGACTCCTCCATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104338 CCTGTCCCTGGCCAGGGCCTGAGTCTCAGCATCTCCGACTCCTCCATCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGTCCAGGGCAGGTGGAAGGTGCGCAAGTCATTCTT         CAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 104388 GGTCCAGGGCAGGTGGAAGGTGCGCAAGTCATTCTTGTA...CAGCAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TACAGGGCTCCTTTGATGTCAGTGTCAAGGGCATCAGCATTTCGGTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107773 TACAGGGCTCCTTTGATGTCAGTGTCAAGGGCATCAGCATTTCGGTCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTCCTGTTGGGCAGCGAGTCCTCCGGGAGGCCCACAGTTACTGCCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107823 CTCCTGTTGGGCAGCGAGTCCTCCGGGAGGCCCACAGTTACTGCCTCCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTGCAGCAGTGACATCGCTGACGTGGAGGTGGACATGTCGGGAGACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107873 CTGCAGCAGTGACATCGCTGACGTGGAGGTGGACATGTCGGGAGACTTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 G         GTGGCTGTTGAACCTCTTCCACAACCAGATTGAGTCCAAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107923 GGTA...CAGGTGGCTGTTGAACCTCTTCCACAACCAGATTGAGTCCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTCCAGAAAGTACTGGAGAGCAGG         ATTTGCGAAATGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108870 TTCCAGAAAGTACTGGAGAGCAGGGTA...CAGATTTGCGAAATGATCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GAAATCGGTGTCCTCCGATCTACAGCCTTATCTCCAAACTCTGCCAG   
        |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 114205 GAAATCAGTGTCCTCCGATCTACAGCCTTATCTCCAAACTCTGCCAGGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    653       TTACAACAGAGATTGACAGTTTCGCCGACATTGATTATAGCTTA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114255 ...CAGTTACAACAGAGATTGACAGTTTCGCCGACATTGATTATAGCTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTGGAAGCCCCTCGGGCAACAGCCCAGATGCTGGAGGTGATGTTTAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 117503 GTGGAAGCCCCTCGGGCAACAGCCCAGATGCTGGAGGTGATGTTTAAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    745        GGTGAAATCTTTCATCGTAACCACCGTTCTCCAGTTACCCTCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117553 G...CAGGGTGAAATCTTTCATCGTAACCACCGTTCTCCAGTTACCCTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TTGCTGCAGTCATGAGCCTTCCTGAGGAACACAACAAAATGGTCTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118103 TTGCTGCAGTCATGAGCCTTCCTGAGGAACACAACAAAATGGTCTACTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCCATCTCGGATTATGTCTTCAACACGGCCAGCCTGGTTTATCATGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118153 GCCATCTCGGATTATGTCTTCAACACGGCCAGCCTGGTTTATCATGAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGGATATCTGAACTTCTCCATCACAGATGACATG         ATACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 118203 AGGATATCTGAACTTCTCCATCACAGATGACATGGTG...CAGATACCGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTGACTCTAATATCCGACTGACCACCAAGTCCTTCCGACCCTTCGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120260 CTGACTCTAATATCCGACTGACCACCAAGTCCTTCCGACCCTTCGTCCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CGG         TTAGCCAGGCTCTACCCCAACATGAACCTGGAACTCCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120310 CGGGTA...CAGTTAGCCAGGCTCTACCCCAACATGAACCTGGAACTCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GGGATCAGTGCCCTCTGCTCCGCTCCTGAACTTCAGCCCTGGGAATCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122517 GGGATCAGTGCCCTCTGCTCCGCTCCTGAACTTCAGCCCTGGGAATCTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTGTGGACCCCTATATGGAGATAGATGCCTTTGTGCTCCTGCCCAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122567 CTGTGGACCCCTATATGGAGATAGATGCCTTTGTGCTCCTGCCCAGCTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AGCAAGGAGCCTGTCTTCCGGCTCAGTGTG         GCCACTAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 122617 AGCAAGGAGCCTGTCTTCCGGCTCAGTGTGGTA...CAGGCCACTAATGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GTCCGCCACCTTGACCTTCAATACCAGCAAGATCACTGGGTTCCTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124233 GTCCGCCACCTTGACCTTCAATACCAGCAAGATCACTGGGTTCCTGAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CAGGAAA         GGTAAAAGTGGAACTGAAAGAATCCAAAGTTGGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124283 CAGGAAAGTA...CAGGGTAAAAGTGGAACTGAAAGAATCCAAAGTTGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CTATTCAAT         GCAGAGCTGTTGGAAGCGCTCCTCAACTATTA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 124798 CTATTCAATGTA...CAGGCAGAGCTGTTGGAAGCGCTCCTCAACTATTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CATCCTTAACACCCTCTACCCCAAGTTCAATG         ATAAGTTGG
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 126588 CATCCTTAACACCTTCTACCCCAAGTTCAATGGTA...TAGATAAGTTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CCGAAGGCTTCCCCCTTCCTCTGCTGAAGCGTGTTCAGCTCTACGACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127430 CCGAAGGCTTCCCCCTTCCTCTGCTGAAGCGTGTTCAGCTCTACGACCTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GGGCTGCAGATCCATAAG         GACTTCCTGTTCTTGGGTGCCAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 127480 GGGCTGCAGATCCATAAGGTC...TAGGACTTCCTGTTCTTGGGTGCCAA

   1550     .    :    .
   1425 TGTCCAATACATGAGAGTT
        |||||||||||||||||||
 130132 TGTCCAATACATGAGAGTT