seq1 = pF1KE1936.tfa, 1425 bp
seq2 = pF1KE1936/gi568815597f_42730449.tfa (gi568815597f:42730449_42943229), 212781 bp

>pF1KE1936 1425
>gi568815597f:42730449_42943229 (Chr1)

1-85  (100001-100085)   98% ->
86-433  (100320-100667)   100% ->
434-550  (104590-104706)   100% ->
551-583  (105284-105316)   100% ->
584-616  (106710-106742)   100% ->
617-637  (108453-108473)   100% ->
638-658  (109585-109605)   100% ->
659-685  (109704-109730)   100% ->
686-712  (109822-109848)   100% ->
713-1425  (112069-112781)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGATGGCGAGTTCTGCTGGCTCCTGGCTCTCTGGCTGCCTCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGATGGCGAGTTCTGCTGGCTCCTGGCTCTCTGGCTGCCTCATCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTCGTCTTCCTCCGGCTGTCTGTGTATGTGTCAG         GCCACG
        ||||||||||||||||||||||||| |||||||||>>>...>>>||||||
 100051 TCTCGTCTTCCTCCGGCTGTCTGTGCATGTGTCAGGTA...CAGGCCACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGGGGATGCCGGCAAGTTCCACGTGGCCCTACTAGGGGGCACAGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100326 CAGGGGATGCCGGCAAGTTCCACGTGGCCCTACTAGGGGGCACAGCCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGCTCTGCCCTCTCTCCCTCTGGCCCGGGACGGTACCCAAGGAGGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100376 CTGCTCTGCCCTCTCTCCCTCTGGCCCGGGACGGTACCCAAGGAGGTGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTGGCTGCGGTCCCCATTCCCGCAGCGCTCCCAGGCTGTTCACATATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100426 GTGGCTGCGGTCCCCATTCCCGCAGCGCTCCCAGGCTGTTCACATATTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGGATGGGAAGGACCAGGATGAAGATCTGATGCCGGAATATAAGGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100476 GGGATGGGAAGGACCAGGATGAAGATCTGATGCCGGAATATAAGGGGAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACGGTGCTAGTGAGAGATGCCCAAGAGGGAAGTGTCACTCTGCAGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100526 ACGGTGCTAGTGAGAGATGCCCAAGAGGGAAGTGTCACTCTGCAGATCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGACGTGCGCCTTGAGGACCAAGGGTCTTACCGATGTCTGATCCAAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100576 TGACGTGCGCCTTGAGGACCAAGGGTCTTACCGATGTCTGATCCAAGTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GAAATCTGAGTAAAGAGGACACCGTGATCCTGCAGGTTGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100626 GAAATCTGAGTAAAGAGGACACCGTGATCCTGCAGGTTGCAGGTT...CA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    434  CCCCATCTGTGGGGAGTCTCTCCCCCTCAGCAGTGGCTCTGGCTGTGAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104589 GCCCCATCTGTGGGGAGTCTCTCCCCCTCAGCAGTGGCTCTGGCTGTGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCTGCCTGTCCTGGTACTTCTCATCATGGTGTGCCTTTGCCTTATCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104639 CCTGCCTGTCCTGGTACTTCTCATCATGGTGTGCCTTTGCCTTATCTGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGCAAAGAAGAGCAAAAG         AAAAGCTTCTCTATGAACATGTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 104689 AGCAAAGAAGAGCAAAAGGTA...TAGAAAAGCTTCTCTATGAACATGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACGGAGGTGG         ACAATCTTCTTTCAGACCATGCTAAAGAAAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 105307 ACGGAGGTGGGTA...TAGACAATCTTCTTTCAGACCATGCTAAAGAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AG         GAAAACTCCATAAAGCTGTCA         AGAAACTCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 106741 AGGTA...TAGGAAAACTCCATAAAGCTGTCAGTA...TAGAGAAACTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGAGTGAACTGA         AGTTGAAAAGAGCTGCAGCAAACTCAG  
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||>>
 109594 GGAGTGAACTGAGTA...TAGAGTTGAAAAGAGCTGCAGCAAACTCAGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    686        GCTGGAGAAGAGCCCGGTTGCATTTTG         TGGCAGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 109733 G...CAGGCTGGAGAAGAGCCCGGTTGCATTTTGGTA...CAGTGGCAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 GACCCTGGACCCAGACACAGCACATCCCAAACTCATCCTTTCTGAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112076 GACCCTGGACCCAGACACAGCACATCCCAAACTCATCCTTTCTGAGGACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AAAGATGTGTAAGGCTTGGAGACAGACGGCAGCCTGTACCTGACAACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112126 AAAGATGTGTAAGGCTTGGAGACAGACGGCAGCCTGTACCTGACAACCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CAGAGATTTGATTTCGTTGTCAGCATCCTAGGCTCTGAGTACTTCACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112176 CAGAGATTTGATTTCGTTGTCAGCATCCTAGGCTCTGAGTACTTCACGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TGGCTGCCACTACTGGGAGGTGTATGTGGGAGACAAGACCAAATGGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112226 TGGCTGCCACTACTGGGAGGTGTATGTGGGAGACAAGACCAAATGGATTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TTGGAGTATGTAGTGAGTCAGTGAGCAGGAAGGGGAAGGTTACTGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112276 TTGGAGTATGTAGTGAGTCAGTGAGCAGGAAGGGGAAGGTTACTGCCTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CCTGCCAATGGACACTGGCTTCTGCGACAGAGTCGTGGGAATGAGTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112326 CCTGCCAATGGACACTGGCTTCTGCGACAGAGTCGTGGGAATGAGTATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGCTCTCACATCCCCGCAGACCTCCTTCCGCCTTAAAGAGCCTCCACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112376 AGCTCTCACATCCCCGCAGACCTCCTTCCGCCTTAAAGAGCCTCCACGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GTGTGGGGATTTTCCTGGACTATGAAGCAGGAGTCATCTCTTTCTACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112426 GTGTGGGGATTTTCCTGGACTATGAAGCAGGAGTCATCTCTTTCTACAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GTGACCAACAAGTCCCACATCTTTACTTTCACCCACAATTTCTCTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112476 GTGACCAACAAGTCCCACATCTTTACTTTCACCCACAATTTCTCTGGCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCTTCGCCCTTTCTTTGAACCTTGCCTTCATGATGGAGGAAAAAACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112526 CCTTCGCCCTTTCTTTGAACCTTGCCTTCATGATGGAGGAAAAAACACAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CACCTCTAGTCATTTGTTCAGAACTACACAAATCAGAGGAATCAATTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112576 CACCTCTAGTCATTTGTTCAGAACTACACAAATCAGAGGAATCAATTGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CCCAGGCCAGAAGGGAAAGGCCATGCTAATGGAGATGTGTCCCTCAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112626 CCCAGGCCAGAAGGGAAAGGCCATGCTAATGGAGATGTGTCCCTCAAGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GAACTCTTCTTTACTACCCCCGAAGGCCCCAGAGCTGAAGGATATAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112676 GAACTCTTCTTTACTACCCCCGAAGGCCCCAGAGCTGAAGGATATAATCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TGTCCTTGCCCCCTGACCTTGGCCCAGCCCTTCAGGAGCTCAAGGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112726 TGTCCTTGCCCCCTGACCTTGGCCCAGCCCTTCAGGAGCTCAAGGCTCCT

   1500     .
   1420 TCTTTT
        ||||||
 112776 TCTTTT