seq1 = pF1KE1935.tfa, 1422 bp
seq2 = pF1KE1935/gi568815594r_71652518.tfa (gi568815594r:71652518_71884018), 231501 bp

>pF1KE1935 1422
>gi568815594r:71652518_71884018 (Chr4)

(complement)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-128  (114619-114688)   100% ->
129-261  (115586-115718)   100% ->
262-473  (118376-118587)   100% ->
474-606  (120083-120215)   100% ->
607-701  (120517-120611)   100% ->
702-831  (125848-125977)   100% ->
832-1034  (127105-127307)   100% ->
1035-1164  (128912-129041)   100% ->
1165-1262  (129511-129608)   100% ->
1263-1395  (131369-131501)   98% ->
1396-1422  (137814-137840)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAGGGTCCTGGTACTACTGCTTGCTGTGGCATTTGGACATGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGAGGGTCCTGGTACTACTGCTTGCTGTGGCATTTGGACATGCTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAGAGAG         GCCGGGATTATGAAAAGAATAAAGTCTGCAAGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAGAGAGGTA...TAGGCCGGGATTATGAAAAGAATAAAGTCTGCAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AATTCTCCCATCTGGGAAAGGAGGACTTCACATCTCT         GTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 114652 AATTCTCCCATCTGGGAAAGGAGGACTTCACATCTCTGTA...CAGGTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTAGTCCTGTACAGTAGAAAATTTCCCAGTGGCACGTTTGAACAGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115590 CTAGTCCTGTACAGTAGAAAATTTCCCAGTGGCACGTTTGAACAGGTCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCAACTTGTGAAGGAAGTTGTCTCCTTGACCGAAGCCTGCTGTGCGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115640 CCAACTTGTGAAGGAAGTTGTCTCCTTGACCGAAGCCTGCTGTGCGGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGGCTGACCCTGACTGCTATGACACCAGG         ACCTCAGCACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 115690 GGGCTGACCCTGACTGCTATGACACCAGGGTA...CAGACCTCAGCACTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TCTGCCAAGTCCTGTGAAAGTAATTCTCCATTCCCCGTTCACCCAGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118388 TCTGCCAAGTCCTGTGAAAGTAATTCTCCATTCCCCGTTCACCCAGGCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGCTGAGTGCTGCACCAAAGAGGGCCTGGAACGAAAGCTCTGCATGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118438 TGCTGAGTGCTGCACCAAAGAGGGCCTGGAACGAAAGCTCTGCATGGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTCTGAAACACCAGCCACAGGAATTCCCTACCTACGTGGAACCCACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118488 CTCTGAAACACCAGCCACAGGAATTCCCTACCTACGTGGAACCCACAAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATGAAATCTGTGAGGCGTTCAGGAAAGATCCAAAGGAATATGCTAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118538 GATGAAATCTGTGAGGCGTTCAGGAAAGATCCAAAGGAATATGCTAATCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474          ATTTATGTGGGAATATTCCACTAATTACGGACAAGCTCCTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118588 GTG...CAGATTTATGTGGGAATATTCCACTAATTACGGACAAGCTCCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGTCACTTTTAGTCAGTTACACCAAGAGTTATCTTTCTATGGTAGGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120124 TGTCACTTTTAGTCAGTTACACCAAGAGTTATCTTTCTATGGTAGGGTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGCTGTACCTCTGCAAGCCCAACTGTATGCTTTTTGAAAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 120174 TGCTGTACCTCTGCAAGCCCAACTGTATGCTTTTTGAAAGAGGTA...TA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    607  AGACTCCAGCTTAAACATTTATCACTTCTCACCACTCTGTCAAATAGAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120516 GAGACTCCAGCTTAAACATTTATCACTTCTCACCACTCTGTCAAATAGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCTGCTCACAATATGCTGCTTATGGGGAGAAGAAATCAAGGCTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 120566 TCTGCTCACAATATGCTGCTTATGGGGAGAAGAAATCAAGGCTCAGGTA.

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    702      CAATCTCATAAAGTTAGCCCAAAAAGTGCCTACTGCTGATCTGGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120616 ..TAGCAATCTCATAAAGTTAGCCCAAAAAGTGCCTACTGCTGATCTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGATGTTTTGCCACTAGCTGAAGATATTACTAACATCCTCTCCAAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125893 GGATGTTTTGCCACTAGCTGAAGATATTACTAACATCCTCTCCAAATGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GTGAGTCTGCCTCTGAAGATTGCATGGCCAAAGAG         CTGCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 125943 GTGAGTCTGCCTCTGAAGATTGCATGGCCAAAGAGGTA...TAGCTGCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAACACACAGTAAAACTCTGTGACAATTTATCCACAAAGAATTCTAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127111 GAACACACAGTAAAACTCTGTGACAATTTATCCACAAAGAATTCTAAGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGAAGACTGTTGTCAAGAAAAAACAGCCATGGACGTTTTTGTGTGCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127161 TGAAGACTGTTGTCAAGAAAAAACAGCCATGGACGTTTTTGTGTGCACTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACTTCATGCCAGCTGCCCAACTCCCCGAGCTTCCAGATGTAGAGTTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127211 ACTTCATGCCAGCTGCCCAACTCCCCGAGCTTCCAGATGTAGAGTTGCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACAAACAAAGATGTGTGTGATCCAGGAAACACCAAAGTCATGGATAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 127261 ACAAACAAAGATGTGTGTGATCCAGGAAACACCAAAGTCATGGATAAGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1035       GTATACATTTGAACTAAGCAGAAGGACTCATCTTCCGGAAGTAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127311 ...TAGGTATACATTTGAACTAAGCAGAAGGACTCATCTTCCGGAAGTAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TCCTCAGTAAGGTACTTGAGCCAACCCTAAAAAGCCTTGGTGAATGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128956 TCCTCAGTAAGGTACTTGAGCCAACCCTAAAAAGCCTTGGTGAATGCTGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GATGTTGAAGACTCAACTACCTGTTTTAATGCTAAG         GGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 129006 GATGTTGAAGACTCAACTACCTGTTTTAATGCTAAGGTA...CAGGGCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TCTACTAAAGAAGGAACTATCTTCTTTCATTGACAAGGGACAAGAACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129516 TCTACTAAAGAAGGAACTATCTTCTTTCATTGACAAGGGACAAGAACTAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GTGCAGATTATTCAGAAAATACATTTACTGAGTACAAGAAAAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 129566 GTGCAGATTATTCAGAAAATACATTTACTGAGTACAAGAAAAAGTA...C

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1263   ACTGGCAGAGCGACTAAAAGCAAAATTGCCTGAGGCCACACCCACGGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 131367 AGACTGGCAGAGCGACTAAAAGCAAAATTGCCTGATGCCACACCCACGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ACTGGCAAAGCTGGTTAACAAGCGCTCAGACTTTGCCTCCAACTGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 131417 ACTGGCAAAGCTGGTTAACAAGCACTCAGACTTTGCCTCCAACTGCTGTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CCATAAACTCACCTCCTCTTTACTGTGATTCAGAG         ATTGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 131467 CCATAAACTCACCTCCTCTTTACTGTGATTCAGAGGTA...CAGATTGAT

   1500     .    :    .    :
   1402 GCTGAATTGAAGAATATCCTG
        |||||||||||||||||||||
 137820 GCTGAATTGAAGAATATCCTG