seq1 = pF1KE1931.tfa, 1335 bp
seq2 = pF1KE1931/gi568815587f_66368129.tfa (gi568815587f:66368129_66576164), 208036 bp

>pF1KE1931 1335
>gi568815587f:66368129_66576164 (Chr11)

1-152  (100001-100152)   100% ->
153-282  (103114-103243)   100% ->
283-384  (104241-104342)   100% ->
385-579  (105113-105307)   100% ->
580-768  (105609-105797)   100% ->
769-1335  (107470-108036)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCTGGAAGGAAACCCTGAAGTGGGGTCCCCCCGAACCTCAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGCTGGAAGGAAACCCTGAAGTGGGGTCCCCCCGAACCTCAGACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGCACCGGGGGAACAAGGGCTCTTGCGTTCTCTCCTCTCCCGGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGCACCGGGGGAACAAGGGCTCTTGCGTTCTCTCCTCTCCCGGTGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGCGCAGCCAGGCGAGGAGCCCATCAAGTATGGTGAACTCATCGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGCGCAGCCAGGCGAGGAGCCCATCAAGTATGGTGAACTCATCGTCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GG         CTACAATGGTTGTCTGGCAAGTGGGGACAAGGGCCGCCG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGTG...CAGCTACAATGGTTGTCTGGCAAGTGGGGACAAGGGCCGCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCGAAGCCGCCTGGCACTGAGCCGCCGGTCGCACGCCAACGGGGTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103153 GCGAAGCCGCCTGGCACTGAGCCGCCGGTCGCACGCCAACGGGGTGAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAGACGTCATGCACCACATCTCCACGCCGCTCGTCTCCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 103203 CAGACGTCATGCACCACATCTCCACGCCGCTCGTCTCCAAGGCA...CAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCACTGAGTAACCGTGGTCAGCACAGCATCTCGTATACACTGTCCCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104241 GCACTGAGTAACCGTGGTCAGCACAGCATCTCGTATACACTGTCCCGGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCACTCGGTCATAGTGGAGTATACACATGATAGCGACACAGACATGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104291 CCACTCGGTCATAGTGGAGTATACACATGATAGCGACACAGACATGTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AG         ATTGGCCGCTCCACAGAGAACATGATTGACTTCGTGGTA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104341 AGGTA...CAGATTGGCCGCTCCACAGAGAACATGATTGACTTCGTGGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACAGACACGTCCCCTGGAGGAGGGGCTGCCGAGGGCCCTTCTGCCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105152 ACAGACACGTCCCCTGGAGGAGGGGCTGCCGAGGGCCCTTCTGCCCAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CACCATCTCCCGCTATGCCTGCCGCATCCTCTGTGACCGCCGGCCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105202 CACCATCTCCCGCTATGCCTGCCGCATCCTCTGTGACCGCCGGCCACCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATACTGCCCGCATCTATGCCGCTGGCTTCGATGCCTCTAGCAACATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105252 ATACTGCCCGCATCTATGCCGCTGGCTTCGATGCCTCTAGCAACATCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTTGGA         GAGCGAGCGGCCAAATGGCGGACCCCAGATGGCCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105302 CTTGGAGTG...CAGGAGCGAGCGGCCAAATGGCGGACCCCAGATGGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GATGGATGGACTGACCACCAATGGAGTCCTGGTGATGCACCCGGCAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105644 GATGGATGGACTGACCACCAATGGAGTCCTGGTGATGCACCCGGCAGGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCTTCTCCGAGGACTCAGCCCCGGGTGTCTGGCGGGAGATCTCGGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105694 GCTTCTCCGAGGACTCAGCCCCGGGTGTCTGGCGGGAGATCTCGGTCTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGGAATGTGTACACATTGCGGGACAGCCGCTCAGCCCAGCAGCGGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105744 GGGAATGTGTACACATTGCGGGACAGCCGCTCAGCCCAGCAGCGGGGCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCTG         GTGGAAAACGAGTCCAACGTGCTGCAGGACGGCTCTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105794 GCTGGTA...CAGGTGGAAAACGAGTCCAACGTGCTGCAGGACGGCTCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCATCGACCTGTGTGGGGCCACACTGCTGTGGCGCACACCGGCGGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107507 TCATCGACCTGTGTGGGGCCACACTGCTGTGGCGCACACCGGCGGGGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTGCGGGCTCCCACACTGAAGCAACTGGAGGCCCAGCGGCAGGAGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107557 CTGCGGGCTCCCACACTGAAGCAACTGGAGGCCCAGCGGCAGGAGGCAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGCAGCGCGGCCCCAGTGCCCCGTGGGCCTCAGCACTCTGGCCTTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107607 TGCAGCGCGGCCCCAGTGCCCCGTGGGCCTCAGCACTCTGGCCTTCCCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GCCCAGCCCGTGGCCGCACAGCGCCCGACAAACAGCAGCCCTGGGTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107657 GCCCAGCCCGTGGCCGCACAGCGCCCGACAAACAGCAGCCCTGGGTCTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GTCCGCTGTGGGCACGTCCATGGCTACCACGGCTGGGGCTGCCGGCGGGA
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107707 GTCCGCTGCGGGCACGTCCATGGCTACCACGGCTGGGGCTGCCGGCGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GCGGGGCCCCCAGGAGCGCGAATGTCCTCTCTGCCGCCTTGTGGGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107757 GCGGGGCCCCCAGGAGCGCGAATGTCCTCTCTGCCGCCTTGTGGGGCCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ATGTGCCTCTATGGCTTGGCCAGGAGGCCGGCCTCTGCCTGGACCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107807 ATGTGCCTCTATGGCTTGGCCAGGAGGCCGGCCTCTGCCTGGACCCTGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CCGCCTAGCCATGCCTTTGCACCTTGCGGCCACGTCTGCTCTGAGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107857 CCGCCTAGCCATGCCTTTGCACCTTGCGGCCACGTCTGCTCTGAGAAGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TGCCCGCTACTGGGCCCAGACACCACTGCCCCACGGCACCCATGCTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107907 TGCCCGCTACTGGGCCCAGACACCACTGCCCCACGGCACCCATGCTTTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 ATGCCGCCTGCCCCTTTTGCGGGGCCTGGCTTACCGGCGAGCATGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107957 ATGCCGCCTGCCCCTTTTGCGGGGCCTGGCTTACCGGCGAGCATGGCTGC

   1350     .    :    .    :    .    :
   1306 GTCCGCCTCATTTTCCAGGGCCCGCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 108007 GTCCGCCTCATTTTCCAGGGCCCGCTGGAT