seq1 = pF1KE1929.tfa, 1401 bp
seq2 = pF1KE1929/gi568815597f_18008129.tfa (gi568815597f:18008129_18478323), 470195 bp

>pF1KE1929 1401
>gi568815597f:18008129_18478323 (Chr1)

70-183  (219769-219882)   100% ->
184-305  (283738-283859)   100% ->
306-424  (326764-326882)   100% ->
425-540  (353987-354102)   100% ->
541-1015  (357095-357569)   100% ->
1016-1101  (368182-368267)   100% ->
1102-1294  (368672-368864)   100% ->
1295-1333  (369265-369303)   100% ->
1334-1401  (370128-370195)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     70 GGCTACCTGACAGTCAACATTGAGCCTCTCCCCCCTGTGGTGGCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219769 GGCTACCTGACAGTCAACATTGAGCCTCTCCCCCCTGTGGTGGCTGGAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    120 CGCCGTGACTTTGAAGTGTAACTTCAAGACAGATGGGCGCATGCGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219819 CGCCGTGACTTTGAAGTGTAACTTCAAGACAGATGGGCGCATGCGGGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    170 TCGTGTGGTACCGG         GTGACGGATGGTGGCACCATCAAGCAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 219869 TCGTGTGGTACCGGGTA...CAGGTGACGGATGGTGGCACCATCAAGCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    211 AAGATCTTCACCTTCGACGCCATGTTCTCCACCAACTACTCACACATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283765 AAGATCTTCACCTTCGACGCCATGTTCTCCACCAACTACTCACACATGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    261 GAACTACCGCAAGCGAGAGGACCTGGTGTACCAGTCCACTGTGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 283815 GAACTACCGCAAGCGAGAGGACCTGGTGTACCAGTCCACTGTGAGGTG..

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306     GCTGCCCGAGGTCCGGATCTCAGACAATGGTCCCTATGAGTGCCAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283865 .CAGGCTGCCCGAGGTCCGGATCTCAGACAATGGTCCCTATGAGTGCCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    352 GTGGGCATCTACGACCGCGCCACCAGGGAGAAGGTGGTCCTGGCATCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 326810 GTGGGCATCTACGACCGCGCCACCAGGGAGAAGGTGGTCCTGGCATCAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    402 CAACATCTTCCTCAACGTCATGG         CTCCTCCCACCTCCATTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 326860 CAACATCTTCCTCAACGTCATGGGTG...CAGCTCCTCCCACCTCCATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    443 AAGTGGTGGCTGCTGACACACCAGCCCCCTTCAGCCGCTACCAAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354005 AAGTGGTGGCTGCTGACACACCAGCCCCCTTCAGCCGCTACCAAGCCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    493 AACTTCACGCTGGTCTGCATCGTGTCTGGAGGAAAACCAGCACCCATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 354055 AACTTCACGCTGGTCTGCATCGTGTCTGGAGGAAAACCAGCACCCATGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    541        GTTTATTTCAAACGAGATGGGGAACCAATCGACGCAGTGCCCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354105 G...CAGGTTTATTTCAAACGAGATGGGGAACCAATCGACGCAGTGCCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    584 TATCAGAGCCACCAGCTGCGAGCTCCGGCCCCCTACAGGACAGCAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 357138 TATCAGAGCCACCAGCTGCGAGCTCCGGCCCCCTACAGGACAGCAGGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    634 TTCCGCAGCCTTCTGCACCGTGACCTGGATGACACCAAGATGCAGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 357188 TTCCGCAGCCTTCTGCACCGTGACCTGGATGACACCAAGATGCAGAAGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    684 ACTGTCCCTCCTGGACGCCGAGAACCGGGGTGGGCGACCCTACACGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 357238 ACTGTCCCTCCTGGACGCCGAGAACCGGGGTGGGCGACCCTACACGGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    734 GCCCCTCCCGTGGCCTGACCCCAGATCCCAACATCCTCCTCCAGCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 357288 GCCCCTCCCGTGGCCTGACCCCAGATCCCAACATCCTCCTCCAGCCAACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    784 ACAGAGAACATACCAGAGACGGTCGTGAGCCGTGAGTTTCCCCGCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 357338 ACAGAGAACATACCAGAGACGGTCGTGAGCCGTGAGTTTCCCCGCTGGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    834 CCACAGCGCCGAGCCCACCTACTTCCTGCGCCACAGCCGCACCCCGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 357388 CCACAGCGCCGAGCCCACCTACTTCCTGCGCCACAGCCGCACCCCGAGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    884 GTGACGGCACTGTGGAAGTACGTGCCCTGCTCACCTGGACCCTCAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 357438 GTGACGGCACTGTGGAAGTACGTGCCCTGCTCACCTGGACCCTCAACCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    934 CAGATCGACAACGAGGCCCTCTTCAGCTGCGAGGTCAAGCACCCAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 357488 CAGATCGACAACGAGGCCCTCTTCAGCTGCGAGGTCAAGCACCCAGCTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    984 GTCGATGCCCATGCAGGCAGAGGTCACGCTGG         TTGCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 357538 GTCGATGCCCATGCAGGCAGAGGTCACGCTGGGTA...CAGTTGCCCCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1025 AAGGACCCAAAATTGTGATGACGCCCAGCAGAGCCCGGGTAGGGGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 368191 AAGGACCCAAAATTGTGATGACGCCCAGCAGAGCCCGGGTAGGGGACACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1075 GTGAGGATTCTGGTCCATGGGTTTCAG         AACGAAGTCTTCCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 368241 GTGAGGATTCTGGTCCATGGGTTTCAGGTC...CAGAACGAAGTCTTCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1116 GGAGCCCATGTTCACGTGGACGCGGGTTGGGAGCCGCCTCCTGGACGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 368686 GGAGCCCATGTTCACGTGGACGCGGGTTGGGAGCCGCCTCCTGGACGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1166 GCGCTGAGTTCGACGGGAAGGAGCTGGTGCTGGAGCGGGTTCCCGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 368736 GCGCTGAGTTCGACGGGAAGGAGCTGGTGCTGGAGCGGGTTCCCGCCGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1216 CTCAATGGCTCCATGTATCGCTGCACCGCCCAGAACCCACTGGGCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 368786 CTCAATGGCTCCATGTATCGCTGCACCGCCCAGAACCCACTGGGCTCCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1266 CGACACGCACACCCGGCTCATCGTGTTTG         AAAACCCAAATA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 368836 CGACACGCACACCCGGCTCATCGTGTTTGGTA...CAGAAAACCCAAATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1307 TCCCAAGAGGAACGGAGGACTCTAATG         GTTCCATTGGCCCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 369277 TCCCAAGAGGAACGGAGGACTCTAATGGTA...CAGGTTCCATTGGCCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1348 ACTGGTGCCCGGCTCACCTTGGTGCTCGCCCTGACAGTGATTCTGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 370142 ACTGGTGCCCGGCTCACCTTGGTGCTCGCCCTGACAGTGATTCTGGAGCT

   1400 
   1398 GACG
        ||||
 370192 GACG