seq1 = pF1KE1928.tfa, 1398 bp
seq2 = pF1KE1928/gi568815588f_17129423.tfa (gi568815588f:17129423_17337268), 207846 bp

>pF1KE1928 1398
>gi568815588f:17129423_17337268 (Chr10)

1-563  (100001-100563)   100% ->
564-624  (101228-101288)   100% ->
625-720  (104165-104260)   100% ->
721-882  (104348-104509)   100% ->
883-1008  (105271-105396)   100% ->
1009-1229  (105747-105967)   100% ->
1230-1273  (106424-106467)   100% ->
1274-1359  (106872-106957)   100% ->
1360-1398  (107808-107846)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCACCAGGTCCGTGTCCTCGTCCTCCTACCGCAGGATGTTCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCACCAGGTCCGTGTCCTCGTCCTCCTACCGCAGGATGTTCGGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGGGCACCGCGAGCCGGCCGAGCTCCAGCCGGAGCTACGTGACTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCGGGCACCGCGAGCCGGCCGAGCTCCAGCCGGAGCTACGTGACTACGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCACCCGCACCTACAGCCTGGGCAGCGCGCTGCGCCCCAGCACCAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCACCCGCACCTACAGCCTGGGCAGCGCGCTGCGCCCCAGCACCAGCCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCCTCTACGCCTCGTCCCCGGGCGGCGTGTATGCCACGCGCTCCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCCTCTACGCCTCGTCCCCGGGCGGCGTGTATGCCACGCGCTCCTCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGTGCGCCTGCGGAGCAGCGTGCCCGGGGTGCGGCTCCTGCAGGACTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGTGCGCCTGCGGAGCAGCGTGCCCGGGGTGCGGCTCCTGCAGGACTCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGACTTCTCGCTGGCCGACGCCATCAACACCGAGTTCAAGAACACCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGACTTCTCGCTGGCCGACGCCATCAACACCGAGTTCAAGAACACCCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACCAACGAGAAGGTGGAGCTGCAGGAGCTGAATGACCGCTTCGCCAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACCAACGAGAAGGTGGAGCTGCAGGAGCTGAATGACCGCTTCGCCAACTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATCGACAAGGTGCGCTTCCTGGAGCAGCAGAATAAGATCCTGCTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATCGACAAGGTGCGCTTCCTGGAGCAGCAGAATAAGATCCTGCTGGCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGCTCGAGCAGCTCAAGGGCCAAGGCAAGTCGCGCCTGGGGGACCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGCTCGAGCAGCTCAAGGGCCAAGGCAAGTCGCGCCTGGGGGACCTCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGGAGGAGATGCGGGAGCTGCGCCGGCAGGTGGACCAGCTAACCAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAGGAGGAGATGCGGGAGCTGCGCCGGCAGGTGGACCAGCTAACCAACGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAAAGCCCGCGTCGAGGTGGAGCGCGACAACCTGGCCGAGGACATCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAAAGCCCGCGTCGAGGTGGAGCGCGACAACCTGGCCGAGGACATCATGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCCTCCGGGAGAA         ATTGCAGGAGGAGATGCTTCAGAGAGAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCCTCCGGGAGAAGTA...CAGATTGCAGGAGGAGATGCTTCAGAGAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GAAGCCGAAAACACCCTGCAATCTTTCAGACAG         GATGTTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101256 GAAGCCGAAAACACCCTGCAATCTTTCAGACAGGTT...TAGGATGTTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CAATGCGTCTCTGGCACGTCTTGACCTTGAACGCAAAGTGGAATCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104173 CAATGCGTCTCTGGCACGTCTTGACCTTGAACGCAAAGTGGAATCTTTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AAGAAGAGATTGCCTTTTTGAAGAAACTCCACGAAGAG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 104223 AAGAAGAGATTGCCTTTTTGAAGAAACTCCACGAAGAGGTT...CAGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ATCCAGGAGCTGCAGGCTCAGATTCAGGAACAGCATGTCCAAATCGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104351 ATCCAGGAGCTGCAGGCTCAGATTCAGGAACAGCATGTCCAAATCGATGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGATGTTTCCAAGCCTGACCTCACGGCTGCCCTGCGTGACGTACGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104401 GGATGTTTCCAAGCCTGACCTCACGGCTGCCCTGCGTGACGTACGTCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AATATGAAAGTGTGGCTGCCAAGAACCTGCAGGAGGCAGAAGAATGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104451 AATATGAAAGTGTGGCTGCCAAGAACCTGCAGGAGGCAGAAGAATGGTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AAATCCAAG         TTTGCTGACCTCTCTGAGGCTGCCAACCGGAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104501 AAATCCAAGGTA...CAGTTTGCTGACCTCTCTGAGGCTGCCAACCGGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CAATGACGCCCTGCGCCAGGCAAAGCAGGAGTCCACTGAGTACCGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105303 CAATGACGCCCTGCGCCAGGCAAAGCAGGAGTCCACTGAGTACCGGAGAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGGTGCAGTCCCTCACCTGTGAAGTGGATGCCCTTAAAGGAACC      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 105353 AGGTGCAGTCCCTCACCTGTGAAGTGGATGCCCTTAAAGGAACCGTG...

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1009    AATGAGTCCCTGGAACGCCAGATGCGTGAAATGGAAGAGAACTTTGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105744 CAGAATGAGTCCCTGGAACGCCAGATGCGTGAAATGGAAGAGAACTTTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CGTTGAAGCTGCTAACTACCAAGACACTATTGGCCGCCTGCAGGATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105794 CGTTGAAGCTGCTAACTACCAAGACACTATTGGCCGCCTGCAGGATGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TTCAGAATATGAAGGAGGAAATGGCTCGTCACCTTCGTGAATACCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105844 TTCAGAATATGAAGGAGGAAATGGCTCGTCACCTTCGTGAATACCAAGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CTGCTCAATGTTAAGATGGCCCTTGACATTGAGATTGCCACCTACAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105894 CTGCTCAATGTTAAGATGGCCCTTGACATTGAGATTGCCACCTACAGGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GCTGCTGGAAGGCGAGGAGAGCAG         GATTTCTCTGCCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 105944 GCTGCTGGAAGGCGAGGAGAGCAGGTA...TAGGATTTCTCTGCCTCTTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CAAACTTTTCCTCCCTGAACCTGAGGG         AAACTAATCTGGAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 106441 CAAACTTTTCCTCCCTGAACCTGAGGGGTA...TAGAAACTAATCTGGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TCACTCCCTCTGGTTGATACCCACTCAAAAAGGACACTTCTGATTAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106886 TCACTCCCTCTGGTTGATACCCACTCAAAAAGGACACTTCTGATTAAGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GGTTGAAACTAGAGATGGACAG         GTTATCAACGAAACTTCTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 106936 GGTTGAAACTAGAGATGGACAGGTT...CAGGTTATCAACGAAACTTCTC

   1450     .    :    .    :
   1379 AGCATCACGATGACCTTGAA
        ||||||||||||||||||||
 107827 AGCATCACGATGACCTTGAA