seq1 = pF1KE1927.tfa, 1299 bp
seq2 = pF1KE1927/gi568815576f_44686528.tfa (gi568815576f:44686528_44962592), 276065 bp

>pF1KE1927 1299
>gi568815576f:44686528_44962592 (Chr22)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-167  (115550-115637)   100% ->
168-299  (121780-121911)   100% ->
300-386  (128145-128231)   100% ->
387-485  (135844-135942)   100% ->
486-596  (138956-139066)   100% ->
597-670  (158742-158815)   100% ->
671-748  (161446-161523)   100% ->
749-877  (162405-162533)   100% ->
878-981  (173204-173307)   100% ->
982-1299  (175748-176065)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGGCCAGGATCCTGCGCTGAGCACGAGTCACCCGTTCTACGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGGCCAGGATCCTGCGCTGAGCACGAGTCACCCGTTCTACGACGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCAGACATGGCATTCTGCAGGTGGCAG         GGGATGACCGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 GGCCAGACATGGCATTCTGCAGGTGGCAGGTA...CAGGGGATGACCGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGGAAGACGTGTTGTCACGTTCAGCTGCTGCCGGATGCCACCCTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115562 TTGGAAGACGTGTTGTCACGTTCAGCTGCTGCCGGATGCCACCCTCCCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGCTGGACCACCAGCGGCTGCTGGA         GTATTTGAAGTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 115612 GAGCTGGACCACCAGCGGCTGCTGGAGTA...CAGGTATTTGAAGTACAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACTGGACCAATACGTTGAGAACGATTATACCATCGTCTATTTCCACTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121795 ACTGGACCAATACGTTGAGAACGATTATACCATCGTCTATTTCCACTACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGCTGAACAGCCGGAACAAGCCTTCCCTGGGCTGGCTCCAGAGCGCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121845 GGCTGAACAGCCGGAACAAGCCTTCCCTGGGCTGGCTCCAGAGCGCATAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGGAGTTCGATAGGAA         GTACAAGAAGAACTTGAAGGCCCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 121895 AAGGAGTTCGATAGGAAGTA...CAGGTACAAGAAGAACTTGAAGGCCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTACGTGGTGCACCCCACCAGCTTCATCAAGGTCCTGTGGAACATCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128169 CTACGTGGTGCACCCCACCAGCTTCATCAAGGTCCTGTGGAACATCTTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCCCCTCATCAG         TCACAAGTTTGGGAAGAAAGTCATCTAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 128219 AGCCCCTCATCAGGTA...TAGTCACAAGTTTGGGAAGAAAGTCATCTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTCAACTACCTGAGTGAGCTCCACGAACACCTTAAATACGACCAGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135872 TTCAACTACCTGAGTGAGCTCCACGAACACCTTAAATACGACCAGCTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CATCCCTCCCGAAGTTTTGCG         GTACGATGAGAAGCTCCAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 135922 CATCCCTCCCGAAGTTTTGCGGTA...CAGGTACGATGAGAAGCTCCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GCCTGCACGAGGGCCGGACGCCGCCTCCCACCAAGACACCACCGCCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138976 GCCTGCACGAGGGCCGGACGCCGCCTCCCACCAAGACACCACCGCCGCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCCCCGCTGCCCACACAGCAGTTTGGCGTCAGTCTGCAATA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 139026 CCCCCGCTGCCCACACAGCAGTTTGGCGTCAGTCTGCAATAGTA...CAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCTCAAAGACAAAAATCAAGGCGAACTCATCCCCCCTGTGCTGAGGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158742 CCTCAAAGACAAAAATCAAGGCGAACTCATCCCCCCTGTGCTGAGGTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAGTGACGTACCTGAGAGAGAAAG         GCCTGCGCACCGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 158792 CAGTGACGTACCTGAGAGAGAAAGGTG...CAGGCCTGCGCACCGAGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CTGTTCCGGAGATCCGCCAGCGTGCAGACCGTCCGCGAGATCCAGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161463 CTGTTCCGGAGATCCGCCAGCGTGCAGACCGTCCGCGAGATCCAGAGGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CTACAACCAAG         GGAAGCCCGTGAACTTTGACGACTACGGGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 161513 CTACAACCAAGGTG...CAGGGAAGCCCGTGAACTTTGACGACTACGGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACATTCACATCCCTGCCGTGATCCTGAAGACCTTCCTGCGAGAGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162435 ACATTCACATCCCTGCCGTGATCCTGAAGACCTTCCTGCGAGAGCTGCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CAGCCGCTTCTGACCTTCCAGGCCTACGAGCAGATTCTCGGGATCACCT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 162485 CAGCCGCTTCTGACCTTCCAGGCCTACGAGCAGATTCTCGGGATCACCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    878         GTGTGGAGAGCAGCCTGCGTGTCACTGGCTGCCGCCAGATCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162535 TG...CAGGTGTGGAGAGCAGCCTGCGTGTCACTGGCTGCCGCCAGATCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TACGGAGCCTCCCAGAGCACAACTACGTCGTCCTCCGCTACCTCATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173246 TACGGAGCCTCCCAGAGCACAACTACGTCGTCCTCCGCTACCTCATGGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TTCCTGCATGCG         GTGTCCCGGGAGAGCATCTTCAACAAAAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 173296 TTCCTGCATGCGGTG...CAGGTGTCCCGGGAGAGCATCTTCAACAAAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GAACAGCTCTAACCTGGCCTGTGTCTTCGGGCTGAATTTGATCTGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175777 GAACAGCTCTAACCTGGCCTGTGTCTTCGGGCTGAATTTGATCTGGCCAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CCCAGGGGGTCTCCTCCCTGAGTGCCCTTGTGCCCCTGAACATGTTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175827 CCCAGGGGGTCTCCTCCCTGAGTGCCCTTGTGCCCCTGAACATGTTCACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GAACTGCTGATCGAGTACTATGAAAAGATCTTCAGCACCCTGGAGGCACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 175877 GAACTGCTGATCGAGTACTATGAAAAGATCTTCAGCACCCCGGAGGCACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGGGGAGCACGGCCTGGCACCATGGGAACAGGGGAGCAGGGCAGCCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175927 TGGGGAGCACGGCCTGGCACCATGGGAACAGGGGAGCAGGGCAGCCCCTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TGCAGGAGGCTGTGCCACGGACACAAGCCACGGGCCTCACCAAGCCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175977 TGCAGGAGGCTGTGCCACGGACACAAGCCACGGGCCTCACCAAGCCTACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .
   1261 CTACCTCCGAGTCCCCTGATGGCAGCCAGAAGACGTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176027 CTACCTCCGAGTCCCCTGATGGCAGCCAGAAGACGTCTC