seq1 = pF1KE1926.tfa, 1392 bp
seq2 = pF1KE1926/gi568815597r_173803892.tfa (gi568815597r:173803892_174017259), 213368 bp

>pF1KE1926 1392
>gi568815597r:173803892_174017259 (Chr1)

(complement)

1-41  (100001-100041)   100% ->
42-408  (102341-102707)   100% ->
409-624  (105246-105461)   100% ->
625-762  (106369-106506)   100% ->
763-1153  (107318-107708)   100% ->
1154-1218  (109746-109810)   100% ->
1219-1392  (113195-113368)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTATTCCAATGTGATAGGAACTGTAACCTCTGGAAAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100001 ATGTATTCCAATGTGATAGGAACTGTAACCTCTGGAAAAAGGTA...CAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAAGGTTTATCTTTTGTCCTTGCTGCTCATTGGCTTCTGGGACTGCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102341 GAAGGTTTATCTTTTGTCCTTGCTGCTCATTGGCTTCTGGGACTGCGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTGTCACGGGAGCCCTGTGGACATCTGCACAGCCAAGCCGCGGGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102391 CCTGTCACGGGAGCCCTGTGGACATCTGCACAGCCAAGCCGCGGGACATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCATGAATCCCATGTGCATTTACCGCTCCCCGGAGAAGAAGGCAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102441 CCCATGAATCCCATGTGCATTTACCGCTCCCCGGAGAAGAAGGCAACTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGATGAGGGCTCAGAACAGAAGATCCCGGAGGCCACCAACCGGCGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102491 GGATGAGGGCTCAGAACAGAAGATCCCGGAGGCCACCAACCGGCGTGTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGGAACTGTCCAAGGCCAATTCCCGCTTTGCTACCACTTTCTATCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102541 GGGAACTGTCCAAGGCCAATTCCCGCTTTGCTACCACTTTCTATCAGCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGGCAGATTCCAAGAATGACAATGATAACATTTTCCTGTCACCCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102591 CTGGCAGATTCCAAGAATGACAATGATAACATTTTCCTGTCACCCCTGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TATCTCCACGGCTTTTGCTATGACCAAGCTGGGTGCCTGTAATGACACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102641 TATCTCCACGGCTTTTGCTATGACCAAGCTGGGTGCCTGTAATGACACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCCAGCAACTGATGGAG         GTATTTAAGTTTGACACCATATCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 102691 TCCAGCAACTGATGGAGGTA...TAGGTATTTAAGTTTGACACCATATCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGAAAACATCTGATCAGATCCACTTCTTCTTTGCCAAACTGAACTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105270 GAGAAAACATCTGATCAGATCCACTTCTTCTTTGCCAAACTGAACTGCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ACTCTATCGAAAAGCCAACAAATCCTCCAAGTTAGTATCAGCCAATCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105320 ACTCTATCGAAAAGCCAACAAATCCTCCAAGTTAGTATCAGCCAATCGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTTTTGGAGACAAATCCCTTACCTTCAATGAGACCTACCAGGACATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105370 TTTTTGGAGACAAATCCCTTACCTTCAATGAGACCTACCAGGACATCAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAGTTGGTATATGGAGCCAAGCTCCAGCCCCTGGACTTCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 105420 GAGTTGGTATATGGAGCCAAGCTCCAGCCCCTGGACTTCAAGGTG...CA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    625  GAAAATGCAGAGCAATCCAGAGCGGCCATCAACAAATGGGTGTCCAATA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106368 GGAAAATGCAGAGCAATCCAGAGCGGCCATCAACAAATGGGTGTCCAATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGACCGAAGGCCGAATCACCGATGTCATTCCCTCGGAAGCCATCAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106418 AGACCGAAGGCCGAATCACCGATGTCATTCCCTCGGAAGCCATCAATGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CTCACTGTTCTGGTGCTGGTTAACACCATTTACTTCAAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 106468 CTCACTGTTCTGGTGCTGGTTAACACCATTTACTTCAAGGTA...CAGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCTGTGGAAGTCAAAGTTCAGCCCTGAGAACACAAGGAAGGAACTGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107320 CCTGTGGAAGTCAAAGTTCAGCCCTGAGAACACAAGGAAGGAACTGTTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACAAGGCTGATGGAGAGTCGTGTTCAGCATCTATGATGTACCAGGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107370 ACAAGGCTGATGGAGAGTCGTGTTCAGCATCTATGATGTACCAGGAAGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AAGTTCCGTTATCGGCGCGTGGCTGAAGGCACCCAGGTGCTTGAGTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107420 AAGTTCCGTTATCGGCGCGTGGCTGAAGGCACCCAGGTGCTTGAGTTGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CTTCAAAGGTGATGACATCACCATGGTCCTCATCTTGCCCAAGCCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107470 CTTCAAAGGTGATGACATCACCATGGTCCTCATCTTGCCCAAGCCTGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGAGCCTGGCCAAGGTAGAGAAGGAACTCACCCCAGAGGTGCTGCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107520 AGAGCCTGGCCAAGGTAGAGAAGGAACTCACCCCAGAGGTGCTGCAAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TGGCTGGATGAATTGGAGGAGATGATGCTGGTGGTCCACATGCCCCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107570 TGGCTGGATGAATTGGAGGAGATGATGCTGGTGGTCCACATGCCCCGCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CCGCATTGAGGACGGCTTCAGTTTGAAGGAGCAGCTGCAAGACATGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107620 CCGCATTGAGGACGGCTTCAGTTTGAAGGAGCAGCTGCAAGACATGGGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TTGTCGATCTGTTCAGCCCTGAAAAGTCCAAACTCCCAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 107670 TTGTCGATCTGTTCAGCCCTGAAAAGTCCAAACTCCCAGGTT...CAGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 ATTGTTGCAGAAGGCCGAGATGACCTCTATGTCTCAGATGCATTCCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109748 ATTGTTGCAGAAGGCCGAGATGACCTCTATGTCTCAGATGCATTCCATAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GGCATTTCTTGAG         GTAAATGAAGAAGGCAGTGAAGCAGCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 109798 GGCATTTCTTGAGGTG...CAGGTAAATGAAGAAGGCAGTGAAGCAGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CAAGTACCGCTGTTGTGATTGCTGGCCGTTCGCTAAACCCCAACAGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113223 CAAGTACCGCTGTTGTGATTGCTGGCCGTTCGCTAAACCCCAACAGGGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 ACTTTCAAGGCCAACAGGCCTTTCCTGGTTTTTATAAGAGAAGTTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113273 ACTTTCAAGGCCAACAGGCCTTTCCTGGTTTTTATAAGAGAAGTTCCTCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1347 GAACACTATTATCTTCATGGGCAGAGTAGCCAACCCTTGTGTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113323 GAACACTATTATCTTCATGGGCAGAGTAGCCAACCCTTGTGTTAAG