seq1 = pF1KE1924.tfa, 1383 bp
seq2 = pF1KE1924/gi568815597f_12067092.tfa (gi568815597f:12067092_12307017), 239926 bp

>pF1KE1924 1383
>gi568815597f:12067092_12307017 (Chr1)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-178  (121705-121804)   100% ->
179-307  (123866-123994)   100% ->
308-457  (124683-124832)   100% ->
458-551  (125340-125433)   100% ->
552-787  (125772-126007)   100% ->
788-865  (126864-126941)   100% ->
866-900  (127493-127527)   100% ->
901-1105  (134876-135080)   100% ->
1106-1383  (139649-139926)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCCCGTCGCCGTCTGGGCCGCGCTGGCCGTCGGACTGGAGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCCCGTCGCCGTCTGGGCCGCGCTGGCCGTCGGACTGGAGCTCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCTGCGGCGCACGCCTTGCCCGCCCAG         GTGGCATTTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 GGCTGCGGCGCACGCCTTGCCCGCCCAGGTG...CAGGTGGCATTTACAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTACGCCCCGGAGCCCGGGAGCACATGCCGGCTCAGAGAATACTATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121718 CCTACGCCCCGGAGCCCGGGAGCACATGCCGGCTCAGAGAATACTATGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGACAGCTCAGATGTGCTGCAGCAAATGCTCGCCGG         GCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 121768 CAGACAGCTCAGATGTGCTGCAGCAAATGCTCGCCGGGTG...CAGGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACATGCAAAAGTCTTCTGTACCAAGACCTCGGACACCGTGTGTGACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123870 ACATGCAAAAGTCTTCTGTACCAAGACCTCGGACACCGTGTGTGACTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGAGGACAGCACATACACCCAGCTCTGGAACTGGGTTCCCGAGTGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123920 GTGAGGACAGCACATACACCCAGCTCTGGAACTGGGTTCCCGAGTGCTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCTGTGGCTCCCGCTGTAGCTCTG         ACCAGGTGGAAACTCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 123970 AGCTGTGGCTCCCGCTGTAGCTCTGGTG...TAGACCAGGTGGAAACTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGCCTGCACTCGGGAACAGAACCGCATCTGCACCTGCAGGCCCGGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124699 AGCCTGCACTCGGGAACAGAACCGCATCTGCACCTGCAGGCCCGGCTGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACTGCGCGCTGAGCAAGCAGGAGGGGTGCCGGCTGTGCGCGCCGCTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124749 ACTGCGCGCTGAGCAAGCAGGAGGGGTGCCGGCTGTGCGCGCCGCTGCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGTGCCGCCCGGGCTTCGGCGTGGCCAGACCAG         GAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 124799 AAGTGCCGCCCGGGCTTCGGCGTGGCCAGACCAGGTA...AAGGAACTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AACATCAGACGTGGTGTGCAAGCCCTGTGCCCCGGGGACGTTCTCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125347 AACATCAGACGTGGTGTGCAAGCCCTGTGCCCCGGGGACGTTCTCCAACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CGACTTCATCCACGGATATTTGCAGGCCCCACCAGAT         CTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 125397 CGACTTCATCCACGGATATTTGCAGGCCCCACCAGATGTG...CAGCTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AACGTGGTGGCCATCCCTGGGAATGCAAGCATGGATGCAGTCTGCACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125776 AACGTGGTGGCCATCCCTGGGAATGCAAGCATGGATGCAGTCTGCACGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CACGTCCCCCACCCGGAGTATGGCCCCAGGGGCAGTACACTTACCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125826 CACGTCCCCCACCCGGAGTATGGCCCCAGGGGCAGTACACTTACCCCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGTGTCCACACGATCCCAACACACGCAGCCAACTCCAGAACCCAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125876 CAGTGTCCACACGATCCCAACACACGCAGCCAACTCCAGAACCCAGCACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCTCCAAGCACCTCCTTCCTGCTCCCAATGGGCCCCAGCCCCCCAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125926 GCTCCAAGCACCTCCTTCCTGCTCCCAATGGGCCCCAGCCCCCCAGCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGGGAGCACTGGCGACTTCGCTCTTCCAGTTG         GACTGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 125976 AGGGAGCACTGGCGACTTCGCTCTTCCAGTTGGTA...TAGGACTGATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGGTGTGACAGCCTTGGGTCTACTAATAATAGGAGTGGTGAACTGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126873 TGGGTGTGACAGCCTTGGGTCTACTAATAATAGGAGTGGTGAACTGTGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATCATGACCCAGGTGAAAA         AGAAGCCCTTGTGCCTGCAGAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 126923 ATCATGACCCAGGTGAAAAGTA...TAGAGAAGCCCTTGTGCCTGCAGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGAAGCCAAGGTG         CCTCACTTGCCTGCCGATAAGGCCCGGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 127515 AGAAGCCAAGGTGGTG...CAGCCTCACTTGCCTGCCGATAAGGCCCGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GTACACAGGGCCCCGAGCAGCAGCACCTGCTGATCACAGCGCCGAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134904 GTACACAGGGCCCCGAGCAGCAGCACCTGCTGATCACAGCGCCGAGCTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AGCAGCAGCTCCCTGGAGAGCTCGGCCAGTGCGTTGGACAGAAGGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134954 AGCAGCAGCTCCCTGGAGAGCTCGGCCAGTGCGTTGGACAGAAGGGCGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CACTCGGAACCAGCCACAGGCACCAGGCGTGGAGGCCAGTGGGGCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135004 CACTCGGAACCAGCCACAGGCACCAGGCGTGGAGGCCAGTGGGGCCGGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGGCCCGGGCCAGCACCGGGAGCTCAG         ATTCTTCCCCTGGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 135054 AGGCCCGGGCCAGCACCGGGAGCTCAGGTA...CAGATTCTTCCCCTGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGCCATGGGACCCAGGTCAATGTCACCTGCATCGTGAACGTCTGTAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139663 GGCCATGGGACCCAGGTCAATGTCACCTGCATCGTGAACGTCTGTAGCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTCTGACCACAGCTCACAGTGCTCCTCCCAAGCCAGCTCCACAATGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139713 CTCTGACCACAGCTCACAGTGCTCCTCCCAAGCCAGCTCCACAATGGGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ACACAGATTCCAGCCCCTCGGAGTCCCCGAAGGACGAGCAGGTCCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139763 ACACAGATTCCAGCCCCTCGGAGTCCCCGAAGGACGAGCAGGTCCCCTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TCCAAGGAGGAATGTGCCTTTCGGTCACAGCTGGAGACGCCAGAGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139813 TCCAAGGAGGAATGTGCCTTTCGGTCACAGCTGGAGACGCCAGAGACCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GCTGGGGAGCACCGAAGAGAAGCCCCTGCCCCTTGGAGTGCCTGATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139863 GCTGGGGAGCACCGAAGAGAAGCCCCTGCCCCTTGGAGTGCCTGATGCTG

   1450     .    :
   1370 GGATGAAGCCCAGT
        ||||||||||||||
 139913 GGATGAAGCCCAGT