seq1 = pF1KE1911.tfa, 1335 bp
seq2 = pF1KE1911/gi568815589f_137141361.tfa (gi568815589f:137141361_137343508), 202148 bp

>pF1KE1911 1335
>gi568815589f:137141361_137343508 (Chr9)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-166  (100361-100469)   100% ->
167-277  (100551-100661)   100% ->
278-1335  (101136-102193)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGGAAATCGTGCACTTGCAGGCCGGGCAGTGCGGCAACCAAATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGGAAATCGTGCACTTGCAGGCCGGGCAGTGCGGCAACCAAATCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCAAG         TTTTGGGAGGTGATCAGCGATGAGCACGGCATCG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCAAGGTA...TAGTTTTGGGAGGTGATCAGCGATGAGCACGGCATCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCCCACGGGCACCTACCACGGGGACAGCGACCTGCAGCTGGAACGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100395 ACCCCACGGGCACCTACCACGGGGACAGCGACCTGCAGCTGGAACGCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACGTGTACTACAATGAGGCCACCG         GCGGCAAGTACGTGCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100445 AACGTGTACTACAATGAGGCCACCGGTG...CAGGCGGCAAGTACGTGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCGCGCCGTGCTCGTGGATCTGGAGCCCGGCACCATGGACTCCGTGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100567 CCGCGCCGTGCTCGTGGATCTGGAGCCCGGCACCATGGACTCCGTGCGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CGGGGCCCTTCGGGCAGATCTTCCGGCCGGACAACTTCGTTTTCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100617 CGGGGCCCTTCGGGCAGATCTTCCGGCCGGACAACTTCGTTTTCGGTG..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    278     GTCAGAGTGGTGCTGGGAACAACTGGGCCAAGGGGCACTACACAGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100667 .CAGGTCAGAGTGGTGCTGGGAACAACTGGGCCAAGGGGCACTACACAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGGCGCGGAGCTGGTGGACTCGGTGCTGGATGTTGTGAGAAAGGAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101182 AGGCGCGGAGCTGGTGGACTCGGTGCTGGATGTTGTGAGAAAGGAGGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAGCTGTGACTGCCTGCAGGGTTTCCAGCTGACCCACTCCCTGGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101232 AGAGCTGTGACTGCCTGCAGGGTTTCCAGCTGACCCACTCCCTGGGTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGGACTGGGTCTGGGATGGGTACCCTCCTCATCAGCAAGATCCGGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101282 GGGACTGGGTCTGGGATGGGTACCCTCCTCATCAGCAAGATCCGGGAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTACCCAGACAGGATCATGAACACGTTTAGTGTGGTGCCTTCGCCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101332 GTACCCAGACAGGATCATGAACACGTTTAGTGTGGTGCCTTCGCCCAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGTCAGACACAGTGGTGGAGCCCTACAACGCCACCCTCTCAGTCCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101382 TGTCAGACACAGTGGTGGAGCCCTACAACGCCACCCTCTCAGTCCACCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTCGTAGAAAACACAGACGAGACCTACTGCATTGATAACGAAGCTCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101432 CTCGTAGAAAACACAGACGAGACCTACTGCATTGATAACGAAGCTCTCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CGACATTTGCTTCAGAACCCTAAAGCTGACCACGCCCACCTATGGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101482 CGACATTTGCTTCAGAACCCTAAAGCTGACCACGCCCACCTATGGTGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGAACCACCTGGTGTCTGCTACCATGAGTGGGGTCACCACCTGCCTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101532 TGAACCACCTGGTGTCTGCTACCATGAGTGGGGTCACCACCTGCCTGCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTCCCAGGCCAGCTCAATGCTGACCTGCGGAAGCTGGCTGTGAACATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101582 TTCCCAGGCCAGCTCAATGCTGACCTGCGGAAGCTGGCTGTGAACATGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCCGTTTCCCCGGCTGCACTTCTTCATGCCCGGCTTTGCCCCACTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101632 CCCGTTTCCCCGGCTGCACTTCTTCATGCCCGGCTTTGCCCCACTGACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GCCGGGGCAGCCAGCAGTACCGGGCGCTGACCGTGCCCGAGCTCACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101682 GCCGGGGCAGCCAGCAGTACCGGGCGCTGACCGTGCCCGAGCTCACCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CAGATGTTTGATGCCAAGAACATGATGGCTGCCTGCGACCCCCGCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101732 CAGATGTTTGATGCCAAGAACATGATGGCTGCCTGCGACCCCCGCCATGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CCGCTACCTGACGGTTGCCGCCGTGTTCAGGGGCCGCATGTCCATGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101782 CCGCTACCTGACGGTTGCCGCCGTGTTCAGGGGCCGCATGTCCATGAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AGGTGGATGAGCAAATGCTTAATGTCCAAAACAAAAACAGCAGCTATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101832 AGGTGGATGAGCAAATGCTTAATGTCCAAAACAAAAACAGCAGCTATTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GTTGAGTGGATCCCCAACAATGTGAAAACGGCTGTCTGTGACATCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101882 GTTGAGTGGATCCCCAACAATGTGAAAACGGCTGTCTGTGACATCCCACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TCGGGGGCTAAAAATGTCCGCCACCTTCATTGGCAACAGCACGGCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101932 TCGGGGGCTAAAAATGTCCGCCACCTTCATTGGCAACAGCACGGCCATCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AGGAGCTGTTCAAGCGCATCTCCGAGCAGTTCACGGCCATGTTCCGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101982 AGGAGCTGTTCAAGCGCATCTCCGAGCAGTTCACGGCCATGTTCCGGCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 AAGGCCTTCCTGCACTGGTACACGGGCGAGGGCATGGACGAGATGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102032 AAGGCCTTCCTGCACTGGTACACGGGCGAGGGCATGGACGAGATGGAGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CACCGAGGCCGAGAGCAACATGAATGACCTGGTGTCCGAGTACCAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102082 CACCGAGGCCGAGAGCAACATGAATGACCTGGTGTCCGAGTACCAGCAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 ACCAGGATGCCACAGCCGAGGAGGAGGGCGAGTTCGAGGAGGAGGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102132 ACCAGGATGCCACAGCCGAGGAGGAGGGCGAGTTCGAGGAGGAGGCTGAG

   1350     .    :
   1324 GAGGAGGTGGCC
        ||||||||||||
 102182 GAGGAGGTGGCC