seq1 = pF1KE1907.tfa, 1326 bp
seq2 = pF1KE1907/gi568815592f_29623464.tfa (gi568815592f:29623464_29827172), 203709 bp

>pF1KE1907 1326
>gi568815592f:29623464_29827172 (Chr6)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-334  (100195-100464)   100% ->
335-610  (100710-100985)   100% ->
611-886  (101568-101843)   99% ->
887-1003  (101984-102100)   100% ->
1004-1036  (102548-102580)   100% ->
1037-1326  (103420-103709)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCCCCGAAGCCTCCTCCTGCTGCTCTCAGGGGCCCTGGCCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCCCCGAAGCCTCCTCCTGCTGCTCTCAGGGGCCCTGGCCCTGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGATACTTGGGCGG         GCTCCCACTCCTTGAGGTATTTCAGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGATACTTGGGCGGGTG...CAGGCTCCCACTCCTTGAGGTATTTCAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCGCTGTGTCGCGGCCCGGCCGCGGGGAGCCCCGCTACATCGCCGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100222 CCGCTGTGTCGCGGCCCGGCCGCGGGGAGCCCCGCTACATCGCCGTGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACGTAGACGACACGCAATTCCTGCGGTTCGACAGCGACGCCGCGATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100272 TACGTAGACGACACGCAATTCCTGCGGTTCGACAGCGACGCCGCGATTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGGATGGAGCCGCGGGAGCCGTGGGTGGAGCAAGAGGGGCCGCAGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100322 GAGGATGGAGCCGCGGGAGCCGTGGGTGGAGCAAGAGGGGCCGCAGTATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGGAGTGGACCACAGGGTACGCCAAGGCCAACGCACAGACTGACCGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100372 GGGAGTGGACCACAGGGTACGCCAAGGCCAACGCACAGACTGACCGAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCCTGAGGAACCTGCTCCGCCGCTACAACCAGAGCGAGGCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100422 GCCCTGAGGAACCTGCTCCGCCGCTACAACCAGAGCGAGGCTGGTG...T

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    335   GGTCTCACACCCTCCAGGGAATGAATGGCTGCGACATGGGGCCCGACG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100708 AGGGTCTCACACCCTCCAGGGAATGAATGGCTGCGACATGGGGCCCGACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GACGCCTCCTCCGCGGGTATCACCAGCACGCGTACGACGGCAAGGATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100758 GACGCCTCCTCCGCGGGTATCACCAGCACGCGTACGACGGCAAGGATTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATCTCCCTGAACGAGGACCTGCGCTCCTGGACCGCGGCGGACACCGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100808 ATCTCCCTGAACGAGGACCTGCGCTCCTGGACCGCGGCGGACACCGTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCAGATCACCCAGCGCTTCTATGAGGCAGAGGAATATGCAGAGGAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100858 TCAGATCACCCAGCGCTTCTATGAGGCAGAGGAATATGCAGAGGAGTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GGACCTACCTGGAGGGCGAGTGCCTGGAGTTGCTCCGCAGATACTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100908 GGACCTACCTGGAGGGCGAGTGCCTGGAGTTGCTCCGCAGATACTTGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AATGGGAAGGAGACGCTACAGCGCGCAG         ATCCTCCAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100958 AATGGGAAGGAGACGCTACAGCGCGCAGGTA...CAGATCCTCCAAAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACACGTTGCCCACCACCCCATCTCTGACCATGAGGCCACCCTGAGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101581 ACACGTTGCCCACCACCCCATCTCTGACCATGAGGCCACCCTGAGGTGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GGGCCCTGGGCTTCTACCCTGCGGAGATCACGCTGACCTGGCAGCGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101631 GGGCCCTGGGCTTCTACCCTGCGGAGATCACGCTGACCTGGCAGCGGGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGGGAGGAACAGACCCAGGACACAGAGCTTGTGGAGACCAGGCCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101681 GGGGAGGAACAGACCCAGGACACAGAGCTTGTGGAGACCAGGCCTGCAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGATGGAACCTTCCAGAAGTGGGCCGCTGTGGTGGTGCCTTCTGGAGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 101731 GGATGGAACCTTCCAGAAGTGGGCCGCTGTGGTGGTGCCTCCTGGAGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AACAGAGATACACATGCCATGTGCAGCACGAGGGGCTGCCCCAGCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101781 AACAGAGATACACATGCCATGTGCAGCACGAGGGGCTGCCCCAGCCCCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ATCCTGAGATGGG         AGCAGTCTCCCCAGCCCACCATCCCCAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101831 ATCCTGAGATGGGGTA...CAGAGCAGTCTCCCCAGCCCACCATCCCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CGTGGGCATCGTTGCTGGCCTTGTTGTCCTTGGAGCTGTGGTCACTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102012 CGTGGGCATCGTTGCTGGCCTTGTTGTCCTTGGAGCTGTGGTCACTGGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CTGTGGTCGCTGCTGTGATGTGGAGGAAGAAGAGCTCAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102062 CTGTGGTCGCTGCTGTGATGTGGAGGAAGAAGAGCTCAGGTA...TAGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AGAAACAGAGGGAGCTACTCTCAGGCTGCAG         CCTACTCAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 102550 AGAAACAGAGGGAGCTACTCTCAGGCTGCAGGTA...CAGCCTACTCAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GGTCAGCGGAAACTTGATGATAACATGGTGGTCAAGCTTATTTCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103430 GGTCAGCGGAAACTTGATGATAACATGGTGGTCAAGCTTATTTCTCCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GGGTGCTCTTCCAAGGATATTTGGGCTGCCTCCGGAGTCACAGTGTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103480 GGGTGCTCTTCCAAGGATATTTGGGCTGCCTCCGGAGTCACAGTGTCTTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GGCCGCCGGAAGGTGGGTGACATGTGGATCTTGTTTTTTTTGTGGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103530 GGCCGCCGGAAGGTGGGTGACATGTGGATCTTGTTTTTTTTGTGGCTGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GACATCTTTCAACACTGCCTTCTTGGCCTTGCAAAGCCTTCGCTTTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103580 GACATCTTTCAACACTGCCTTCTTGGCCTTGCAAAGCCTTCGCTTTGGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TCGGCTTTAGGAGGGGCAGGAGCTTCCTTCTTCGTTCTTGGCACCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103630 TCGGCTTTAGGAGGGGCAGGAGCTTCCTTCTTCGTTCTTGGCACCATCTT

   1350     .    :    .    :    .    :
   1297 ATGAAAAGGGTCCAGATTAAGATTTTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 103680 ATGAAAAGGGTCCAGATTAAGATTTTTGAC