seq1 = pF1KE1906.tfa, 1326 bp
seq2 = pF1KE1906/gi568815597f_218246702.tfa (gi568815597f:218246702_218541359), 294658 bp

>pF1KE1906 1326
>gi568815597f:218246702_218541359 (Chr1)

1-346  (100001-100346)   100% ->
347-430  (116633-116716)   100% ->
431-594  (158468-158631)   100% ->
595-727  (187381-187513)   100% ->
728-838  (187637-187747)   100% ->
839-1016  (189269-189446)   100% ->
1017-1170  (190642-190795)   100% ->
1171-1326  (194503-194658)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACTACTGTGTGCTGAGCGCTTTTCTGATCCTGCATCTGGTCACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCACTACTGTGTGCTGAGCGCTTTTCTGATCCTGCATCTGGTCACGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGCTCAGCCTGTCTACCTGCAGCACACTCGATATGGACCAGTTCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCGCTCAGCCTGTCTACCTGCAGCACACTCGATATGGACCAGTTCATGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAAGAGGATCGAGGCGATCCGCGGGCAGATCCTGAGCAAGCTGAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAAGAGGATCGAGGCGATCCGCGGGCAGATCCTGAGCAAGCTGAAGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCAGTCCCCCAGAAGACTATCCTGAGCCCGAGGAAGTCCCCCCGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCAGTCCCCCAGAAGACTATCCTGAGCCCGAGGAAGTCCCCCCGGAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GATTTCCATCTACAACAGCACCAGGGACTTGCTCCAGGAGAAGGCGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GATTTCCATCTACAACAGCACCAGGGACTTGCTCCAGGAGAAGGCGAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGAGGGCGGCCGCCTGCGAGCGCGAGAGGAGCGACGAAGAGTACTACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGAGGGCGGCCGCCTGCGAGCGCGAGAGGAGCGACGAAGAGTACTACGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGGAGGTTTACAAAATAGACATGCCGCCCTTCTTCCCCTCCGAAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100301 AAGGAGGTTTACAAAATAGACATGCCGCCCTTCTTCCCCTCCGAAAGTA.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    347      CTGTCTGCCCAGTTGTTACAACACCCTCTGGCTCAGTGGGCAGCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ..TAGCTGTCTGCCCAGTTGTTACAACACCCTCTGGCTCAGTGGGCAGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGTGCTCCAGACAGTCCCAGGTGCTCTGTGGGTACCTTG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 116678 TGTGCTCCAGACAGTCCCAGGTGCTCTGTGGGTACCTTGGTG...CAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCATCCCGCCCACTTTCTACAGACCCTACTTCAGAATTGTTCGATTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158470 GCCATCCCGCCCACTTTCTACAGACCCTACTTCAGAATTGTTCGATTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CGTCTCAGCAATGGAGAAGAATGCTTCCAATTTGGTGAAAGCAGAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158520 CGTCTCAGCAATGGAGAAGAATGCTTCCAATTTGGTGAAAGCAGAGTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GAGTCTTTCGTTTGCAGAACCCAAAAGCCAGAGTGCCTGAACAACGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158570 GAGTCTTTCGTTTGCAGAACCCAAAAGCCAGAGTGCCTGAACAACGGATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAGCTATATCAG         ATTCTCAAGTCCAAAGATTTAACATCTCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 158620 GAGCTATATCAGGTA...CAGATTCTCAAGTCCAAAGATTTAACATCTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AACCCAGCGCTACATCGACAGCAAAGTTGTGAAAACAAGAGCAGAAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187410 AACCCAGCGCTACATCGACAGCAAAGTTGTGAAAACAAGAGCAGAAGGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AATGGCTCTCCTTCGATGTAACTGATGCTGTTCATGAATGGCTTCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187460 AATGGCTCTCCTTCGATGTAACTGATGCTGTTCATGAATGGCTTCACCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AAAG         ACAGGAACCTGGGATTTAAAATAAGCTTACACTGTCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187510 AAAGGTT...CAGACAGGAACCTGGGATTTAAAATAAGCTTACACTGTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTGCTGCACTTTTGTACCATCTAATAATTACATCATCCCAAATAAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187674 CTGCTGCACTTTTGTACCATCTAATAATTACATCATCCCAAATAAAAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AAGAACTAGAAGCAAGATTTGCAG         GTATTGATGGCACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 187724 AAGAACTAGAAGCAAGATTTGCAGGTA...AAGGTATTGATGGCACCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACATATACCAGTGGTGATCAGAAAACTATAAAGTCCACTAGGAAAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189286 ACATATACCAGTGGTGATCAGAAAACTATAAAGTCCACTAGGAAAAAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CAGTGGGAAGACCCCACATCTCCTGCTAATGTTATTGCCCTCCTACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189336 CAGTGGGAAGACCCCACATCTCCTGCTAATGTTATTGCCCTCCTACAGAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TTGAGTCACAACAGACCAACCGGCGGAAGAAGCGTGCTTTGGATGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189386 TTGAGTCACAACAGACCAACCGGCGGAAGAAGCGTGCTTTGGATGCGGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TATTGCTTTAG         AAATGTGCAGGATAATTGCTGCCTACGTCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 189436 TATTGCTTTAGGTA...CAGAAATGTGCAGGATAATTGCTGCCTACGTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ACTTTACATTGATTTCAAGAGGGATCTAGGGTGGAAATGGATACACGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190672 ACTTTACATTGATTTCAAGAGGGATCTAGGGTGGAAATGGATACACGAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CCAAAGGGTACAATGCCAACTTCTGTGCTGGAGCATGCCCGTATTTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190722 CCAAAGGGTACAATGCCAACTTCTGTGCTGGAGCATGCCCGTATTTATGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AGTTCAGACACTCAGCACAGCAGG         GTCCTGAGCTTATATAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 190772 AGTTCAGACACTCAGCACAGCAGGGTG...CAGGTCCTGAGCTTATATAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TACCATAAATCCAGAAGCATCTGCTTCTCCTTGCTGCGTGTCCCAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194520 TACCATAAATCCAGAAGCATCTGCTTCTCCTTGCTGCGTGTCCCAAGATT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TAGAACCTCTAACCATTCTCTACTACATTGGCAAAACACCCAAGATTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194570 TAGAACCTCTAACCATTCTCTACTACATTGGCAAAACACCCAAGATTGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .
   1288 CAGCTTTCTAATATGATTGTAAAGTCTTGCAAATGCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194620 CAGCTTTCTAATATGATTGTAAAGTCTTGCAAATGCAGC