seq1 = pF1KE1904.tfa, 1302 bp
seq2 = pF1KE1904/gi568815597f_166889353.tfa (gi568815597f:166889353_167121852), 232500 bp

>pF1KE1904 1302
>gi568815597f:166889353_167121852 (Chr1)

1-132  (100001-100132)   100% ->
133-225  (100385-100477)   100% ->
226-325  (102026-102125)   100% ->
326-481  (103334-103489)   100% ->
482-523  (104676-104717)   100% ->
524-648  (114828-114952)   100% ->
649-703  (115724-115778)   100% ->
704-845  (115904-116045)   100% ->
846-908  (126870-126932)   100% ->
909-1041  (128475-128607)   100% ->
1042-1117  (131733-131808)   98% ->
1118-1302  (132316-132500)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGAACCGTAAGGCCAGCCGGAATGCTTACTATTTCTTCGTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGAACCGTAAGGCCAGCCGGAATGCTTACTATTTCTTCGTGCAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGATCCCCGAACTACGGCGACGAGGCCTGCCTGTGGCTCGCGTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGATCCCCGAACTACGGCGACGAGGCCTGCCTGTGGCTCGCGTTGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGCCATCCCTTACTGCTCCTCAGACTGGGCG         CTTCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100101 ATGCCATCCCTTACTGCTCCTCAGACTGGGCGGTA...AAGCTTCTGAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGAAGAAAAGGAGAAATACGCAGAAATGGCTCGAGAATGGAGGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100394 GAGGAAGAAAAGGAGAAATACGCAGAAATGGCTCGAGAATGGAGGGCCGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCAGGGAAAGGACCCTGGGCCCTCAGAGAAGCAG         AAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100444 TCAGGGAAAGGACCCTGGGCCCTCAGAGAAGCAGGTA...TAGAAACCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTTTCACACCACTGAGGAGGCCAGGCATGCTTGTACCAAAGCAGAATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102033 TTTTCACACCACTGAGGAGGCCAGGCATGCTTGTACCAAAGCAGAATGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCACCTCCAGATATGTCAGCTTTGTCTTTAAAAGGTGATCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102083 TCACCTCCAGATATGTCAGCTTTGTCTTTAAAAGGTGATCAAGGTA...T

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    326   CTCTCCTTGGAGGCATTTTTTATTTTTTGAACATTTTTAGCCATGGCG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103332 AGCTCTCCTTGGAGGCATTTTTTATTTTTTGAACATTTTTAGCCATGGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCTACCTCCTCATTGTGAACAGCGCTTCCTCCCTTGTGAAATTGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103382 AGCTACCTCCTCATTGTGAACAGCGCTTCCTCCCTTGTGAAATTGGCTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTTAAGTATTCTCTCCAAGAAGGTATTATGGCAGATTTCCACAGTTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103432 GTTAAGTATTCTCTCCAAGAAGGTATTATGGCAGATTTCCACAGTTTTAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAATCCTG         GTGAAATTCCACGAGGATTTCGATTTCATTGTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 103482 AAATCCTGGTA...TAGGTGAAATTCCACGAGGATTTCGATTTCATTGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGCTGCAA         GTGATTCTAGTCACAAGATTCCTATTTCAAAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104709 AGGCTGCAAGTA...CAGGTGATTCTAGTCACAAGATTCCTATTTCAAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTTGAACGTGGGCATAACCAAGCAACTGTGTTACAAAACCTTTATAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114860 TTTGAACGTGGGCATAACCAAGCAACTGTGTTACAAAACCTTTATAGATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TATTCATCCCAACCCAGGGAACTGGCCACCTATCTACTGCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 114910 TATTCATCCCAACCCAGGGAACTGGCCACCTATCTACTGCAAGGTA...C

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    649   TCTGATGATAGAACCAGAGTCAACTGGTGTTTGAAGCATATGGCAAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115722 AGTCTGATGATAGAACCAGAGTCAACTGGTGTTTGAAGCATATGGCAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCATCAG         AAATCAGGCAAGATCTACAACTTCTCACTGTAGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115772 GCATCAGGTA...AAGAAATCAGGCAAGATCTACAACTTCTCACTGTAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGACCTTGTAGTGGGGATCTACCAACAAAAATTTCTCAAGGAGCCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115938 GGACCTTGTAGTGGGGATCTACCAACAAAAATTTCTCAAGGAGCCCTCTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGACTTGGATTCGAAGCCTCCTAGATGTGGCCATGTGGGATTATTCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115988 AGACTTGGATTCGAAGCCTCCTAGATGTGGCCATGTGGGATTATTCTAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AACACAAG         GTGCAAGTGGCATGAAGAAAATGATATTCTCTT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 116038 AACACAAGGTA...CAGGTGCAAGTGGCATGAAGAAAATGATATTCTCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CTGTGCTTTAGCTGTTTGCAAGAAGATTGC         GTACTGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 126903 CTGTGCTTTAGCTGTTTGCAAGAAGATTGCGTA...AAGGTACTGCATCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GTAATTCTCTGGCCACTCTCTTTGGAATCCAGCTCACAGAGGCTCATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128486 GTAATTCTCTGGCCACTCTCTTTGGAATCCAGCTCACAGAGGCTCATGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CCACTACAAGATTATGAGGCCAGCAATAGTGTGACACCCAAAATGGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128536 CCACTACAAGATTATGAGGCCAGCAATAGTGTGACACCCAAAATGGTTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ATTGGATGCAGGGCGTTACCAG         AAGCTAAGGGTTGGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 128586 ATTGGATGCAGGGCGTTACCAGGTA...CAGAAGCTAAGGGTTGGGAGTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CAGGATTCTCTCATTTCAGCTCTTCTAATGAGGAACAAAGATCAAACACA
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 131752 CAGGATTCTCTCATTTCAACTCTTCTAATGAGGAACAAAGATCAAACACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CCCATTG         GTGACTACCCATCTAGGGCAAAAATTTCTGGCCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131802 CCCATTGGTA...TAGGTGACTACCCATCTAGGGCAAAAATTTCTGGCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 AAACAGCAGCGTTCGGGGAAGAGGAATTACCCGCTTACTAGAGAGCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132350 AAACAGCAGCGTTCGGGGAAGAGGAATTACCCGCTTACTAGAGAGCATTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CCAATTCTTCCAGCAATATCCACAAATTCTCCAACTGTGACACTTCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132400 CCAATTCTTCCAGCAATATCCACAAATTCTCCAACTGTGACACTTCACTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TCACCTTACATGTCCCAAAAAGATGGATACAAATCTTTCTCTTCCTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132450 TCACCTTACATGTCCCAAAAAGATGGATACAAATCTTTCTCTTCCTTATC

   1400 
   1302 T
        |
 132500 T