seq1 = pF1KE1903.tfa, 1299 bp
seq2 = pF1KE1903/gi568815597f_214181255.tfa (gi568815597f:214181255_214436781), 255527 bp

>pF1KE1903 1299
>gi568815597f:214181255_214436781 (Chr1)

1-173  (100001-100173)   100% ->
174-237  (123933-123996)   100% ->
238-348  (133508-133618)   100% ->
349-409  (136825-136885)   100% ->
410-534  (137605-137729)   99% ->
535-602  (143387-143454)   100% ->
603-705  (146368-146470)   100% ->
706-816  (148914-149024)   100% ->
817-935  (149696-149814)   100% ->
936-1112  (150761-150938)   98% ->
1113-1221  (152946-153054)   100% ->
1222-1299  (155450-155527)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGGCCGAGGGCCTCGGCGGCCTGGAGCGCTTCTGCAGCCCGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGGCCGAGGGCCTCGGCGGCCTGGAGCGCTTCTGCAGCCCGGGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGCCGGGGGCTGCGGGCTCTGCAGCCCTTCCAGGTGGGGGACTTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGCCGGGGGCTGCGGGCTCTGCAGCCCTTCCAGGTGGGGGACTTGCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTCCTGCCCGGCCTATGCCTACGTGCTCACGGTCAACGAGCGGGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTCCTGCCCGGCCTATGCCTACGTGCTCACGGTCAACGAGCGGGGCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACTGCGAGTACTGCTTCACCAG         GAAAGAAGGATTGTCCAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100151 CACTGCGAGTACTGCTTCACCAGGTA...AAGGAAAGAAGGATTGTCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATGTGGAAGATGCAAGCAGGCATTTTACTGCAATGTGGAGTGTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 123951 ATGTGGAAGATGCAAGCAGGCATTTTACTGCAATGTGGAGTGTCAGGTA.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238      AAAGAAGATTGGCCCATGCACAAGCTGGAATGTTCTCCCATGGTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124001 ..CAGAAAGAAGATTGGCCCATGCACAAGCTGGAATGTTCTCCCATGGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTTTTTGGGGAAAACTGGAATCCCTCGGAGACTGTAAGACTAACAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133553 GTTTTTGGGGAAAACTGGAATCCCTCGGAGACTGTAAGACTAACAGCAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GATTCTGGCCAAACAG         AAAATCCACCCAGAGAGAACACCTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 133603 GATTCTGGCCAAACAGGTG...TAGAAAATCCACCCAGAGAGAACACCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CGGAAAAATTGTTAGCTGTGAAGGAGTTTGAATCAC         ATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 136850 CGGAAAAATTGTTAGCTGTGAAGGAGTTTGAATCACGTA...CAGATCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GATAAGTTAGACAATGAGAAGAAGGATTTGATTCAGAGTGACATAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137610 GATAAGTTAGACAATGAGAAGAAGGATTTGATTCAGAGTGACATAGCTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCTCCATCACTTTTACTCCAAGCATCTCGAATTCCCTGACAATGATAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 137660 TCTCCATCACTTTTACTCCAAGCATCTCGGATTCCCTGACAATGATAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCGTAGTACTCTTTGCACAG         GTTAACTGTAATGGCTTCACA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 137710 TCGTAGTACTCTTTGCACAGGTA...CAGGTTAACTGTAATGGCTTCACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATTGAAGATGAAGAACTTTCTCATTTGGGATCAGCGATATTTCCTGA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 143408 ATTGAAGATGAAGAACTTTCTCATTTGGGATCAGCGATATTTCCTGAGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    603       TGTTGCATTGATGAATCATAGCTGTTGCCCCAATGTCATTGTGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143458 ...CAGTGTTGCATTGATGAATCATAGCTGTTGCCCCAATGTCATTGTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCTACAAAGGGACCCTGGCAGAAGTCAGAGCTGTACAGGAAATCAAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146412 CCTACAAAGGGACCCTGGCAGAAGTCAGAGCTGTACAGGAAATCAAGCCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGAGAGGAG         GTTTTTACCAGCTATATTGATCTCCTGTACCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 146462 GGAGAGGAGGTG...TAGGTTTTTACCAGCTATATTGATCTCCTGTACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AACGGAAGATAGAAATGACCGGTTAAGAGATTCTTATTTCTTTACCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148946 AACGGAAGATAGAAATGACCGGTTAAGAGATTCTTATTTCTTTACCTGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGTGCCAGGAGTGTACCACCAAGGACAAG         GATAAGGCCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 148996 AGTGCCAGGAGTGTACCACCAAGGACAAGGTA...CAGGATAAGGCCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GTGGAAATCCGGAAGCTCAGCGATCCCCCAAAGGCAGAAGCCATCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149708 GTGGAAATCCGGAAGCTCAGCGATCCCCCAAAGGCAGAAGCCATCCGAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CATGGTCAGATATGCACGCAACGTCATTGAAGAGTTCCGGAGGGCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149758 CATGGTCAGATATGCACGCAACGTCATTGAAGAGTTCCGGAGGGCCAAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACTATAA          ATCCCCTAGTGAGCTGCTGGAGATCTGCGAGCT
        |||||||>>>...>>>-| |||||||||||||||||||||||||||||||
 149808 ACTATAAATA...CAGCACCCCCTAGTGAGCTGCTGGAGATCTGCGAGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    969 CAGCCAGGAGAAGATGAGCTCTGTGTTTGAGGACAGTAACGTGTACATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150795 CAGCCAGGAGAAGATGAGCTCTGTGTTTGAGGACAGTAACGTGTACATGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1019 TGCACATGATGTACCAGGCCATGGGTGTCTGCTTGTACATGCAGGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150845 TGCACATGATGTACCAGGCCATGGGTGTCTGCTTGTACATGCAGGACTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1069 GAAGGAGCCCTGCAATATGGACAGAAAATCATTAAGCCCTACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 150895 GAAGGAGCCCTGCAATATGGACAGAAAATCATTAAGCCCTACAGGTG...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1113    TAAGCACTATCCTTTGTACTCCCTCAACGTGGCCTCCATGTGGTTGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152943 TAGTAAGCACTATCCTTTGTACTCCCTCAACGTGGCCTCCATGTGGTTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1160 AGCTAGGGAGACTCTACATGGGCCTGGAACACAAAGCCGCAGGGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152993 AGCTAGGGAGACTCTACATGGGCCTGGAACACAAAGCCGCAGGGGAGAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1210 GCCCTGAAGAAG         GCCATTGCAATCATGGAAGTAGCTCACGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 153043 GCCCTGAAGAAGGTA...TAGGCCATTGCAATCATGGAAGTAGCTCACGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1251 CAAAGATCATCCATATATTTCTGAGATCAAACAGGAAATTGAAAGCCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155479 CAAAGATCATCCATATATTTCTGAGATCAAACAGGAAATTGAAAGCCAC