seq1 = pF1KE1897.tfa, 2409 bp
seq2 = pF1KE1897/gi568815586f_103830516.tfa (gi568815586f:103830516_104046943), 216428 bp

>pF1KE1897 2409
>gi568815586f:103830516_104046943 (Chr12)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-152  (101006-101108)   100% ->
153-294  (101762-101903)   100% ->
295-411  (102311-102427)   100% ->
412-743  (103441-103772)   100% ->
744-855  (107180-107291)   100% ->
856-975  (107825-107944)   100% ->
976-1092  (108994-109110)   100% ->
1093-1230  (110895-111032)   100% ->
1231-1308  (111114-111191)   100% ->
1309-1374  (111317-111382)   100% ->
1375-1644  (112012-112281)   100% ->
1645-1890  (112559-112804)   100% ->
1891-2027  (113223-113359)   100% ->
2028-2106  (116103-116181)   100% ->
2107-2262  (116271-116426)   100% ->
2263-2382  (116796-116915)   100% ->
2383-2409  (117118-117144)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGGCCCTGTGGGTGCTGGGCCTCTGCTGCGTCCTGCTGACCTTCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGAGGGCCCTGTGGGTGCTGGGCCTCTGCTGCGTCCTGCTGACCTTCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         GGTCGGTCAGAGCTGACGATGAAGTTGATGTGGATGGTACAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TG...CAGGGTCGGTCAGAGCTGACGATGAAGTTGATGTGGATGGTACAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAGAAGAGGATCTGGGTAAAAGTAGAGAAGGATCAAGGACGGATGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101048 TAGAAGAGGATCTGGGTAAAAGTAGAGAAGGATCAAGGACGGATGATGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTAGTACAGAG         AGAGGAAGAAGCTATTCAGTTGGATGGATT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101098 GTAGTACAGAGGTT...TAGAGAGGAAGAAGCTATTCAGTTGGATGGATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAATGCATCACAAATAAGAGAACTTAGAGAGAAGTCGGAAAAGTTTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101792 AAATGCATCACAAATAAGAGAACTTAGAGAGAAGTCGGAAAAGTTTGCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCAAGCCGAAGTTAACAGAATGATGAAACTTATCATCAATTCATTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101842 TCCAAGCCGAAGTTAACAGAATGATGAAACTTATCATCAATTCATTGTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAAATAAAGAG         ATTTTCCTGAGAGAACTGATTTCAAATGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101892 AAAAATAAAGAGGTA...TAGATTTTCCTGAGAGAACTGATTTCAAATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTCTGATGCTTTAGATAAGATAAGGCTAATATCACTGACTGATGAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102340 TTCTGATGCTTTAGATAAGATAAGGCTAATATCACTGACTGATGAAAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTCTTTCTGGAAATGAGGAACTAACAGTCAAAATTAAG         TGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102390 CTCTTTCTGGAAATGAGGAACTAACAGTCAAAATTAAGGTA...TAGTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GATAAGGAGAAGAACCTGCTGCATGTCACAGACACCGGTGTAGGAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103444 GATAAGGAGAAGAACCTGCTGCATGTCACAGACACCGGTGTAGGAATGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAGAGAAGAGTTGGTTAAAAACCTTGGTACCATAGCCAAATCTGGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103494 CAGAGAAGAGTTGGTTAAAAACCTTGGTACCATAGCCAAATCTGGGACAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCGAGTTTTTAAACAAAATGACTGAAGCACAGGAAGATGGCCAGTCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103544 GCGAGTTTTTAAACAAAATGACTGAAGCACAGGAAGATGGCCAGTCAACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCTGAATTGATTGGCCAGTTTGGTGTCGGTTTCTATTCCGCCTTCCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103594 TCTGAATTGATTGGCCAGTTTGGTGTCGGTTTCTATTCCGCCTTCCTTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGCAGATAAGGTTATTGTCACTTCAAAACACAACAACGATACCCAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103644 AGCAGATAAGGTTATTGTCACTTCAAAACACAACAACGATACCCAGCACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCTGGGAGTCTGACTCCAATGAATTTTCTGTAATTGCTGACCCAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103694 TCTGGGAGTCTGACTCCAATGAATTTTCTGTAATTGCTGACCCAAGAGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AACACTCTAGGACGGGGAACGACAATTAC         CCTTGTCTTAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103744 AACACTCTAGGACGGGGAACGACAATTACGTG...CAGCCTTGTCTTAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGAAGAAGCATCTGATTACCTTGAATTGGATACAATTAAAAATCTCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107192 AGAAGAAGCATCTGATTACCTTGAATTGGATACAATTAAAAATCTCGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAAAATATTCACAGTTCATAAACTTTCCTATTTATGTATGGAGCAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107242 AAAAATATTCACAGTTCATAAACTTTCCTATTTATGTATGGAGCAGCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856          ACTGAAACTGTTGAGGAGCCCATGGAGGAAGAAGAAGCAGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107292 GTA...CAGACTGAAACTGTTGAGGAGCCCATGGAGGAAGAAGAAGCAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAAAGAAGAGAAAGAAGAATCTGATGATGAAGCTGCAGTAGAGGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107866 CAAAGAAGAGAAAGAAGAATCTGATGATGAAGCTGCAGTAGAGGAAGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AAGAAGAAAAGAAACCAAAGACTAAAAAA         GTTGAAAAAACT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 107916 AAGAAGAAAAGAAACCAAAGACTAAAAAAGTA...CAGGTTGAAAAAACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTCTGGGACTGGGAACTTATGAATGATATCAAACCAATATGGCAGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109006 GTCTGGGACTGGGAACTTATGAATGATATCAAACCAATATGGCAGAGACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ATCAAAAGAAGTAGAAGAAGATGAATACAAAGCTTTCTACAAATCATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109056 ATCAAAAGAAGTAGAAGAAGATGAATACAAAGCTTTCTACAAATCATTTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CAAAG         GAAAGTGATGACCCCATGGCTTATATTCACTTTACT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109106 CAAAGGTA...CAGGAAAGTGATGACCCCATGGCTTATATTCACTTTACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCTGAAGGGGAAGTTACCTTCAAATCAATTTTATTTGTACCCACATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110931 GCTGAAGGGGAAGTTACCTTCAAATCAATTTTATTTGTACCCACATCTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TCCACGTGGTCTGTTTGACGAATATGGATCTAAAAAGAGCGATTACATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110981 TCCACGTGGTCTGTTTGACGAATATGGATCTAAAAAGAGCGATTACATTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AG         CTCTATGTGCGCCGTGTATTCATCACAGACGACTTCCAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111031 AGGTG...TAGCTCTATGTGCGCCGTGTATTCATCACAGACGACTTCCAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GATATGATGCCTAAATACCTCAATTTTGTCAAGGGTGTG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 111153 GATATGATGCCTAAATACCTCAATTTTGTCAAGGGTGTGGTA...AAGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGACTCAGATGATCTCCCCTTGAATGTTTCCCGCGAGACTCTTCAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111319 GGACTCAGATGATCTCCCCTTGAATGTTTCCCGCGAGACTCTTCAGCAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATAAACTGCTTAAG         GTGATTAGGAAGAAGCTTGTTCGTAAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 111369 ATAAACTGCTTAAGGTA...TAGGTGATTAGGAAGAAGCTTGTTCGTAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ACGCTGGACATGATCAAGAAGATTGCTGATGATAAATACAATGATACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112039 ACGCTGGACATGATCAAGAAGATTGCTGATGATAAATACAATGATACTTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TTGGAAAGAATTTGGTACCAACATCAAGCTTGGTGTGATTGAAGACCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112089 TTGGAAAGAATTTGGTACCAACATCAAGCTTGGTGTGATTGAAGACCACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CGAATCGAACACGTCTTGCTAAACTTCTTAGGTTCCAGTCTTCTCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112139 CGAATCGAACACGTCTTGCTAAACTTCTTAGGTTCCAGTCTTCTCATCAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CCAACTGACATTACTAGCCTAGACCAGTATGTGGAAAGAATGAAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112189 CCAACTGACATTACTAGCCTAGACCAGTATGTGGAAAGAATGAAGGAAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 ACAAGACAAAATCTACTTCATGGCTGGGTCCAGCAGAAAAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 112239 ACAAGACAAAATCTACTTCATGGCTGGGTCCAGCAGAAAAGAGGTG...T

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1645   GCTGAATCTTCTCCATTTGTTGAGCGACTTCTGAAAAAGGGCTATGAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112557 AGGCTGAATCTTCTCCATTTGTTGAGCGACTTCTGAAAAAGGGCTATGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GTTATTTACCTCACAGAACCTGTGGATGAATACTGTATTCAGGCCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112607 GTTATTTACCTCACAGAACCTGTGGATGAATACTGTATTCAGGCCCTTCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 CGAATTTGATGGGAAGAGGTTCCAGAATGTTGCCAAGGAAGGAGTGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112657 CGAATTTGATGGGAAGAGGTTCCAGAATGTTGCCAAGGAAGGAGTGAAGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TCGATGAAAGTGAGAAAACTAAGGAGAGTCGTGAAGCAGTTGAGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112707 TCGATGAAAGTGAGAAAACTAAGGAGAGTCGTGAAGCAGTTGAGAAAGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 TTTGAGCCTCTGCTGAATTGGATGAAAGATAAAGCCCTTAAGGACAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 112757 TTTGAGCCTCTGCTGAATTGGATGAAAGATAAAGCCCTTAAGGACAAGGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1891        ATTGAAAAGGCTGTGGTGTCTCAGCGCCTGACAGAATCTCCGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112807 A...AAGATTGAAAAGGCTGTGGTGTCTCAGCGCCTGACAGAATCTCCGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 GTGCTTTGGTGGCCAGCCAGTACGGATGGTCTGGCAACATGGAGAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113266 GTGCTTTGGTGGCCAGCCAGTACGGATGGTCTGGCAACATGGAGAGAATC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 ATGAAAGCACAAGCGTACCAAACGGGCAAGGACATCTCTACAAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 113316 ATGAAAGCACAAGCGTACCAAACGGGCAAGGACATCTCTACAAAGTA...

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2028    TTACTATGCGAGTCAGAAGAAAACATTTGAAATTAATCCCAGACACC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116100 CAGTTACTATGCGAGTCAGAAGAAAACATTTGAAATTAATCCCAGACACC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 CGCTGATCAGAGACATGCTTCGACGAATTAAG         GAAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 116150 CGCTGATCAGAGACATGCTTCGACGAATTAAGGTA...CAGGAAGATGAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 GATGATAAAACAGTTTTGGATCTTGCTGTGGTTTTGTTTGAAACAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116280 GATGATAAAACAGTTTTGGATCTTGCTGTGGTTTTGTTTGAAACAGCAAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 GCTTCGGTCAGGGTATCTTTTACCAGACACTAAAGCATATGGAGATAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116330 GCTTCGGTCAGGGTATCTTTTACCAGACACTAAAGCATATGGAGATAGAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 TAGAAAGAATGCTTCGCCTCAGTTTGAACATTGACCCTGATGCAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 116380 TAGAAAGAATGCTTCGCCTCAGTTTGAACATTGACCCTGATGCAAAGGTT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2263       GTGGAAGAAGAGCCCGAAGAAGAACCTGAAGAGACAGCAGAAGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116430 ...TAGGTGGAAGAAGAGCCCGAAGAAGAACCTGAAGAGACAGCAGAAGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 CACAACAGAAGACACAGAGCAAGACGAAGATGAAGAAATGGATGTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116840 CACAACAGAAGACACAGAGCAAGACGAAGATGAAGAAATGGATGTGGGAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 CAGATGAAGAAGAAGAAACAGCAAAG         GAATCTACAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 116890 CAGATGAAGAAGAAGAAACAGCAAAGGTA...CAGGAATCTACAGCTGAA

   2550     .    :
   2398 AAAGATGAATTG
        ||||||||||||
 117133 AAAGATGAATTG