seq1 = pF1KE1896.tfa, 1281 bp
seq2 = pF1KE1896/gi568815584f_64368395.tfa (gi568815584f:64368395_64569675), 201281 bp

>pF1KE1896 1281
>gi568815584f:64368395_64569675 (Chr14)

1-1281  (100001-101281)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAACCACAATTTCAGAAATTCATGTAGAAAACAAGGATGAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAACCACAATTTCAGAAATTCATGTAGAAAACAAGGATGAGAAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCAGCAGAAGGTAGTCCTGGGGCTGAAAGGCAGAAGGAAAAGGCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATCAGCAGAAGGTAGTCCTGGGGCTGAAAGGCAGAAGGAAAAGGCATCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTTTGCTTCAAGAGAAGAAAGAAAGCAGCCAAAGCACTGAAGCCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTTTGCTTCAAGAGAAGAAAGAAAGCAGCCAAAGCACTGAAGCCCAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTGGCTCTGAAGCTGCTGATGTGGCAAGGAAGTGTCCACAAGAAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCTGGCTCTGAAGCTGCTGATGTGGCAAGGAAGTGTCCACAAGAAGCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGCTTCTGATCAGCCAGAGCCCACACGGGGGGCCTGGGCCTCACTCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGCTTCTGATCAGCCAGAGCCCACACGGGGGGCCTGGGCCTCACTCAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTCTTGTAACACGCAGGAAAAGGTCAGAGTCTTCAAAGCAGCAAAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTCTTGTAACACGCAGGAAAAGGTCAGAGTCTTCAAAGCAGCAAAAGCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTGGAGGGTGAAATGCAACCTGCAATAAATGCTGAGGATGCTGATCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTGGAGGGTGAAATGCAACCTGCAATAAATGCTGAGGATGCTGATCTTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TAAGAAAAAGGCAAAATCTAGACTTAAGATTCCCTGCATAAAATTCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TAAGAAAAAGGCAAAATCTAGACTTAAGATTCCCTGCATAAAATTCCCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GAGGGCCAAAAAGGAGTAATCATTCCAAAATTATAGAAGACTCAGACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GAGGGCCAAAAAGGAGTAATCATTCCAAAATTATAGAAGACTCAGACTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGCATCAAAGTCCAGGAAGAAGCTGAAATTTTGGATATACAAACACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGCATCAAAGTCCAGGAAGAAGCTGAAATTTTGGATATACAAACACAGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCCATTGAATGATCAGGCAACAAAGGCTAAGTCAACCCAGGATCTAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCCATTGAATGATCAGGCAACAAAGGCTAAGTCAACCCAGGATCTAAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AAGGCATCTCACGGAAAGATGGTGATGAGGTCTGTGAATCAAATGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AAGGCATCTCACGGAAAGATGGTGATGAGGTCTGTGAATCAAATGTGAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AATAGCATAACTTCTGGAGAGAAAGTGATTTCAGTAGAACTTGGATTAGA
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AATAGCACAACTTCTGGAGAGAAAGTGATTTCAGTAGAACTTGGATTAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TAATGGGCATTCTGCTATTCAAACGGGAACTCTAATCCTTGAAGAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TAATGGGCATTCTGCTATTCAAACGGGAACTCTAATCCTTGAAGAAATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AAACGATCAAGGAAAAACAAGATGTTCAACCCCAGCAAGCAAGCCCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AAACGATCAAGGAAAAACAAGATGTTCAACCCCAGCAAGCAAGCCCACTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GAAACTTCAGAAACAGACCATCAGCAGCCAGTACTTTCTGATGTTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GAAACTTCAGAAACAGACCATCAGCAGCCAGTACTTTCTGATGTTCCTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TTTACCTGCAATTCCAGATCAACAAATTGTGGAAGAAGCCAGTAACAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TTTACCTGCAATTCCAGATCAACAAATTGTGGAAGAAGCCAGTAACAGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCCTAGAAAGTGCACCAAATGGAAAAGACTATGAAAGTACAGAGATTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CCCTAGAAAGTGCACCAAATGGAAAAGACTATGAAAGTACAGAGATTGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCTGAAGAAACTAAGCCAAAAGATACTGAATTGAGCCAAGAATCAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCTGAAGAAACTAAGCCAAAAGATACTGAATTGAGCCAAGAATCAGATTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TAAAGAAAATGGGATCACTGAAGAGAAATCCAAATCAGAAGAAAGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TAAAGAAAATGGGATCACTGAAGAGAAATCCAAATCAGAAGAAAGCAAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GAATGGAGCCAATTGCTATTATTATTACAGACACTGAAATCAGTGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GAATGGAGCCAATTGCTATTATTATTACAGACACTGAAATCAGTGAATTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GATGTTACAAAATCTAAAAATGTCCCTAAGCAATTCTTAATTTCAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GATGTTACAAAATCTAAAAATGTCCCTAAGCAATTCTTAATTTCAGCTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 AAATGAGCAAGTAGGGGTTTTTGCTAATGATAATGGTTTTGAGGATAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 AAATGAGCAAGTAGGGGTTTTTGCTAATGATAATGGTTTTGAGGATAGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CTTCAGAACAATATGAAACACTCTTAATTGAAACAGCCTCTTCTCTAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CTTCAGAACAATATGAAACACTCTTAATTGAAACAGCCTCTTCTCTAGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 AAGAATGCTATTCAGTTGTCAATAGAACAGCTGGTTAATGAAATGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 AAGAATGCTATTCAGTTGTCAATAGAACAGCTGGTTAATGAAATGGCCTC

   1250     .    :    .    :    .    :
   1251 TGATGATAATAAAATAAACAATCTTCTACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 TGATGATAATAAAATAAACAATCTTCTACAG