seq1 = pF1KE1894.tfa, 1269 bp
seq2 = pF1KE1894/gi568815584f_94514442.tfa (gi568815584f:94514442_94723811), 209370 bp

>pF1KE1894 1269
>gi568815584f:94514442_94723811 (Chr14)

1-643  (100001-100643)   100% ->
644-917  (104754-105027)   100% ->
918-1068  (107900-108050)   100% ->
1069-1269  (109170-109370)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGAATGTTACCTCTCCTGGCTCTGGGGCTCTTGGCGGCTGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAGAATGTTACCTCTCCTGGCTCTGGGGCTCTTGGCGGCTGGGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCCCTGCTGTCCTCTGCCACCCTAACAGCCCACTTGACGAGGAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCCCTGCTGTCCTCTGCCACCCTAACAGCCCACTTGACGAGGAGAATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGACCCAGGAGAACCAAGACCGAGGGACACACGTGGACCTCGGATTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGACCCAGGAGAACCAAGACCGAGGGACACACGTGGACCTCGGATTAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCGCCAACGTGGACTTCGCTTTCAGCCTGTACAAGCAGTTAGTCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCGCCAACGTGGACTTCGCTTTCAGCCTGTACAAGCAGTTAGTCCTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCCCTGATAAGAATGTCATCTTCTCCCCACTGAGCATCTCCACCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCCCCTGATAAGAATGTCATCTTCTCCCCACTGAGCATCTCCACCGCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGCCTTCCTGTCTCTGGGGGCCCATAATACCACCCTGACAGAGATTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGCCTTCCTGTCTCTGGGGGCCCATAATACCACCCTGACAGAGATTCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAAGGCCTCAAGTTCAACCTCACGGAGACTTCTGAGGCAGAAATTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAAGGCCTCAAGTTCAACCTCACGGAGACTTCTGAGGCAGAAATTCACCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAGCTTCCAGCACCTCCTGCGCACCCTCAATCAGTCCAGCGATGAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAGCTTCCAGCACCTCCTGCGCACCCTCAATCAGTCCAGCGATGAGCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGCTGAGTATGGGAAATGCCATGTTTGTCAAAGAGCAACTCAGTCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGCTGAGTATGGGAAATGCCATGTTTGTCAAAGAGCAACTCAGTCTGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GACAGGTTCACGGAGGATGCCAAGAGGCTGTATGGCTCCGAGGCCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GACAGGTTCACGGAGGATGCCAAGAGGCTGTATGGCTCCGAGGCCTTTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CACTGACTTTCAGGACTCAGCTGCAGCTAAGAAGCTCATCAACGACTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CACTGACTTTCAGGACTCAGCTGCAGCTAAGAAGCTCATCAACGACTACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGAAGAATGGAACTAGGGGGAAAATCACAGATCTGATCAAGGACCTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGAAGAATGGAACTAGGGGGAAAATCACAGATCTGATCAAGGACCTTGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCGCAGACAATGATGGTCCTGGTGAATTACATCTTCTTTAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100601 TCGCAGACAATGATGGTCCTGGTGAATTACATCTTCTTTAAAGGTG...C

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    644   CCAAATGGGAGATGCCCTTTGACCCCCAAGATACTCATCAGTCAAGGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104752 AGCCAAATGGGAGATGCCCTTTGACCCCCAAGATACTCATCAGTCAAGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TCTACTTGAGCAAGAAAAAGTGGGTAATGGTGCCCATGATGAGTTTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104802 TCTACTTGAGCAAGAAAAAGTGGGTAATGGTGCCCATGATGAGTTTGCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CACCTGACTATACCTTACTTCCGGGACGAGGAGCTGTCCTGCACCGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104852 CACCTGACTATACCTTACTTCCGGGACGAGGAGCTGTCCTGCACCGTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGAGCTGAAGTACACAGGCAATGCCAGCGCACTCTTCATCCTCCCTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104902 GGAGCTGAAGTACACAGGCAATGCCAGCGCACTCTTCATCCTCCCTGATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AAGACAAGATGGAGGAAGTGGAAGCCATGCTGCTCCCAGAGACCCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104952 AAGACAAGATGGAGGAAGTGGAAGCCATGCTGCTCCCAGAGACCCTGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CGGTGGAGAGACTCTCTGGAGTTCAG         AGAGATAGGTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 105002 CGGTGGAGAGACTCTCTGGAGTTCAGGTG...TAGAGAGATAGGTGAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CTACCTGCCAAAGTTTTCCATCTCGAGGGACTATAACCTGAACGACATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107915 CTACCTGCCAAAGTTTTCCATCTCGAGGGACTATAACCTGAACGACATAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TTCTCCAGCTGGGCATTGAGGAAGCCTTCACCAGCAAGGCTGACCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107965 TTCTCCAGCTGGGCATTGAGGAAGCCTTCACCAGCAAGGCTGACCTGTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GGGATCACAGGGGCCAGGAACCTAGCAGTCTCCCAG         GTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 108015 GGGATCACAGGGGCCAGGAACCTAGCAGTCTCCCAGGTG...CAGGTGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CCATAAGGCTGTGCTTGATGTATTTGAGGAGGGCACAGAAGCATCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109175 CCATAAGGCTGTGCTTGATGTATTTGAGGAGGGCACAGAAGCATCTGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CCACAGCAGTCAAAATCACCCTCCTTTCTGCATTAGTGGAGACAAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109225 CCACAGCAGTCAAAATCACCCTCCTTTCTGCATTAGTGGAGACAAGGACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 ATTGTGCGTTTCAACAGGCCCTTCCTGATGATCATTGTCCCTACAGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109275 ATTGTGCGTTTCAACAGGCCCTTCCTGATGATCATTGTCCCTACAGACAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1224 CCAGAACATCTTCTTCATGAGCAAAGTCACCAATCCCAAGCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109325 CCAGAACATCTTCTTCATGAGCAAAGTCACCAATCCCAAGCAAGCC