seq1 = pF1KE1893.tfa, 1266 bp
seq2 = pF1KE1893/gi568815581f_32344524.tfa (gi568815581f:32344524_32580628), 236105 bp

>pF1KE1893 1266
>gi568815581f:32344524_32580628 (Chr17)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-193  (102422-102523)   100% ->
194-318  (109972-110096)   100% ->
319-390  (119526-119597)   100% ->
391-448  (119998-120055)   100% ->
449-643  (124476-124670)   100% ->
644-788  (129278-129422)   99% ->
789-849  (130241-130301)   100% ->
850-912  (132998-133060)   100% ->
913-1038  (134728-134853)   100% ->
1039-1074  (135328-135363)   100% ->
1075-1126  (135623-135674)   100% ->
1127-1266  (135966-136105)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGCGGCGGTGGTGGAGTTCCAGAGAGCCCAGTCTCTACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGCGGCGGTGGTGGAGTTCCAGAGAGCCCAGTCTCTACTCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCGACCGGGAGGCCTCCATCGACATCCTCCACTCCATCG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 CACCGACCGGGAGGCCTCCATCGACATCCTCCACTCCATCGGTA...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGAAGCGTGACATTCAGGAAAACGATGAAGAGGCAGTGCAAGTCAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102422 TGAAGCGTGACATTCAGGAAAACGATGAAGAGGCAGTGCAAGTCAAAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGAGCATCCTGGAACTGGGATCTCTCCTGGCAAAGACTGGACAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102472 CAGAGCATCCTGGAACTGGGATCTCTCCTGGCAAAGACTGGACAAGCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AG         AGCTTGGAGGACTCCTGAAGTATGTACGACCCTTCTTGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102522 AGGTA...CAGAGCTTGGAGGACTCCTGAAGTATGTACGACCCTTCTTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATTCCATCAGCAAGGCTAAAGCAGCTCGCCTGGTCCGATCTCTTCTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110011 ATTCCATCAGCAAGGCTAAAGCAGCTCGCCTGGTCCGATCTCTTCTTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGTTTCTTGATATGGAAGCAGCTACAGGGCAGGAG         GTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 110061 CTGTTTCTTGATATGGAAGCAGCTACAGGGCAGGAGGTA...CAGGTCGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCTGTGTTTAGAGTGCATCGAATGGGCCAAGTCAGAGAAAAGAACTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119531 GCTGTGTTTAGAGTGCATCGAATGGGCCAAGTCAGAGAAAAGAACTTTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TACGCCAAGCTTTGGAG         GCAAGACTGGTGTCTTTGTACTTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 119581 TACGCCAAGCTTTGGAGGTA...TAGGCAAGACTGGTGTCTTTGTACTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GATACCAAGAGGTACCAGGAAGCATTGCATTTGG         GTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 120022 GATACCAAGAGGTACCAGGAAGCATTGCATTTGGGTA...CAGGTTCTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GCTGCTGCGGGAGTTGAAAAAGATGGACGACAAAGCTCTTTTGGTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124483 GCTGCTGCGGGAGTTGAAAAAGATGGACGACAAAGCTCTTTTGGTGGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TACAGCTTTTAGAAAGCAAAACATACCATGCCCTGAGCAACCTGCCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124533 TACAGCTTTTAGAAAGCAAAACATACCATGCCCTGAGCAACCTGCCGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCCCGAGCTGCCTTAACTTCTGCTCGAACCACAGCAAATGCCATCTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124583 GCCCGAGCTGCCTTAACTTCTGCTCGAACCACAGCAAATGCCATCTACTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCCCCCTAAATTGCAGGCCACCTTGGACATGCAGTCGG         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 124633 CCCCCCTAAATTGCAGGCCACCTTGGACATGCAGTCGGGTA...CAGGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTATCCATGCAGCAGAAGAGAAGGACTGGAAAACTGCGTACTCATACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129281 TTATCCATGCAGCAGAAGAGAAGGACTGGAAAACTGCGTACTCATACTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TATGAGGCATTTGAGGGTTATGACTCCATCGACAGCCCCAAGGCCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129331 TATGAGGCATTTGAGGGTTATGACTCCATCGACAGCCCCAAGGCCATCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ATCTCTGAAGTACATGTTGTTGTGCAAAATCATGCTCAACAC        
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||>>>...>>
 129381 ATCTCTGAAGTACATGTTGCTGTGCAAAATCATGCTCAACACGTA...TA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    789  CCCAGAAGATGTCCAGGCTTTGGTGAGCGGGAAGCTTGCACTTCGGTAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130240 GCCCAGAAGATGTCCAGGCTTTGGTGAGCGGGAAGCTTGCACTTCGGTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCAGGGAGGCAG         ACAGAAGCATTAAAATGCGTGGCTCAGGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 130290 GCAGGGAGGCAGGTA...CAGACAGAAGCATTAAAATGCGTGGCTCAGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TAGCAAGAACAGATCACTGGCAGATTTTGAAAAG         GCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 133027 TAGCAAGAACAGATCACTGGCAGATTTTGAAAAGGTG...CAGGCTCTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CAGATTACCGGGCAGAGCTCCGGGATGACCCAATCATCAGCACACACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134735 CAGATTACCGGGCAGAGCTCCGGGATGACCCAATCATCAGCACACACTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GCCAAGTTGTATGATAACTTACTAGAACAGAATCTGATCCGAGTCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134785 GCCAAGTTGTATGATAACTTACTAGAACAGAATCTGATCCGAGTCATTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCCTTTTTCCAGAGTACAG         ATTGAACACATATCTAGTCTCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 134835 GCCTTTTTCCAGAGTACAGGTG...TAGATTGAACACATATCTAGTCTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TCAAACTCTCCAAG         GCCGACGTGGAAAGGAAATTATCACAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 135350 TCAAACTCTCCAAGGTA...TAGGCCGACGTGGAAAGGAAATTATCACAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 ATGATTCTTGACAAGAAATTTCATG         GGATTTTGGACCAGGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 135650 ATGATTCTTGACAAGAAATTTCATGGTA...CAGGGATTTTGGACCAGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 GGAGGGTGTCCTGATTATTTTCGATGAACCCCCAGTAGATAAAACTTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135982 GGAGGGTGTCCTGATTATTTTCGATGAACCCCCAGTAGATAAAACTTACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 AAGCTGCTCTGGAAACAATTCAGAACATGAGCAAAGTAGTGGATTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136032 AAGCTGCTCTGGAAACAATTCAGAACATGAGCAAAGTAGTGGATTCCCTC

   1350     .    :    .    :
   1243 TACAACAAAGCCAAGAAACTGACA
        ||||||||||||||||||||||||
 136082 TACAACAAAGCCAAGAAACTGACA