seq1 = pF1KE1892.tfa, 1263 bp
seq2 = pF1KE1892/gi568815591f_130193181.tfa (gi568815591f:130193181_130422673), 229493 bp

>pF1KE1892 1263
>gi568815591f:130193181_130422673 (Chr7)

1-68  (100001-100068)   100% ->
69-150  (105566-105647)   100% ->
151-285  (106090-106224)   100% ->
286-384  (107636-107734)   100% ->
385-486  (111298-111399)   100% ->
487-591  (112636-112740)   100% ->
592-702  (113607-113717)   100% ->
703-793  (115127-115217)   100% ->
794-993  (117607-117806)   100% ->
994-1078  (118858-118942)   100% ->
1079-1263  (129309-129493)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGTGGATACTGTTCATTGGGGCCCTTATTGGGTCCAGCATCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGTGGATACTGTTCATTGGGGCCCTTATTGGGTCCAGCATCTGTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAAGAAAAATTTTTTGG         GGACCAAGTTTTGAGGATTAATG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100051 CCAAGAAAAATTTTTTGGGTA...CAGGGACCAAGTTTTGAGGATTAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCAGAAATGGAGACGAGATCAGCAAATTGAGTCAACTAGTGAATTCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105589 TCAGAAATGGAGACGAGATCAGCAAATTGAGTCAACTAGTGAATTCAAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACTTGAAG         CTCAATTTCTGGAAATCTCCCTCCTCCTTCAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 105639 AACTTGAAGGTA...CAGCTCAATTTCTGGAAATCTCCCTCCTCCTTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCGGCCTGTGGATGTCCTGGTCCCATCTGTCAGTCTGCAGGCATTTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106122 TCGGCCTGTGGATGTCCTGGTCCCATCTGTCAGTCTGCAGGCATTTAAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCTTCCTGAGATCCCAGGGCTTAGAGTACGCAGTGACAATTGAGGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106172 CCTTCCTGAGATCCCAGGGCTTAGAGTACGCAGTGACAATTGAGGACCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAG         GCCCTTTTAGACAATGAAGATGATGAAATGCAACACAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106222 CAGGTA...CAGGCCCTTTTAGACAATGAAGATGATGAAATGCAACACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGAAGGGCAAGAACGGAGCAGTAATAACTTCAACTACGGGGCTTACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107674 TGAAGGGCAAGAACGGAGCAGTAATAACTTCAACTACGGGGCTTACCATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCTGGAAGCT         ATTTACCACGAGATGGACAACATTGCCGCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 107724 CCCTGGAAGCTGTA...CAGATTTACCACGAGATGGACAACATTGCCGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACTTTCCTGACCTGGCGAGGAGGGTGAAGATTGGACATTCGTTTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111328 GACTTTCCTGACCTGGCGAGGAGGGTGAAGATTGGACATTCGTTTGAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCGGCCGATGTATGTACTGAAG         TTCAGCACTGGGAAAGGCG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 111378 CCGGCCGATGTATGTACTGAAGGTG...CAGTTCAGCACTGGGAAAGGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGAGGCGGCCGGCCGTTTGGCTGAATGCAGGCATCCATTCCCGAGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112655 TGAGGCGGCCGGCCGTTTGGCTGAATGCAGGCATCCATTCCCGAGAGTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATCTCCCAGGCCACTGCAATCTGGACGGCAAGGAAG         ATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 112705 ATCTCCCAGGCCACTGCAATCTGGACGGCAAGGAAGGTC...TAGATTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ATCTGATTACCAGAGGGATCCAGCTATCACCTCCATCTTGGAGAAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113612 ATCTGATTACCAGAGGGATCCAGCTATCACCTCCATCTTGGAGAAAATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATATTTTCTTGTTGCCTGTGGCCAATCCTGATGGATATGTGTATACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113662 ATATTTTCTTGTTGCCTGTGGCCAATCCTGATGGATATGTGTATACTCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACTCAA         AACCGATTATGGAGGAAGACGCGGTCCCGAAATCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113712 ACTCAAGTG...CAGAACCGATTATGGAGGAAGACGCGGTCCCGAAATCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGGAAGCTCCTGCATTGGTGCTGACCCAAATAGAAACTGGAACGCTAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115162 TGGAAGCTCCTGCATTGGTGCTGACCCAAATAGAAACTGGAACGCTAGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TTGCAG         GAAAGGGAGCCAGCGACAACCCTTGCTCCGAAGTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115212 TTGCAGGTA...CAGGAAAGGGAGCCAGCGACAACCCTTGCTCCGAAGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TACCATGGACCCCACGCCAATTCGGAAGTGGAGGTGAAATCAGTGGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117642 TACCATGGACCCCACGCCAATTCGGAAGTGGAGGTGAAATCAGTGGTAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TTTCATCCAAAAACATGGGAATTTCAAGGGCTTCATCGACCTGCACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117692 TTTCATCCAAAAACATGGGAATTTCAAGGGCTTCATCGACCTGCACAGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACTCGCAGCTGCTGATGTATCCATATGGGTACTCAGTCAAAAAGGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117742 ACTCGCAGCTGCTGATGTATCCATATGGGTACTCAGTCAAAAAGGCCCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GATGCCGAGGAACTC         GACAAGGTGGCGAGGCTTGCGGCCAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 117792 GATGCCGAGGAACTCGTG...CAGGACAAGGTGGCGAGGCTTGCGGCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGCTCTGGCTTCTGTGTCGGGCACTGAGTACCAAGTGGGTCCCACCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118884 AGCTCTGGCTTCTGTGTCGGGCACTGAGTACCAAGTGGGTCCCACCTGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCACTGTCT         ATCCAGCTAGCGGGAGCAGCATCGACTGGGCG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||| 
 118934 CCACTGTCTGTA...CAGATCCAGCTAGCGGGAGCAGCATCGACTGGGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TATGACAACGGCATCAAATTTGCATTCACATTTGAGTTGAGAGATACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129341 TATGACAACGGCATCAAATTTGCATTCACATTTGAGTTGAGAGATACCGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GACCTATGGCTTCCTCCTGCCAGCTAACCAGATCATCCCCACTGCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129391 GACCTATGGCTTCCTCCTGCCAGCTAACCAGATCATCCCCACTGCAGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGACGTGGCTGGGGCTGAAGACCATCATGGAGCATGTGCGGGACAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129441 AGACGTGGCTGGGGCTGAAGACCATCATGGAGCATGTGCGGGACAACCTC

   1350 
   1261 TAC
        |||
 129491 TAC