seq1 = pF1KE1891.tfa, 1260 bp
seq2 = pF1KE1891/gi568815581f_682379.tfa (gi568815581f:682379_892066), 209688 bp

>pF1KE1891 1260
>gi568815581f:682379_892066 (Chr17)

1-314  (100001-100314)   100% ->
315-559  (100705-100949)   100% ->
560-727  (105587-105754)   100% ->
728-1260  (109156-109688)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGCTGGTGAGACCCGCGAGGTTTGTCGTGCGACCGTTGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGCTGGTGAGACCCGCGAGGTTTGTCGTGCGACCGTTGCTGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGGTCCAGGCTTGGGACCTTGACGCGAGGCGCTGGGTCCGGGCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGGTCCAGGCTTGGGACCTTGACGCGAGGCGCTGGGTCCGGGCGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCGGAGCCCAGTGAAAGTGGTGTTTCCTTCCGGAGAGGTGGTGGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCGGAGCCCAGTGAAAGTGGTGTTTCCTTCCGGAGAGGTGGTGGAACAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGCGCGCTCCTGGGAAGCAGCCCCGCAAGGCACCATCTGAGGCCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGCGCGCTCCTGGGAAGCAGCCCCGCAAGGCACCATCTGAGGCCAGTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCAGGAGCAACGAGAGAAACAACCGCTCGAGGAGTCCGCATCCCGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCAGGAGCAACGAGAGAAACAACCGCTCGAGGAGTCCGCATCCCGCGCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCAGCACCTGGGAAGAGTCTGGGCTTCGCTACGATAAAGCTTATCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCAGCACCTGGGAAGAGTCTGGGCTTCGCTACGATAAAGCTTATCCCGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GACAGGAGGCTGAG         CAGTGTAATGACAATAGTAAAGTCCAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100301 GACAGGAGGCTGAGGTG...CAGCAGTGTAATGACAATAGTAAAGTCCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCCATTTCGGGAAAAACAAGGGAAGATCCTGCTGGAAGGTCGCAGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100732 GCCATTTCGGGAAAAACAAGGGAAGATCCTGCTGGAAGGTCGCAGGCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTTCAGACGCTCTCAAGGCTGGAGCTGTGCCAAAAATGTTCTTCTTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100782 TTTCAGACGCTCTCAAGGCTGGAGCTGTGCCAAAAATGTTCTTCTTTAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CGTCTAGAATACCTAAAGGAGTTGCCAGTCGATAAGCTGAAAGGTGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100832 CGTCTAGAATACCTAAAGGAGTTGCCAGTCGATAAGCTGAAAGGTGTCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCTCATTAAGGTGAAATTTGAGGATATCAAGGATTGGTCCGACCTCGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100882 CCTCATTAAGGTGAAATTTGAGGATATCAAGGATTGGTCCGACCTCGTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CGCCACAAGGAATAATGG         GGATTTTTGCCAAGCCTGACCAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100932 CGCCACAAGGAATAATGGGTT...CAGGGATTTTTGCCAAGCCTGACCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTTAAGATGACATATCCAAAGACTCAGCTTCAGCATTCACTGCCTTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105610 GTTAAGATGACATATCCAAAGACTCAGCTTCAGCATTCACTGCCTTTATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 ATTGATTTGTGACAATCTCCGTGACCCTGGGAACCTGGGGACAATTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105660 ATTGATTTGTGACAATCTCCGTGACCCTGGGAACCTGGGGACAATTCTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GATCTGCAGCTGGGGCAGGCTGCAGCAAAGTGTTACTCACCAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 105710 GATCTGCAGCTGGGGCAGGCTGCAGCAAAGTGTTACTCACCAAAGGTA..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    728     GCTGTGTGGATGCCTGGGAGCCCAAAGTGCTCCGGGCGGGTATGGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105760 .CAGGCTGTGTGGATGCCTGGGAGCCCAAAGTGCTCCGGGCGGGTATGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CGCACATTTCCGGATGCCCATTATCAATAATCTGGAATGGGAAACCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109202 CGCACATTTCCGGATGCCCATTATCAATAATCTGGAATGGGAAACCGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CCAATTACCTGCCCCCTGACACTCGGGTCTATGTGGCTGACAACTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109252 CCAATTACCTGCCCCCTGACACTCGGGTCTATGTGGCTGACAACTGTGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CTTTATGCCCAGGCTGAGATGTCTAATAAAGCTAGTGACCATGGCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109302 CTTTATGCCCAGGCTGAGATGTCTAATAAAGCTAGTGACCATGGCTGGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GTGTGATCAACGAGTGATGAAGTTTCACAAGTATGAGGAAGAGGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109352 GTGTGATCAACGAGTGATGAAGTTTCACAAGTATGAGGAAGAGGAAGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TAGAAACCGGAGCCAGTCAAGATTGGCTGCCTCATGTTGAGGTTCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109402 TAGAAACCGGAGCCAGTCAAGATTGGCTGCCTCATGTTGAGGTTCAGAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 TACGACTCGGACTGGACAGAGGCGCCGGCAGCTGTGGTGATTGGCGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109452 TACGACTCGGACTGGACAGAGGCGCCGGCAGCTGTGGTGATTGGCGGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GACCTACGGCGTGAGCCTGGAGTCCCTGCAGCTGGCCGAGAGCACTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109502 GACCTACGGCGTGAGCCTGGAGTCCCTGCAGCTGGCCGAGAGCACTGGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 GCAAGAGGCTGCTGATCCCCGTTGTGCCTGGTGTGGACAGCCTCAACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109552 GCAAGAGGCTGCTGATCCCCGTTGTGCCTGGTGTGGACAGCCTCAACTCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GCCATGGCGGCAAGCATCCTGCTTTTCGAAGGGAAAAGACAGCTGCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109602 GCCATGGCGGCAAGCATCCTGCTTTTCGAAGGGAAAAGACAGCTGCGGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .
   1224 GAGGGCGGAGGACTTGAGCAGGGACAGGAGTTACCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109652 GAGGGCGGAGGACTTGAGCAGGGACAGGAGTTACCAC