seq1 = pF1KE1888.tfa, 1248 bp
seq2 = pF1KE1888/gi568815589r_120805023.tfa (gi568815589r:120805023_121026075), 221053 bp

>pF1KE1888 1248
>gi568815589r:120805023_121026075 (Chr9)

(complement)

1-140  (100001-100140)   100% ->
141-228  (102284-102371)   100% ->
229-294  (111776-111841)   100% ->
295-705  (112338-112748)   100% ->
706-883  (114563-114740)   100% ->
884-1032  (116698-116846)   99% ->
1033-1248  (120838-121053)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCCAGCTCAGGCAGCAGTCCTCGCCCGGCCCCTGATGAGAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCCAGCTCAGGCAGCAGTCCTCGCCCGGCCCCTGATGAGAATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTTCCCTTTGGGTGCCCTCCCACCGTCTGCCAGGACCCAAAGGAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTTCCCTTTGGGTGCCCTCCCACCGTCTGCCAGGACCCAAAGGAGCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGCTCTCTGCTGTGCAGGCTGTCTCTCTGAGAACCCGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100101 GGGCTCTCTGCTGTGCAGGCTGTCTCTCTGAGAACCCGAGGTG...CAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATGGCGAGGATCAGATCTGCCCCAAATGCAGAGGGGAAGACCTCCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102285 AATGGCGAGGATCAGATCTGCCCCAAATGCAGAGGGGAAGACCTCCAGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TATAAGCCCAGGAAGCCGTCTTCGAACTCAGGAGAAG         GCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102335 TATAAGCCCAGGAAGCCGTCTTCGAACTCAGGAGAAGGTA...CAGGCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCCCGAGGTGGCTGAGGCTGGAATTGGGTGCCCCTTTGCAGGTGTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111780 ACCCCGAGGTGGCTGAGGCTGGAATTGGGTGCCCCTTTGCAGGTGTCGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGCTCCTTCAAG         GGAAGCCCACAGTCTGTGCAAGAGCATGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 111830 TGCTCCTTCAAGGTA...CAGGGAAGCCCACAGTCTGTGCAAGAGCATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGTCACCTCCCAGACCTCCCACCTAAACCTGCTGTTGGGGTTCATGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112367 GGTCACCTCCCAGACCTCCCACCTAAACCTGCTGTTGGGGTTCATGAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGTGGAAGGCCCGGCTGGGCTGTGGCCTGGAGTCTGGGCCCATGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112417 AGTGGAAGGCCCGGCTGGGCTGTGGCCTGGAGTCTGGGCCCATGGCCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGCAGAACCTGTCAGACCTGCAGCTGCAGGCAGCCGTGGAAGTGGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112467 GAGCAGAACCTGTCAGACCTGCAGCTGCAGGCAGCCGTGGAAGTGGCGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGACCTGGAGGTCGATTGCTACCGGGCACCCTGCTCCGAGAGCCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112517 GGACCTGGAGGTCGATTGCTACCGGGCACCCTGCTCCGAGAGCCAGGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCTGGCCCTGCAGCACTTCATGAAGGAGAAGCTTCTGGCTGAGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112567 AGCTGGCCCTGCAGCACTTCATGAAGGAGAAGCTTCTGGCTGAGCTGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGGAAGCTGCGTGTGTTTGAGAACATTGTTGCTGTCCTCAACAAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112617 GGGAAGCTGCGTGTGTTTGAGAACATTGTTGCTGTCCTCAACAAGGAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGAGGCCTCCCACCTGGCCCTGGCCACCTCTATCCACCAGAGCCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112667 GGAGGCCTCCCACCTGGCCCTGGCCACCTCTATCCACCAGAGCCAGCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACCGTGAGCGCATCCTGAGCTTGGAGCAGAGG         GTGGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112717 ACCGTGAGCGCATCCTGAGCTTGGAGCAGAGGGTG...CAGGTGGTGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTTCAGCAGACCCTGGCCCAGAAAGACCAGGCCCTGGGCAAGCTGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114572 CTTCAGCAGACCCTGGCCCAGAAAGACCAGGCCCTGGGCAAGCTGGAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GAGCTTGCGCCTCATGGAGGAGGCCTCCTTCGATGGCACTTTCCTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114622 GAGCTTGCGCCTCATGGAGGAGGCCTCCTTCGATGGCACTTTCCTGTGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGATCACCAATGTCACCAGGCGGTGCCATGAGTCGGCCTGTGGCAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114672 AGATCACCAATGTCACCAGGCGGTGCCATGAGTCGGCCTGTGGCAGGACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GTCAGCCTCTTCTCCCCAG         CCTTCTACACTGCCAAGTATGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 114722 GTCAGCCTCTTCTCCCCAGGTA...CAGCCTTCTACACTGCCAAGTATGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTACAAGTTGTGCCTGCGGCTGTACCTGAATGGAGATGGCACTGGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116720 CTACAAGTTGTGCCTGCGGCTGTACCTGAATGGAGATGGCACTGGAAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GAACCCATCTGTCGCTCTTCATCGTGATCATGAGAGGGGAGTATGATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116770 GAACCCATCTGTCGCTCTTCATCGTGATCATGAGAGGGGAGTATGATGCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CTGCTGCCGTGGCCTTTCCGGAACAAG         GTCACCTTCATGCT
        |||||||||||||| ||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 116820 CTGCTGCCGTGGCCCTTCCGGAACAAGGTA...CAGGTCACCTTCATGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCTGGACCAGAACAACCGTGAGCACGCCATTGACGCCTTCCGGCCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120852 GCTGGACCAGAACAACCGTGAGCACGCCATTGACGCCTTCCGGCCTGACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TAAGCTCAGCGTCCTTCCAGAGGCCCCAGAGTGAAACCAACGTGGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120902 TAAGCTCAGCGTCCTTCCAGAGGCCCCAGAGTGAAACCAACGTGGCCAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GGATGCCCACTCTTCTTCCCCCTCAGCAAACTGCAGTCACCCAAGCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120952 GGATGCCCACTCTTCTTCCCCCTCAGCAAACTGCAGTCACCCAAGCACGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CTACGTGAAGGACGACACAATGTTCCTCAAGTGCATTGTGGAGACCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121002 CTACGTGAAGGACGACACAATGTTCCTCAAGTGCATTGTGGAGACCAGCA

   1300 
   1247 CT
        ||
 121052 CT