seq1 = pF1KE1887.tfa, 1239 bp
seq2 = pF1KE1887/gi568815593f_148726832.tfa (gi568815593f:148726832_148928070), 201239 bp

>pF1KE1887 1239
>gi568815593f:148726832_148928070 (Chr5)

1-1239  (100001-101239)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCAACCCGGGAACGGCAGCGCCTTCTTGCTGGCACCCAATGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGCAACCCGGGAACGGCAGCGCCTTCTTGCTGGCACCCAATGGAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCATGCGCCGGACCACGACGTCACGCAGCAAAGGGACGAGGTGTGGGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 100051 CCATGCGCCGGACCACGACGTCACGCAGGAAAGGGACGAGGTGTGGGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGCATGGGCATCGTCATGTCTCTCATCGTCCTGGCCATCGTGTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGCATGGGCATCGTCATGTCTCTCATCGTCCTGGCCATCGTGTTTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATGTGCTGGTCATCACAGCCATTGCCAAGTTCGAGCGTCTGCAGACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AATGTGCTGGTCATCACAGCCATTGCCAAGTTCGAGCGTCTGCAGACGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACCAACTACTTCATCACTTCACTGGCCTGTGCTGATCTGGTCATGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACCAACTACTTCATCACTTCACTGGCCTGTGCTGATCTGGTCATGGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TAGCAGTGGTGCCCTTTGGGGCCGCCCATATTCTTATGAAAATGTGGACT
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGCAGTGGTGCCCTTTGGGGCCGCCCATATTCTTATGAAAATGTGGACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTGGCAACTTCTGGTGCGAGTTTTGGACTTCCATTGATGTGCTGTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTGGCAACTTCTGGTGCGAGTTTTGGACTTCCATTGATGTGCTGTGCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CACGGCCAGCATTGAGACCCTGTGCGTGATCGCAGTGGATCGCTACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CACGGCCAGCATTGAGACCCTGTGCGTGATCGCAGTGGATCGCTACTTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATTACTTCACCTTTCAAGTACCAGAGCCTGCTGACCAAGAATAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCATTACTTCACCTTTCAAGTACCAGAGCCTGCTGACCAAGAATAAGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGGGTGATCATTCTGATGGTGTGGATTGTGTCAGGCCTTACCTCCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGGGTGATCATTCTGATGGTGTGGATTGTGTCAGGCCTTACCTCCTTCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCCCATTCAGATGCACTGGTACAGGGCCACCCACCAGGAAGCCATCAACT
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCCCATTCAGATGCACTGGTACCGGGCCACCCACCAGGAAGCCATCAACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCTATGCCAATGAGACCTGCTGTGACTTCTTCACGAACCAAGCCTATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCTATGCCAATGAGACCTGCTGTGACTTCTTCACGAACCAAGCCTATGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATTGCCTCTTCCATCGTGTCCTTCTACGTTCCCCTGGTGATCATGGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATTGCCTCTTCCATCGTGTCCTTCTACGTTCCCCTGGTGATCATGGTCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CGTCTACTCCAGGGTCTTTCAGGAGGCCAAAAGGCAGCTCCAGAAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CGTCTACTCCAGGGTCTTTCAGGAGGCCAAAAGGCAGCTCCAGAAGATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACAAATCTGAGGGCCGCTTCCATGTCCAGAACCTTAGCCAGGTGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACAAATCTGAGGGCCGCTTCCATGTCCAGAACCTTAGCCAGGTGGAGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GATGGGCGGACGGGGCATGGACTCCGCAGATCTTCCAAGTTCTGCTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GATGGGCGGACGGGGCATGGACTCCGCAGATCTTCCAAGTTCTGCTTGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGAGCACAAAGCCCTCAAGACGTTAGGCATCATCATGGGCACTTTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGAGCACAAAGCCCTCAAGACGTTAGGCATCATCATGGGCACTTTCACCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCTGCTGGCTGCCCTTCTTCATCGTTAACATTGTGCATGTGATCCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCTGCTGGCTGCCCTTCTTCATCGTTAACATTGTGCATGTGATCCAGGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AACCTCATCCGTAAGGAAGTTTACATCCTCCTAAATTGGATAGGCTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AACCTCATCCGTAAGGAAGTTTACATCCTCCTAAATTGGATAGGCTATGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CAATTCTGGTTTCAATCCCCTTATCTACTGCCGGAGCCCAGATTTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CAATTCTGGTTTCAATCCCCTTATCTACTGCCGGAGCCCAGATTTCAGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TTGCCTTCCAGGAGCTTCTGTGCCTGCGCAGGTCTTCTTTGAAGGCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TTGCCTTCCAGGAGCTTCTGTGCCTGCGCAGGTCTTCTTTGAAGGCCTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GGCAATGGCTACTCCAGCAACGGCAACACAGGGGAGCAGAGTGGATATCA
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GGGAATGGCTACTCCAGCAACGGCAACACAGGGGAGCAGAGTGGATATCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CGTGGAACAGGAGAAAGAAAATAAACTGCTGTGTGAAGACCTCCCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CGTGGAACAGGAGAAAGAAAATAAACTGCTGTGTGAAGACCTCCCAGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CGGAAGACTTTGTGGGCCATCAAGGTACTGTGCCTAGCGATAACATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CGGAAGACTTTGTGGGCCATCAAGGTACTGTGCCTAGCGATAACATTGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1201 TCACAAGGGAGGAATTGTAGTACAAATGACTCACTGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 TCACAAGGGAGGAATTGTAGTACAAATGACTCACTGCTG