seq1 = pF1KE1882.tfa, 1203 bp
seq2 = pF1KE1882/gi568815586r_57430692.tfa (gi568815586r:57430692_57646096), 215405 bp

>pF1KE1882 1203
>gi568815586r:57430692_57646096 (Chr12)

(complement)

1-36  (99034-99069)   100% ->
37-105  (100001-100069)   100% ->
106-202  (110252-110348)   100% ->
203-264  (110552-110613)   100% ->
265-363  (110943-111041)   100% ->
364-524  (111645-111805)   100% ->
525-669  (112000-112144)   100% ->
670-735  (112794-112859)   100% ->
736-774  (113075-113113)   100% ->
775-852  (113287-113364)   100% ->
853-924  (113454-113525)   100% ->
925-1027  (113782-113884)   100% ->
1028-1119  (113991-114082)   100% ->
1120-1203  (115322-115405)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGACCCTAAATACGCCGACCTTCCCGGCATT         GCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
  99034 ATGGCGGACCCTAAATACGCCGACCTTCCCGGCATTGTG...CAGGCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAATGAGCCAGATGTTTATGAAACTAGCGACCTACCTGAGGATGATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100006 GAATGAGCCAGATGTTTATGAAACTAGCGACCTACCTGAGGATGATCAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGAGTTCGATGCG         GAGGAGCTGACAAGCACAAGTGTGGAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100056 CGGAGTTCGATGCGGTA...CAGGAGGAGCTGACAAGCACAAGTGTGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CACATCATTGTCAATCCTAATGCTGCCTATGACAAGTTCAAGGACAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110279 CACATCATTGTCAATCCTAATGCTGCCTATGACAAGTTCAAGGACAAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGTGGGGACAAAGGGACTTG         ATTTCTCAGATCGTATTGGAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 110329 AGTGGGGACAAAGGGACTTGGTG...CAGATTTCTCAGATCGTATTGGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AAACCAAGAGGACAGGATATGAATCTGGAGAATATGAGATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 110573 AAACCAAGAGGACAGGATATGAATCTGGAGAATATGAGATGGTT...TAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 CTTGGAGAGGGTCTGGGAGTGAAGGAGACACCCCAGCAAAAGTACCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110943 CTTGGAGAGGGTCTGGGAGTGAAGGAGACACCCCAGCAAAAGTACCAGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CCTACTGCATGAGGTCCAAGAGCTGACAACTGAAGTTGAAAAAATCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 110993 CCTACTGCATGAGGTCCAAGAGCTGACAACTGAAGTTGAAAAAATCAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    364         ACGACAGTGAAGGAGTCAGCCACAGAGGAGAAGCTGACCCCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111043 TA...TAGACGACAGTGAAGGAGTCAGCCACAGAGGAGAAGCTGACCCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GTGTTGCTGGCTAAACAGCTGGCAGCCCTGAAGCAGCAGCTGGTTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111687 GTGTTGCTGGCTAAACAGCTGGCAGCCCTGAAGCAGCAGCTGGTTGCTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CCACCTGGAGAAGCTGCTGGGACCAGATGCTGCAATCAACCTTACCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111737 CCACCTGGAGAAGCTGCTGGGACCAGATGCTGCAATCAACCTTACCGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCGATGGCGCCCTGGCTAA         GCGCCTACTACTGCAGCTGGAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 111787 CCGATGGCGCCCTGGCTAAGTG...TAGGCGCCTACTACTGCAGCTGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GCAACAAAGAACAGCAAAGGGGGATCAGGGGGAAAAACCACTGGGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112022 GCAACAAAGAACAGCAAAGGGGGATCAGGGGGAAAAACCACTGGGACCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCCAGATAGCAGCCTTGTCACTTATGAACTACATTCTCGGCCTGAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112072 CCCAGATAGCAGCCTTGTCACTTATGAACTACATTCTCGGCCTGAGCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACAAGTTCTCTCAAGCTGCCAAA         GTCGCAGAACTTGAAAAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 112122 ACAAGTTCTCTCAAGCTGCCAAAGTA...TAGGTCGCAGAACTTGAAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CGCCTGACAGAGCTGGAGACAGCTGTACGTTGTGATCAGGATGCTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 112812 CGCCTGACAGAGCTGGAGACAGCTGTACGTTGTGATCAGGATGCTCAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    736        AATCCCCTTTCTGCAGGTCTACAGGGAGCCTGTCTCATG    
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 112862 C...CAGAATCCCCTTTCTGCAGGTCTACAGGGAGCCTGTCTCATGGTG.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    775      GAGACTGTAGAGCTGTTGCAAGCAAAGGTGAGCGCCCTAGACCTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113118 ..CAGGAGACTGTAGAGCTGTTGCAAGCAAAGGTGAGCGCCCTAGACCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GCAGTTTTGGATCAAGTGGAGGCTCGGCTACAG         AGTGTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 113332 GCAGTTTTGGATCAAGTGGAGGCTCGGCTACAGGTA...CAGAGTGTCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GGGAAAGGTGAACGAGATTGCCAAGCATAAAGCCTCTGTAGAAGATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113462 GGGAAAGGTGAACGAGATTGCCAAGCATAAAGCCTCTGTAGAAGATGCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 ATACACAAAGCAAG         GTGCACCAGCTATATGAAACTATACAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 113512 ATACACAAAGCAAGGTC...CAGGTGCACCAGCTATATGAAACTATACAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 CGCTGGAGCCCCATTGCCTCCACCCTCCCTGAGCTGGTGCAGAGACTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113809 CGCTGGAGCCCCATTGCCTCCACCCTCCCTGAGCTGGTGCAGAGACTTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 CACCATCAAGCAGCTGCACGAGCAAG         CCATGCAGTTTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 113859 CACCATCAAGCAGCTGCACGAGCAAGGTG...TAGCCATGCAGTTTGGTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 AGCTCCTGACACACTTGGATACCACCCAGCAGATGATTGCTAATTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114006 AGCTCCTGACACACTTGGATACCACCCAGCAGATGATTGCTAATTCCTTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 AAGGACAATACCACCCTCTTGACCCAG         GTGCAGACAACCAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 114056 AAGGACAATACCACCCTCTTGACCCAGGTG...TAGGTGCAGACAACCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 GCGTGAAAACCTGGCCACAGTTGAGGGGAACTTTGCCAGCATTGATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115336 GCGTGAAAACCTGGCCACAGTTGAGGGGAACTTTGCCAGCATTGATGAAC

   1300     .    :    .    :
   1184 GGATGAAGAAGCTGGGAAAG
        ||||||||||||||||||||
 115386 GGATGAAGAAGCTGGGAAAG