seq1 = pF1KE1881.tfa, 1218 bp
seq2 = pF1KE1881/gi568815593f_79015765.tfa (gi568815593f:79015765_79231113), 215349 bp

>pF1KE1881 1218
>gi568815593f:79015765_79231113 (Chr5)

1-33  (96122-96154)   100% ->
34-166  (100003-100135)   100% ->
167-285  (103495-103613)   100% ->
286-477  (104586-104777)   100% ->
478-625  (105454-105601)   100% ->
626-808  (110282-110464)   100% ->
809-1037  (111991-112219)   100% ->
1038-1218  (115169-115349)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCACCCGTTGGGGGCAAAAAGGCCAAGAAG         GGCATCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  96122 ATGCCACCCGTTGGGGGCAAAAAGGCCAAGAAGGTG...TAGGGCATCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGAACGTTTAAATGCTGGAGAGATTGTGATTGGAGATGGAGGGTTTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100011 AGAACGTTTAAATGCTGGAGAGATTGTGATTGGAGATGGAGGGTTTGTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGCACTGGAGAAGAGGGGCTACGTAAAGGCAGGACCCTGGACTCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100061 TTGCACTGGAGAAGAGGGGCTACGTAAAGGCAGGACCCTGGACTCCTGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTGCTGTGGAGCACCCAGAAGCAG         TTCGCCAGCTTCATCG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100111 GCTGCTGTGGAGCACCCAGAAGCAGGTT...CAGTTCGCCAGCTTCATCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGAGTTCCTCAGAGCTGGCTCAAACGTCATGCAGACCTTCACCTTCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103511 AGAGTTCCTCAGAGCTGGCTCAAACGTCATGCAGACCTTCACCTTCTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CGAGTGAAGACAAGCTGGAGAACAGGGGCAACTATGTCTTAGAGAAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103561 CGAGTGAAGACAAGCTGGAGAACAGGGGCAACTATGTCTTAGAGAAGATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCT         GGGCAGGAAGTCAATGAAGCTGCTTGCGACATCGCCCG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103611 TCTGTG...TAGGGGCAGGAAGTCAATGAAGCTGCTTGCGACATCGCCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACAAGTGGCTGATGAAGGAGATGCTTTGGTAGCAGGAGGAGTGAGTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104624 ACAAGTGGCTGATGAAGGAGATGCTTTGGTAGCAGGAGGAGTGAGTCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CACCTTCATACCTTAGCTGCAAGAGTGAAACTGAAGTCAAAAAAGTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104674 CACCTTCATACCTTAGCTGCAAGAGTGAAACTGAAGTCAAAAAAGTATTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGCAACAGTTAGAGGTCTTTATGAAGAAGAACGTGGACTTCTTGATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104724 CTGCAACAGTTAGAGGTCTTTATGAAGAAGAACGTGGACTTCTTGATTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGAG         TATTTTGAACACGTTGAAGAAGCTGTGTGGGCAGTTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104774 AGAGGTA...CAGTATTTTGAACACGTTGAAGAAGCTGTGTGGGCAGTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAACCTTGATAGCATCCGGTAAACCTGTGGCAGCAACCATGTGCATTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105491 AAACCTTGATAGCATCCGGTAAACCTGTGGCAGCAACCATGTGCATTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCAGAAGGAGATTTGCATGGCGTGCCCCCCGGCGAGTGTGCAGTGCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105541 CCAGAAGGAGATTTGCATGGCGTGCCCCCCGGCGAGTGTGCAGTGCGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGTGAAAGCAG         GAGCATCCATCATTGGTGTGAACTGCCACT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 105591 GGTGAAAGCAGGTG...CAGGAGCATCCATCATTGGTGTGAACTGCCACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTGACCCCACCATTAGTTTAAAAACAGTGAAGCTCATGAAGGAGGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110312 TTGACCCCACCATTAGTTTAAAAACAGTGAAGCTCATGAAGGAGGGCTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGGCTGCCCGACTGAAAGCTCACCTGATGAGCCAGCCCTTGGCTTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110362 GAGGCTGCCCGACTGAAAGCTCACCTGATGAGCCAGCCCTTGGCTTACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CACTCCTGACTGCAACAAGCAGGGATTCATCGATCTCCCAGAATTCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110412 CACTCCTGACTGCAACAAGCAGGGATTCATCGATCTCCCAGAATTCCCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTG         GACTGGAACCCAGAGTTGCCACCAGATGGGATATTCAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110462 TTGGTA...CAGGACTGGAACCCAGAGTTGCCACCAGATGGGATATTCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAATACGCCAGAGAGGCCTACAACCTGGGGGTCAGGTACATTGGCGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112029 AAATACGCCAGAGAGGCCTACAACCTGGGGGTCAGGTACATTGGCGGGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTGTGGATTTGAGCCCTACCACATCAGGGCAATTGCAGAGGAGCTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112079 CTGTGGATTTGAGCCCTACCACATCAGGGCAATTGCAGAGGAGCTGGCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CAGAAAGGGGCTTTTTGCCACCAGCTTCAGAAAAACATGGCAGCTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112129 CAGAAAGGGGCTTTTTGCCACCAGCTTCAGAAAAACATGGCAGCTGGGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AGTGGTTTGGACATGCACACCAAACCCTGGGTTAGAGCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 112179 AGTGGTTTGGACATGCACACCAAACCCTGGGTTAGAGCAAGGTA...CAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGCCAGGAAGGAATACTGGGAGAATCTTCGGATAGCCTCAGGCCGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115169 GGCCAGGAAGGAATACTGGGAGAATCTTCGGATAGCCTCAGGCCGGCCAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACAACCCTTCAATGTCAAAGCCAGATGGCTGGGGAGTGACCAAAGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115219 ACAACCCTTCAATGTCAAAGCCAGATGGCTGGGGAGTGACCAAAGGAACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GCCGAGCTGATGCAGCAGAAAGAAGCCACAACTGAGCAGCAGCTGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115269 GCCGAGCTGATGCAGCAGAAAGAAGCCACAACTGAGCAGCAGCTGAAAGA

   1250     .    :    .    :    .    :
   1188 GCTCTTTGAAAAACAAAAATTCAAATCACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 115319 GCTCTTTGAAAAACAAAAATTCAAATCACAG