seq1 = pF1KE1880.tfa, 1218 bp
seq2 = pF1KE1880/gi568815582f_71956159.tfa (gi568815582f:71956159_72160887), 204729 bp

>pF1KE1880 1218
>gi568815582f:71956159_72160887 (Chr16)

1-88  (99997-100085)   97% ->
89-190  (100372-100473)   100% ->
191-265  (101234-101308)   100% ->
266-367  (102096-102197)   100% ->
368-442  (102956-103030)   100% ->
443-1218  (103954-104729)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATG AGTGCCCTGGGAGCTGTCATTGCCCTCCTGCTCTGGGGACAGCTTT
         ||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 CTGCAGTGCCCTGGGAGCTGTCATTGCCCTCCTGCTCTGGGGACAGCTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 TTGCAGTGGACTCAGGCAATGATGTCACGGATATCGCAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100047 TTGCAGTGGACTCAGGCAATGATGTCACGGATATCGCAGGTC...CAGAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     91 GACGGCTGCCCGAAGCCCCCCGAGATTGCACATGGCTATGTGGAGCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100374 GACGGCTGCCCGAAGCCCCCCGAGATTGCACATGGCTATGTGGAGCACTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141 GGTTCGCTACCAGTGTAAGAACTACTACAAACTGCGCACAGAAGGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100424 GGTTCGCTACCAGTGTAAGAACTACTACAAACTGCGCACAGAAGGAGATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191          GAGTATACACCTTAAATGATAAGAAGCAGTGGATAAATAAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100474 GTA...CAGGAGTATACACCTTAAATGATAAGAAGCAGTGGATAAATAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232 GCTGTTGGAGATAAACTTCCTGAATGTGAAGCAG         ATGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101275 GCTGTTGGAGATAAACTTCCTGAATGTGAAGCAGGTG...CAGATGACGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    273 CTGCCCGAAGCCCCCCGAGATTGCACATGGCTATGTGGAGCACTCGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102103 CTGCCCGAAGCCCCCCGAGATTGCACATGGCTATGTGGAGCACTCGGTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    323 GCTACCAGTGTAAGAACTACTACAAACTGCGCACAGAAGGAGATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102153 GCTACCAGTGTAAGAACTACTACAAACTGCGCACAGAAGGAGATGGTA..

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    368     GAGTGTACACCTTAAACAATGAGAAGCAGTGGATAAATAAGGCTGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102203 .CAGGAGTGTACACCTTAAACAATGAGAAGCAGTGGATAAATAAGGCTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    414 TGGAGATAAACTTCCTGAATGTGAAGCAG         TATGTGGGAAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103002 TGGAGATAAACTTCCTGAATGTGAAGCAGGTG...CAGTATGTGGGAAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    455 CCAAGAATCCGGCAAACCCAGTGCAGCGGATCCTGGGTGGACACCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103966 CCAAGAATCCGGCAAACCCAGTGCAGCGGATCCTGGGTGGACACCTGGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    505 GCCAAAGGCAGCTTTCCCTGGCAGGCTAAGATGGTTTCCCACCATAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104016 GCCAAAGGCAGCTTTCCCTGGCAGGCTAAGATGGTTTCCCACCATAATCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    555 CACCACAGGTGCCACGCTGATCAATGAACAATGGCTGCTGACCACGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104066 CACCACAGGTGCCACGCTGATCAATGAACAATGGCTGCTGACCACGGCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    605 AAAATCTCTTCCTGAACCATTCAGAAAATGCAACAGCGAAAGACATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104116 AAAATCTCTTCCTGAACCATTCAGAAAATGCAACAGCGAAAGACATTGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    655 CCTACTTTAACACTCTATGTGGGGAAAAAGCAGCTTGTAGAGATTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104166 CCTACTTTAACACTCTATGTGGGGAAAAAGCAGCTTGTAGAGATTGAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705 GGTTGTTCTACACCCTAACTACTCCCAGGTAGATATTGGGCTCATCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104216 GGTTGTTCTACACCCTAACTACTCCCAGGTAGATATTGGGCTCATCAAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    755 TCAAACAGAAGGTGTCTGTTAATGAGAGAGTGATGCCCATCTGCCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104266 TCAAACAGAAGGTGTCTGTTAATGAGAGAGTGATGCCCATCTGCCTACCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    805 TCAAAGGATTATGCAGAAGTAGGGCGTGTGGGTTATGTTTCTGGCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104316 TCAAAGGATTATGCAGAAGTAGGGCGTGTGGGTTATGTTTCTGGCTGGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    855 GCGAAATGCCAATTTTAAATTTACTGACCATCTGAAGTATGTCATGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104366 GCGAAATGCCAATTTTAAATTTACTGACCATCTGAAGTATGTCATGCTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    905 CTGTGGCTGACCAAGACCAATGCATAAGGCATTATGAAGGCAGCACAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104416 CTGTGGCTGACCAAGACCAATGCATAAGGCATTATGAAGGCAGCACAGTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    955 CCCGAAAAGAAGACACCGAAGAGCCCTGTAGGGGTGCAGCCCATACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104466 CCCGAAAAGAAGACACCGAAGAGCCCTGTAGGGGTGCAGCCCATACTGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1005 TGAACACACCTTCTGTGCTGGCATGTCTAAGTACCAAGAAGACACCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104516 TGAACACACCTTCTGTGCTGGCATGTCTAAGTACCAAGAAGACACCTGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1055 ATGGCGATGCGGGCAGTGCCTTTGCCGTTCACGACCTGGAGGAGGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104566 ATGGCGATGCGGGCAGTGCCTTTGCCGTTCACGACCTGGAGGAGGACACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1105 TGGTATGCGACTGGGATCTTAAGCTTTGATAAGAGCTGTGCTGTGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104616 TGGTATGCGACTGGGATCTTAAGCTTTGATAAGAGCTGTGCTGTGGCTGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1155 GTATGGTGTGTATGTGAAGGTGACTTCCATCCAGGACTGGGTTCAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104666 GTATGGTGTGTATGTGAAGGTGACTTCCATCCAGGACTGGGTTCAGAAGA

   1250     .    :
   1205 CCATAGCTGAGAAC
        ||||||||||||||
 104716 CCATAGCTGAGAAC