seq1 = pF1KE1879.tfa, 1212 bp
seq2 = pF1KE1879/gi568815590r_94781635.tfa (gi568815590r:94781635_94994121), 212487 bp

>pF1KE1879 1212
>gi568815590r:94781635_94994121 (Chr8)

(complement)

4-111  (99994-100099)   96% ->
112-165  (100178-100231)   100% ->
166-317  (101153-101304)   100% ->
318-453  (103572-103707)   100% ->
454-600  (106049-106195)   100% ->
601-696  (108564-108659)   100% ->
697-831  (108921-109055)   100% ->
832-943  (111230-111341)   100% ->
944-1101  (111833-111990)   100% ->
1102-1212  (112377-112487)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      4 TCAAGACGAAGTAGCCGTTTACAAGCTAAGCAGCAGCCCCAGCCCAGCCA
        |||  ||-|-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99994 TCACTAC A GTAGCCGTTTACAAGCTAAGCAGCAGCCCCAGCCCAGCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     54 GACGGAATCCCCCCAAGAAGCCCAGATAATCCAGGCCAAGAAGAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100042 GACGGAATCCCCCCAAGAAGCCCAGATAATCCAGGCCAAGAAGAGGAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    104 CTACCCAG         GATGTCAAAAAAAGAAGAGAGGAGGTCACCAAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100092 CTACCCAGGTG...CAGGATGTCAAAAAAAGAAGAGAGGAGGTCACCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    145 AAACATCAGTATGAAATTAGG         AATTGTTGGCCACCTGTATT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100211 AAACATCAGTATGAAATTAGGGTA...CAGAATTGTTGGCCACCTGTATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    186 ATCTGGGGGGATCAGTCCTTGCATTATCATTGAAACACCTCACAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101173 ATCTGGGGGGATCAGTCCTTGCATTATCATTGAAACACCTCACAAAGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    236 TAGGAACAAGTGATTTCTCCAGATTTACAAATTACAGATTTAAAAATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101223 TAGGAACAAGTGATTTCTCCAGATTTACAAATTACAGATTTAAAAATCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    286 TTTATTAATCCTTCACCTTTGCCTGATTTAAG         CTGGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101273 TTTATTAATCCTTCACCTTTGCCTGATTTAAGGTA...TAGCTGGGGATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    327 TTCAAAAGAAGTCTGGCTAAACATGTTAAAAAAGGAGAGCAGATATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103581 TTCAAAAGAAGTCTGGCTAAACATGTTAAAAAAGGAGAGCAGATATGTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    377 ATGACAAACATTTTGAAGTTCTGCATTCTGACTTGGAACCACAGATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103631 ATGACAAACATTTTGAAGTTCTGCATTCTGACTTGGAACCACAGATGAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    427 TCCATACTTCTAGACTGGCTTTTAGAG         GTATGTGAAGTATA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103681 TCCATACTTCTAGACTGGCTTTTAGAGGTA...TAGGTATGTGAAGTATA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    468 CACACTTCATAGGGAAACATTTTATCTTGCACAAGACTTTTTTGATAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106063 CACACTTCATAGGGAAACATTTTATCTTGCACAAGACTTTTTTGATAGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    518 TTATGTTGACACAAAAGGATATAAATAAAAATATGCTTCAACTCATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106113 TTATGTTGACACAAAAGGATATAAATAAAAATATGCTTCAACTCATTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    568 ATTACCTCATTATTCATTGCTTCCAAACTTGAG         GAAATCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 106163 ATTACCTCATTATTCATTGCTTCCAAACTTGAGGTA...AAGGAAATCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    609 TGCTCCTAAACTCCAAGAGTTTGCTTACGTCACTGATGGTGCTTGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108572 TGCTCCTAAACTCCAAGAGTTTGCTTACGTCACTGATGGTGCTTGCAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    659 AAGAGGATATCTTAAGGATGGAACTCATTATATTAAAG         GCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 108622 AAGAGGATATCTTAAGGATGGAACTCATTATATTAAAGGTA...TAGGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700 TTAAAATGGGAACTTTGTCCTGTAACAATCATCTCCTGGCTAAATCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108924 TTAAAATGGGAACTTTGTCCTGTAACAATCATCTCCTGGCTAAATCTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    750 TCTCCAAGTTGATGCTCTTAAAGATGCTCCTAAAGTTCTTCTACCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108974 TCTCCAAGTTGATGCTCTTAAAGATGCTCCTAAAGTTCTTCTACCTCAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    800 ATTCTCAGGAAACATTCATTCAAATAGCTCAG         CTTTTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 109024 ATTCTCAGGAAACATTCATTCAAATAGCTCAGGTA...TAGCTTTTAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    841 CTGTGTATTCTAGCCATTGATTCATTAGAGTTCCAGTACAGAATACTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111239 CTGTGTATTCTAGCCATTGATTCATTAGAGTTCCAGTACAGAATACTGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    891 TGCTGCTGCCTTGTGCCATTTTACCTCCATTGAAGTGGTTAAGAAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111289 TGCTGCTGCCTTGTGCCATTTTACCTCCATTGAAGTGGTTAAGAAAGCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    941 CAG         GTTTGGAGTGGGACAGTATTTCAGAATGTGTAGATTGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111339 CAGGTA...TAGGTTTGGAGTGGGACAGTATTTCAGAATGTGTAGATTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    982 ATGGTACCTTTTGTCAATGTAGTAAAAAGTACTAGTCCAGTGAAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111871 ATGGTACCTTTTGTCAATGTAGTAAAAAGTACTAGTCCAGTGAAGCTGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1032 GACTTTTAAGAAGATTCCTATGGAAGACAGACATAATATCCAGACACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111921 GACTTTTAAGAAGATTCCTATGGAAGACAGACATAATATCCAGACACATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1082 CAAACTATTTGGCTATGCTG         GAGGAAGTAAATTACATAAAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 111971 CAAACTATTTGGCTATGCTGGTA...TAGGAGGAAGTAAATTACATAAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1123 ACCTTCAGAAAAGGGGGACAGTTGTCACCAGTGTGCAATGGAGGCATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112398 ACCTTCAGAAAAGGGGGACAGTTGTCACCAGTGTGCAATGGAGGCATTAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :
   1173 GACACCACCGAAGAGCACTGAAAAACCACCAGGAAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112448 GACACCACCGAAGAGCACTGAAAAACCACCAGGAAAACAC