seq1 = pF1KE1878.tfa, 1194 bp
seq2 = pF1KE1878/gi568815596f_101908576.tfa (gi568815596f:101908576_102128389), 219814 bp

>pF1KE1878 1194
>gi568815596f:101908576_102128389 (Chr2)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-332  (100987-101251)   100% ->
333-513  (107296-107476)   100% ->
514-688  (111063-111237)   100% ->
689-751  (113612-113674)   100% ->
752-887  (115958-116093)   100% ->
888-1030  (117536-117678)   100% ->
1031-1194  (119651-119814)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGCGCTTGTACGTGTTGGTAATGGGAGTTTCTGCCTTCACCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTGCGCTTGTACGTGTTGGTAATGGGAGTTTCTGCCTTCACCCTTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCTGCGGCACACACAG         GGGCTGCCAGAAGCTGCCGGTTTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCTGCGGCACACACAGGTT...CAGGGGCTGCCAGAAGCTGCCGGTTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGGGAGGCATTACAAGCGGGAGTTCAGGCTGGAAGGGGAGCCTGTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101011 GTGGGAGGCATTACAAGCGGGAGTTCAGGCTGGAAGGGGAGCCTGTAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGAGGTGCCCCCAGGTGCCCTACTGGTTGTGGGCCTCTGTCAGCCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101061 CTGAGGTGCCCCCAGGTGCCCTACTGGTTGTGGGCCTCTGTCAGCCCCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATCAACCTGACATGGCATAAAAATGACTCTGCTAGGACGGTCCCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101111 CATCAACCTGACATGGCATAAAAATGACTCTGCTAGGACGGTCCCAGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGAAGAGACACGGATGTGGGCCCAGGACGGTGCTCTGTGGCTTCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101161 AAGAAGAGACACGGATGTGGGCCCAGGACGGTGCTCTGTGGCTTCTGCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCTTGCAGGAGGACTCTGGCACCTACGTCTGCACTACTAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101211 GCCTTGCAGGAGGACTCTGGCACCTACGTCTGCACTACTAGGTA...CAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAATGCTTCTTACTGTGACAAAATGTCCATTGAGCTCAGAGTTTTTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107296 AAATGCTTCTTACTGTGACAAAATGTCCATTGAGCTCAGAGTTTTTGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATACAGATGCTTTCCTGCCGTTCATCTCATACCCGCAAATTTTAACCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107346 ATACAGATGCTTTCCTGCCGTTCATCTCATACCCGCAAATTTTAACCTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCAACCTCTGGGGTATTAGTATGCCCTGACCTGAGTGAATTCACCCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107396 TCAACCTCTGGGGTATTAGTATGCCCTGACCTGAGTGAATTCACCCGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAAAACTGACGTGAAGATTCAATGGTACAAG         GATTCTCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 107446 CAAAACTGACGTGAAGATTCAATGGTACAAGGTA...AAGGATTCTCTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTTTGGATAAAGACAATGAGAAATTTCTAAGTGTGAGGGGGACCACTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111073 TTTTGGATAAAGACAATGAGAAATTTCTAAGTGTGAGGGGGACCACTCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTACTCGTACACGATGTGGCCCTGGAAGATGCTGGCTATTACCGCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111123 TTACTCGTACACGATGTGGCCCTGGAAGATGCTGGCTATTACCGCTGTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCTGACATTTGCCCATGAAGGCCAGCAATACAACATCACTAGGAGTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111173 CCTGACATTTGCCCATGAAGGCCAGCAATACAACATCACTAGGAGTATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGCTACGCATCAAGA         AAAAAAAAGAAGAGACCATTCCTGTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 111223 AGCTACGCATCAAGAGTA...CAGAAAAAAAAGAAGAGACCATTCCTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATCATTTCCCCCCTCAAGACCATATCAGCTTCTCTGG         GGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 113638 ATCATTTCCCCCCTCAAGACCATATCAGCTTCTCTGGGTA...CAGGGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAGACTGACAATCCCGTGTAAGGTGTTTCTGGGAACCGGCACACCCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115962 AAGACTGACAATCCCGTGTAAGGTGTTTCTGGGAACCGGCACACCCTTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCACCATGCTGTGGTGGACGGCCAATGACACCCACATAGAGAGCGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116012 CCACCATGCTGTGGTGGACGGCCAATGACACCCACATAGAGAGCGCCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCGGGAGGCCGCGTGACCGAGGGGCCACGCCA         GGAATATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 116062 CCGGGAGGCCGCGTGACCGAGGGGCCACGCCAGTA...CAGGGAATATTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGAAAATAATGAGAACTACATTGAAGTGCCATTGATTTTTGATCCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117545 AGAAAATAATGAGAACTACATTGAAGTGCCATTGATTTTTGATCCTGTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CAAGAGAGGATTTGCACATGGATTTTAAATGTGTTGTCCATAATACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117595 CAAGAGAGGATTTGCACATGGATTTTAAATGTGTTGTCCATAATACCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AGTTTTCAGACACTACGCACCACAGTCAAGGAAG         CCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 117645 AGTTTTCAGACACTACGCACCACAGTCAAGGAAGGTA...CAGCCTCCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CACGTTCTCCTGGGGCATTGTGCTGGCCCCACTTTCACTGGCCTTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119658 CACGTTCTCCTGGGGCATTGTGCTGGCCCCACTTTCACTGGCCTTCTTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TTTTGGGGGGAATATGGATGCACAGACGGTGCAAACACAGAACTGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119708 TTTTGGGGGGAATATGGATGCACAGACGGTGCAAACACAGAACTGGAAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GCAGATGGTCTGACTGTGCTATGGCCTCATCATCAAGACTTTCAATCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119758 GCAGATGGTCTGACTGTGCTATGGCCTCATCATCAAGACTTTCAATCCTA

   1250     .
   1188 TCCCAAG
        |||||||
 119808 TCCCAAG