seq1 = pF1KE1876.tfa, 1194 bp
seq2 = pF1KE1876/gi568815597f_155486662.tfa (gi568815597f:155486662_155838239), 351578 bp

>pF1KE1876 1194
>gi568815597f:155486662_155838239 (Chr1)

1-45  (223119-223163)   100% ->
46-168  (230345-230467)   100% ->
169-270  (234856-234957)   100% ->
271-379  (238721-238829)   100% ->
380-472  (239266-239358)   100% ->
473-603  (240947-241077)   100% ->
604-684  (242381-242461)   100% ->
685-843  (242547-242705)   100% ->
844-903  (244695-244754)   100% ->
904-993  (245283-245372)   100% ->
994-1111  (250285-250402)   100% ->
1112-1194  (251496-251578)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGCTGAAAGGAATAACAAGGCTTATCTCTAGGATCCATAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 223119 ATGATGCTGAAAGGAATAACAAGGCTTATCTCTAGGATCCATAAGGTG..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     TTGGACCCTGGGCGTTTTTTACACATGGGGACCCAGGCTCGCCAAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223169 .TAGTTGGACCCTGGGCGTTTTTTACACATGGGGACCCAGGCTCGCCAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCATTGCTGCTCACCTAGATAACCAGGTTCCAGTTGAGAGTCCGAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230391 GCATTGCTGCTCACCTAGATAACCAGGTTCCAGTTGAGAGTCCGAGAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTTCCCGCACCAATGAGAATGACCCG         GCCAAGCATGGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 230441 ATTTCCCGCACCAATGAGAATGACCCGGTG...TAGGCCAAGCATGGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCAGCACGAGGGTCAGCACTACAACATCTCCCCCCAGGATTTGGAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234870 TCAGCACGAGGGTCAGCACTACAACATCTCCCCCCAGGATTTGGAGACTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TATTTCCCCATGGCCTTCCTCCTCGCTTTGTGATGCAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 234920 TATTTCCCCATGGCCTTCCTCCTCGCTTTGTGATGCAGGTG...CAGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGACATTCAGTGAAGCTTGCCTGATGGTAAGGAAACCAGCCCTAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238724 AAGACATTCAGTGAAGCTTGCCTGATGGTAAGGAAACCAGCCCTAGAACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCTGCATTACCTGAAAAACACCAGTTTTGCTTATCCAGCTATACGATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238774 TCTGCATTACCTGAAAAACACCAGTTTTGCTTATCCAGCTATACGATATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTCTGT         ATGGAGAGAAGGGAACAGGAAAAACCCTAAGTCTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238824 TTCTGTGTA...TAGATGGAGAGAAGGGAACAGGAAAAACCCTAAGTCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TGCCATGTTATTCATTTCTGTGCAAAACAGGACTGGCTGATACTACATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239301 TGCCATGTTATTCATTTCTGTGCAAAACAGGACTGGCTGATACTACATAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCCAGATG         CTCATCTTTGGGTGAAAAATTGTCGGGATCTTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 239351 TCCAGATGGTA...AAGCTCATCTTTGGGTGAAAAATTGTCGGGATCTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGCAGTCCAGCTACAACAAACAGCGCTTTGATCAACCTTTAGAGGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240980 TGCAGTCCAGCTACAACAAACAGCGCTTTGATCAACCTTTAGAGGCTTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACCTGGCTGAAGAATTTCAAAACTACAAATGAGCGCTTCCTGAACCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 241030 ACCTGGCTGAAGAATTTCAAAACTACAAATGAGCGCTTCCTGAACCAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    604        ATAAAAGTTCAAGAGAAGTATGTCTGGAATAAGAGAGAAAGCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241080 G...TAGATAAAAGTTCAAGAGAAGTATGTCTGGAATAAGAGAGAAAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTGAGAAAGGGAGTCCTCTGGGAGAAGTGGTTGAACAG         GGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 242424 CTGAGAAAGGGAGTCCTCTGGGAGAAGTGGTTGAACAGGTA...TAGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ATAACACGGGTGAGGAACGCCACAGATGCAGTTGGAATTGTGCTGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242550 ATAACACGGGTGAGGAACGCCACAGATGCAGTTGGAATTGTGCTGAAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GCTAAAGAGGCAAAGTTCTTTGGGTATGTTTCACCTCCTAGTGGCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242600 GCTAAAGAGGCAAAGTTCTTTGGGTATGTTTCACCTCCTAGTGGCCGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATGGAATCAATGCTCTTTGGGGAAGAACCACTCTGAAAAGAGAAGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242650 ATGGAATCAATGCTCTTTGGGGAAGAACCACTCTGAAAAGAGAAGATAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AGCCCG         ATTGCCCCCGAGGAATTAGCACTTGTTCACAACTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242700 AGCCCGGTA...CAGATTGCCCCCGAGGAATTAGCACTTGTTCACAACTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GAGGAAAATGATGAAAAATGATTGG         CATGGAGGCGCCATTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 244730 GAGGAAAATGATGAAAAATGATTGGGTA...CAGCATGGAGGCGCCATTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGTCGGCTTTGAGCCAGACTGGGTCTCTCTTTAAGCCCCGGAAAGCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245299 TGTCGGCTTTGAGCCAGACTGGGTCTCTCTTTAAGCCCCGGAAAGCCTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CTGCCCCAGGAGTTGCTGGGAAAG         GAAGGATTTGATGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 245349 CTGCCCCAGGAGTTGCTGGGAAAGGTC...CAGGAAGGATTTGATGCCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GGATCCCTTTATTCCCATCCTGGTTTCCAACTATAACCCAAAGGAATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250302 GGATCCCTTTATTCCCATCCTGGTTTCCAACTATAACCCAAAGGAATTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AAAGTTGTATTCAGTATTATTTGGAAAACAATTGGCTTCAACATGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250352 AAAGTTGTATTCAGTATTATTTGGAAAACAATTGGCTTCAACATGAGAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 G         CTCCTACAGAAGAAGGGAAAAAAGAGCTGCTGTTCCTAAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250402 GGTC...TAGCTCCTACAGAAGAAGGGAAAAAAGAGCTGCTGTTCCTAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TAACGCGAACCCCTCGCTGCTGGAGCGGCACTGTGCCTACCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251536 TAACGCGAACCCCTCGCTGCTGGAGCGGCACTGTGCCTACCTC