seq1 = pF1KE1873.tfa, 1182 bp
seq2 = pF1KE1873/gi568815586f_3391626.tfa (gi568815586f:3391626_3693179), 301554 bp

>pF1KE1873 1182
>gi568815586f:3391626_3693179 (Chr12)

1-75  (100001-100075)   100% ->
76-261  (148981-149166)   100% ->
262-417  (158311-158466)   100% ->
418-481  (162026-162089)   100% ->
482-624  (177081-177223)   100% ->
625-712  (177852-177939)   100% ->
713-828  (185246-185361)   100% ->
829-979  (191433-191583)   100% ->
980-1101  (200606-200727)   100% ->
1102-1182  (201474-201554)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCATGAAACACTCCTCCCGCTGCCTGCTCCTGAGGAGGAAAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCATGAAACACTCCTCCCGCTGCCTGCTCCTGAGGAGGAAAATGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGAACGCGGCCGAGAGCACCGAG         GTGAACAGCCCCCCCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100051 GGAGAACGCGGCCGAGAGCACCGAGGTA...CAGGTGAACAGCCCCCCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCAGCCCCCCCAGCCCGTCGTCCCTGCTAAGCCCGTGCAATGCGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148997 CCCAGCCCCCCCAGCCCGTCGTCCCTGCTAAGCCCGTGCAATGCGTCCAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATGTGTCCACTCAACCCAGCTGCCCAGGACGGGGCAAGATGTCCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149047 CATGTGTCCACTCAACCCAGCTGCCCAGGACGGGGCAAGATGTCCAAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTGAACCCAGAGGAGATGACCTCGAGAGATTATTACTTCGACTCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149097 GCTGAACCCAGAGGAGATGACCTCGAGAGATTATTACTTCGACTCCTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCACTTTGGGATCCACGAG         GAAATGCTGAAGGATGAGGTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 149147 CCCACTTTGGGATCCACGAGGTA...CAGGAAATGCTGAAGGATGAGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGGACTCTCACTTACCGGAACTCCATGTACCACAACAAGCACGTGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158332 CGGACTCTCACTTACCGGAACTCCATGTACCACAACAAGCACGTGTTCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGACAAAGTGGTACTGGATGTGGGGAGTGGTACTGGGATCCTTTCCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158382 GGACAAAGTGGTACTGGATGTGGGGAGTGGTACTGGGATCCTTTCCATGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCGCTGCCAAGGCAGGGGCCAAGAAGGTGTTTGGG         ATCGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 158432 TCGCTGCCAAGGCAGGGGCCAAGAAGGTGTTTGGGGTG...CAGATCGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGCTCCAGTATTTCTGACTACTCAGAGAAGATCATTAAGGCCAACCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162032 TGCTCCAGTATTTCTGACTACTCAGAGAAGATCATTAAGGCCAACCACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGACAACA         TCATCACCATATTTAAGGGTAAAGTGGAAGAGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 162082 GGACAACAGTA...CAGTCATCACCATATTTAAGGGTAAAGTGGAAGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGAGCTGCCTGTGGAGAAGGTGGACATCATCATCAGCGAGTGGATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177114 TGGAGCTGCCTGTGGAGAAGGTGGACATCATCATCAGCGAGTGGATGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TACTGTCTGTTCTATGAGTCCATGCTCAACACGGTGATCTTTGCCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177164 TACTGTCTGTTCTATGAGTCCATGCTCAACACGGTGATCTTTGCCAGGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAAGTGGCTG         AAACCTGGAGGGCTTATGTTTCCAGACCGGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 177214 CAAGTGGCTGGTA...CAGAAACCTGGAGGGCTTATGTTTCCAGACCGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGCTTTGTACGTGGTAGCGATTGAAGACAGACAGTACAAGGACTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177883 CAGCTTTGTACGTGGTAGCGATTGAAGACAGACAGTACAAGGACTTCAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATCCACT         GGTGGGAGAATGTCTATGGCTTTGACATGACCTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177933 ATCCACTGTA...CAGGGTGGGAGAATGTCTATGGCTTTGACATGACCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CATCCGGGACGTGGCCATGAAGGAGCCTCTAGTGGACATCGTGGATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185280 CATCCGGGACGTGGCCATGAAGGAGCCTCTAGTGGACATCGTGGATCCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGCAAGTGGTGACCAATGCCTGTTTGATAAAG         GAGGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 185330 AGCAAGTGGTGACCAATGCCTGTTTGATAAAGGTC...CAGGAGGTGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATTTACACAGTGAAGACGGAAGAGCTATCGTTCACATCTGCATTCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191442 ATTTACACAGTGAAGACGGAAGAGCTATCGTTCACATCTGCATTCTGCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCAGATACAGCGCAACGACTACGTCCACGCCCTGGTCACCTATTTTAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191492 GCAGATACAGCGCAACGACTACGTCCACGCCCTGGTCACCTATTTTAATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTGAATTTACCAAGTGCCACAAGAAAATGGGGTTTTCCACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 191542 TTGAATTTACCAAGTGCCACAAGAAAATGGGGTTTTCCACAGGTG...CA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    980  CCCCTGATGCTCCCTACACCCACTGGAAGCAGACCGTCTTCTACTTGGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200605 GCCCCTGATGCTCCCTACACCCACTGGAAGCAGACCGTCTTCTACTTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGATTACCTCACTGTCCGGAGGGGGGAGGAAATCTACGGGACCATATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200655 AGATTACCTCACTGTCCGGAGGGGGGAGGAAATCTACGGGACCATATCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGAAGCCAAATGCCAAAAATGTG         CGAGACCTCGATTTCACA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 200705 TGAAGCCAAATGCCAAAAATGTGGTA...CAGCGAGACCTCGATTTCACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GTAGACTTGGATTTTAAGGGACAGCTGTGTGAAACATCTGTATCTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201492 GTAGACTTGGATTTTAAGGGACAGCTGTGTGAAACATCTGTATCTAATGA

   1250     .    :
   1170 CTACAAAATGCGT
        |||||||||||||
 201542 CTACAAAATGCGT