seq1 = pF1KE1867.tfa, 870 bp
seq2 = pF1KE1867/gi568815597f_158253989.tfa (gi568815597f:158253989_158456567), 202579 bp

>pF1KE1867 870
>gi568815597f:158253989_158456567 (Chr1)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-355  (100389-100685)   99% ->
356-625  (101312-101581)   100% ->
626-800  (101839-102013)   100% ->
801-870  (102510-102579)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCTCCTGTTCCTCCTCTTCGAGGGTCTCTGCTGTCCTGGGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCTCCTGTTCCTCCTCTTCGAGGGTCTCTGCTGTCCTGGGGAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TACAGCAG         CTCCCCAGGCTCTACAATCCTATCATCTAGCAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TACAGCAGGTA...CAGCTCCCCAGGCTCTACAATCCTATCATCTAGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGAGGAGCAGCTGTCCTTCCGCATGCTCCAAACTTCCTCCTTTGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100422 CAGAGGAGCAGCTGTCCTTCCGCATGCTCCAAACTTCCTCCTTTGCCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACAGCTGGGCACACAGTGAGGGCTCAGGATGGCTGGGTGACCTGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100472 CACAGCTGGGCACACAGTGAGGGCTCAGGATGGCTGGGTGACCTGCAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCATGGCTGGGACACTGTCTTGGGCACCATCCGCTTTCTGAAGCCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100522 TCATGGCTGGGACACTGTCTTGGGCACCATCCGCTTTCTGAAGCCCTGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCATGGAAACTTCAGCAAGCAGGAGCTGAAAAACTTACAGTCACTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100572 CCCATGGAAACTTCAGCAAGCAGGAGCTGAAAAACTTACAGTCACTGTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGTTATACTTCCATAGTTTTATCCGGATAGTGCAAGCTTCTGCTGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100622 CAGTTATACTTCCATAGTTTTATCCAGATAGTGCAAGCTTCTGCTGGTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ATTTCAGCTTGAAT         ACCCCTTCGAGATCCAGATATTAGCTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100672 ATTTCAGCTTGAATGTA...CAGACCCCTTCGAGATCCAGATATTAGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCTGTAGAATGAATGCCCCACAAATCTTCTTAAATATGGCATATCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101339 GCTGTAGAATGAATGCCCCACAAATCTTCTTAAATATGGCATATCAAGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCAGATTTCCTGAGTTTCCAAGGAATTTCCTGGGAGCCATCTCCAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101389 TCAGATTTCCTGAGTTTCCAAGGAATTTCCTGGGAGCCATCTCCAGGAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGGGATCCGGGCCCAGAACATCTGTAAAGTGCTCAATCGCTACCTAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101439 AGGGATCCGGGCCCAGAACATCTGTAAAGTGCTCAATCGCTACCTAGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTAAGGAAATACTGCAAAGCCTTCTTGGTCACACCTGCCCTCGATTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101489 TTAAGGAAATACTGCAAAGCCTTCTTGGTCACACCTGCCCTCGATTTCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCGGGGCTCATGGAAGCAGGGGAGTCAGAACTGAAACGGAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101539 GCGGGGCTCATGGAAGCAGGGGAGTCAGAACTGAAACGGAAAGGTG...T

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    626   TGAAGCCAGAGGCCTGGCTGTCCTGTGGCCCCAGTCCTGGCCCTGGCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101837 AGTGAAGCCAGAGGCCTGGCTGTCCTGTGGCCCCAGTCCTGGCCCTGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GTCTGCAGCTTGTGTGCCATGTCTCAGGATTCTACCCAAAGCCCGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101887 GTCTGCAGCTTGTGTGCCATGTCTCAGGATTCTACCCAAAGCCCGTGTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTGATGTGGATGCGGGGTGAGCAGGAGCAGCGGGGCACTCAGCGAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101937 GTGATGTGGATGCGGGGTGAGCAGGAGCAGCGGGGCACTCAGCGAGGGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CGTCCTGCCTAATGCTGACGAGACATG         GTGGATATTCCATC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 101987 CGTCCTGCCTAATGCTGACGAGACATGGTA...CAGGTGGATATTCCATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TTTCTCATCCTGATCTGTTTGACTGTGATAGTTACCCTGGTCATATTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102524 TTTCTCATCCTGATCTGTTTGACTGTGATAGTTACCCTGGTCATATTGGT

    900     .
    865 TGTAGT
        ||||||
 102574 TGTAGT