seq1 = pF1KE1864.tfa, 1155 bp
seq2 = pF1KE1864/gi568815592f_31303633.tfa (gi568815592f:31303633_31515133), 211501 bp

>pF1KE1864 1155
>gi568815592f:31303633_31515133 (Chr6)

1-70  (100001-100070)   98% ->
71-325  (106911-107165)   100% ->
326-613  (107440-107727)   98% ->
614-892  (108315-108593)   99% ->
893-1030  (108693-108828)   98% ->
1031-1155  (111380-111504)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCTGGGCCCGGTCTTCCTGCTTCTGGCTGGCATCTTCCCTTTTGC
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGCTGGGCCCGGTCTTTCTGCTTCTGGCTGGCATCTTCCCTTTTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCTCCGGGAGCTGCTGCTG         AGCCCCACAGTCTTCGTTATA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 ACCTCCGGGAGCTGCTGCTGGTG...CAGAGCCCCACAGTCTTCGTTATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCTCACGGTGCTGTCCTGGGATGGATCTGTGCAGTCAGGGTTTCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106932 ACCTCACGGTGCTGTCCTGGGATGGATCTGTGCAGTCAGGGTTTCTTGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGTACATCTGGATGGTCAGCCCTTCCTGCGCTATGACAGGCAGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106982 GAGGTACATCTGGATGGTCAGCCCTTCCTGCGCTATGACAGGCAGAAATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGGGCAAAGCCCCAGGGACAGTGGGCAGAAGATGTCCTGGGAAATAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107032 CAGGGCAAAGCCCCAGGGACAGTGGGCAGAAGATGTCCTGGGAAATAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CATGGGACAGAGAGACCAGGGACTTGACAGGGAACGGAAAGGACCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107082 CATGGGACAGAGAGACCAGGGACTTGACAGGGAACGGAAAGGACCTCAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATGACCCTGGCTCATATCAAGGACCAGAAAGAAG         GCTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 107132 ATGACCCTGGCTCATATCAAGGACCAGAAAGAAGGTG...CAGGCTTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTCCCTCCAGGAGATTAGGGTCTGTGAGATCCATGAAGACAACAGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107447 TTCCCTCCAGGAGATTAGGGTCTGTGAGATCCATGAAGACAACAGCACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGAGCTCCCAGCATTTCTACTACGATGGGGAGCTCTTCCTCTCCCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107497 GGAGCTCCCAGCATTTCTACTACGATGGGGAGCTCTTCCTCTCCCAAAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTGGAGACTGAGGAATGGACAGTGCCCCAGTCCTCCAGAGCTCAGACCTT
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107547 CTGGAGACTGAGGAATGGACAGTGCCCCAGTCCTCCAGAGCTCAGACCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGCCATGAACGTCAGGAATTTCTTGAAGGAAGATGCCATGAAGACCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107597 GGCCATGAACGTCAGGAATTTCTTGAAGGAAGATGCCATGAAGACCAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CACACTATCACGCTATGCATGCAGACTGCCTGCAGGAACTACGGCGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107647 CACACTATCACGCTATGCATGCAGACTGCCTGCAGGAACTACGGCGATAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTAGAATCCAGCGTAGTCCTGAGGAGAAGAG         TGCCCCCCAT
        ||||||||| |||||||||||||||||| ||>>>...>>>||||||||||
 107697 CTAGAATCCGGCGTAGTCCTGAGGAGAACAGGTA...CAGTGCCCCCCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGTGAATGTCACCCGCAGCGAGGCCTCAGAGGGCAACATCACCGTGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108325 GGTGAATGTCACCCGCAGCGAGGCCTCAGAGGGCAACATCACCGTGACAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCAGGGCTTCCAGCTTCTATCCCCGGAATATCACACTGACCTGGCGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 108375 GCAGGGCTTCCAGCTTCTATCCCCGGAATATCATACTGACCTGGCGTCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GATGGGGTATCTTTGAGCCACGACACCCAGCAGTGGGGGGATGTCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108425 GATGGGGTATCTTTGAGCCACGACACCCAGCAGTGGGGGGATGTCCTGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGATGGGAATGGAACCTACCAGACCTGGGTGGCCACCAGGATTTGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 108475 TGATGGGAATGGAACCTACCAGACCTGGGTGGCCACCAGGATTTGCCGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GAGAGGAGCAGAGGTTCACCTGCTACATGGAACACAGCGGGAATCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108525 GAGAGGAGCAGAGGTTCACCTGCTACATGGAACACAGCGGGAATCACAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ACTCACCCTGTGCCCTCTG         GGAAAGTGCTGGTGCTTCAGAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 108575 ACTCACCCTGTGCCCTCTGGTG...CAGGGAAAGTGCTGGTGCTTCAGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TCATTGGCAGACATTCCATGTTTCTGCTGTTGCTGCTGCTGCTGCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||--||||||||||
 108715 TCATTGGCAGACATTCCATGTTTCTGCTGTTGCTGCTG  GCTGCTGCTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TTTTTGTTATTATTATTTTCTATGTCCGTTGTTGTAAGAAGAAAACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108763 TTTTTGTTATTATTATTTTCTATGTCCGTTGTTGTAAGAAGAAAACATCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GCTGCAGAGGGTCCAG         AGCTCGTGAGCCTGCAGGTCCTGGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 108813 GCTGCAGAGGGTCCAGGTG...CAGAGCTCGTGAGCCTGCAGGTCCTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TCAACACCCAGTTGGGACGAGTGACCACAGGGATGCCACACAGCTCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111405 TCAACACCCAGTTGGGACGAGTGACCACAGGGATGCCACACAGCTCGGAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TTCAGCCTCTGATGTCAGCTCTTGGGTCCACTGGCTCCACTGAGGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 111455 TTCAGCCTCTGATGTCAGCTCTTGGGTCCACTGGCTCCACTGAGGGCACC