seq1 = pF1KE1863.tfa, 1146 bp
seq2 = pF1KE1863/gi568815579f_396500.tfa (gi568815579f:396500_604962), 208463 bp

>pF1KE1863 1146
>gi568815579f:396500_604962 (Chr19)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-337  (101334-101618)   100% ->
338-667  (101997-102326)   100% ->
668-928  (105170-105430)   100% ->
929-1146  (108246-108463)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTTCGGACTGGCCCTCCTGCTGGCGGGGCTTCTGGGGCTCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTTCGGACTGGCCCTCCTGCTGGCGGGGCTTCTGGGGCTCCTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CG         GCCAGTCCCTCCAGGTGAAGCCCCTGCAGGTGGAGCCCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGTG...CAGGCCAGTCCCTCCAGGTGAAGCCCCTGCAGGTGGAGCCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGAGCCGGTGGTGGCCGTGGCCTTGGGCGCCTCGCGCCAGCTCACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101373 CGGAGCCGGTGGTGGCCGTGGCCTTGGGCGCCTCGCGCCAGCTCACCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGCCTGGCCTGCGCGGACCGCGGGGCCTCGGTGCAGTGGCGGGGCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101423 CGCCTGGCCTGCGCGGACCGCGGGGCCTCGGTGCAGTGGCGGGGCCTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACCAGCCTGGGCGCGGTGCAGTCGGACACGGGCCGCAGCGTCCTCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101473 CACCAGCCTGGGCGCGGTGCAGTCGGACACGGGCCGCAGCGTCCTCACCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCGCAACGCCTCGCTGTCGGCGGCCGGGACCCGCGTGTGCGTGGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101523 TGCGCAACGCCTCGCTGTCGGCGGCCGGGACCCGCGTGTGCGTGGGCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGCGGGGGCCGCACCTTCCAGCACACCGTGCAGCTCCTTGTGTACG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101573 TGCGGGGGCCGCACCTTCCAGCACACCGTGCAGCTCCTTGTGTACGGTG.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    338      CCTTCCCGGACCAGCTGACCGTCTCCCCAGCAGCCCTGGTGCCTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101623 ..CAGCCTTCCCGGACCAGCTGACCGTCTCCCCAGCAGCCCTGGTGCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTGACCCGGAGGTGGCCTGTACGGCCCACAAAGTCACGCCCGTGGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102042 GTGACCCGGAGGTGGCCTGTACGGCCCACAAAGTCACGCCCGTGGACCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AACGCGCTCTCCTTCTCCCTGCTCGTCGGGGGCCAGGAACTGGAGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102092 AACGCGCTCTCCTTCTCCCTGCTCGTCGGGGGCCAGGAACTGGAGGGGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCAAGCCCTGGGCCCGGAGGTGCAGGAGGAGGAGGAGGAGCCCCAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102142 GCAAGCCCTGGGCCCGGAGGTGCAGGAGGAGGAGGAGGAGCCCCAGGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACGAGGACGTGCTGTTCAGGGTGACAGAGCGCTGGCGGCTGCCGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102192 ACGAGGACGTGCTGTTCAGGGTGACAGAGCGCTGGCGGCTGCCGCCCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGGACCCCTGTCCCGCCCGCCCTCTACTGCCAGGCCACGATGAGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102242 GGGACCCCTGTCCCGCCCGCCCTCTACTGCCAGGCCACGATGAGGCTGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGGCTTGGAGCTCAGCCACCGCCAGGCCATCCCCG         TCCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 102292 TGGCTTGGAGCTCAGCCACCGCCAGGCCATCCCCGGTG...CAGTCCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACAGCCCGACCTCCCCGGAGCCTCCCGACACCACCTCCCCGGAGTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105176 ACAGCCCGACCTCCCCGGAGCCTCCCGACACCACCTCCCCGGAGTCTCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GACACCACCTCCCCGGAGTCTCCCGACACCACCTCCCAGGAGCCTCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105226 GACACCACCTCCCCGGAGTCTCCCGACACCACCTCCCAGGAGCCTCCCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CACCACCTCCCCGGAGCCTCCCGACAAGACCTCCCCGGAGCCCGCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105276 CACCACCTCCCCGGAGCCTCCCGACAAGACCTCCCCGGAGCCCGCCCCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AGCAGGGCTCCACACACACCCCCAGGAGCCCAGGCTCCACCAGGACTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105326 AGCAGGGCTCCACACACACCCCCAGGAGCCCAGGCTCCACCAGGACTCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CGCCCTGAGATCTCCCAGGCTGGGCCCACGCAGGGAGAAGTGATCCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105376 CGCCCTGAGATCTCCCAGGCTGGGCCCACGCAGGGAGAAGTGATCCCAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 AGGCT         CGTCCAAACCTGCGGGTGACCAGCTGCCCGCGGCTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105426 AGGCTGTG...CAGCGTCCAAACCTGCGGGTGACCAGCTGCCCGCGGCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGTGGACCAGCAGTGCGGTGCTGGGACTGCTGCTCCTGGCCTTGCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108282 TGTGGACCAGCAGTGCGGTGCTGGGACTGCTGCTCCTGGCCTTGCCCACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TATCACCTCTGGAAACGCTGCCGGCACCTGGCTGAGGACGACACCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108332 TATCACCTCTGGAAACGCTGCCGGCACCTGGCTGAGGACGACACCCACCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 ACCAGCTTCTCTGAGGCTTCTGCCCCAGGTGTCGGCCTGGGCTGGGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108382 ACCAGCTTCTCTGAGGCTTCTGCCCCAGGTGTCGGCCTGGGCTGGGTTAA

   1150     .    :    .    :    .    :
   1115 GGGGGACCGGCCAGGTCGGGATCAGCCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 108432 GGGGGACCGGCCAGGTCGGGATCAGCCCCTCC