seq1 = pF1KE1861.tfa, 1140 bp
seq2 = pF1KE1861/gi568815595r_55370095.tfa (gi568815595r:55370095_55580920), 210826 bp

>pF1KE1861 1140
>gi568815595r:55370095_55580920 (Chr3)

(complement)

1-140  (99997-100136)   97% ->
141-391  (101357-101607)   100% ->
392-684  (106292-106584)   100% ->
685-1140  (110371-110826)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAAGTCCATTGGAATATTAAGCCCAGGAGTTGCTTTGGGGATGGC
         |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 CTCCAGAAGTCCATTGGAATATTAAGCCCAGGAGTTGCTTTGGGGATGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGAAGTGCAATGTCTTCCAAGTTCTTCCTAGTGGCTTTGGCCATATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100047 TGGAAGTGCAATGTCTTCCAAGTTCTTCCTAGTGGCTTTGGCCATATTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTCCTTCGCCCAGGTTGTAATTGAAGCCAATTCTTGGTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100097 TCTCCTTCGCCCAGGTTGTAATTGAAGCCAATTCTTGGTGGTA...CAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCGCTAGGTATGAATAACCCTGTTCAGATGTCAGAAGTATATATTATAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101358 TCGCTAGGTATGAATAACCCTGTTCAGATGTCAGAAGTATATATTATAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCACAGCCTCTCTGCAGCCAACTGGCAGGACTTTCTCAAGGACAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101408 AGCACAGCCTCTCTGCAGCCAACTGGCAGGACTTTCTCAAGGACAGAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AACTGTGCCACTTGTATCAGGACCACATGCAGTACATCGGAGAAGGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101458 AACTGTGCCACTTGTATCAGGACCACATGCAGTACATCGGAGAAGGCGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGACAGGCATCAAAGAATGCCAGTATCAATTCCGACATCGAAGGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101508 AAGACAGGCATCAAAGAATGCCAGTATCAATTCCGACATCGAAGGTGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTGCAGCACTGTGGATAACACCTCTGTTTTTGGCAGGGTGATGCAGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101558 CTGCAGCACTGTGGATAACACCTCTGTTTTTGGCAGGGTGATGCAGATAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392          GCAGCCGCGAGACGGCCTTCACATACGCGGTGAGCGCAGCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101608 GTA...CAGGCAGCCGCGAGACGGCCTTCACATACGCGGTGAGCGCAGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGGGTGGTGAACGCCATGAGCCGGGCGTGCCGCGAGGGCGAGCTGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106333 GGGGTGGTGAACGCCATGAGCCGGGCGTGCCGCGAGGGCGAGCTGTCCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTGCGGCTGCAGCCGCGCCGCGCGCCCCAAGGACCTGCCGCGGGACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106383 CTGCGGCTGCAGCCGCGCCGCGCGCCCCAAGGACCTGCCGCGGGACTGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCTGGGGCGGCTGCGGCGACAACATCGACTATGGCTACCGCTTTGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106433 TCTGGGGCGGCTGCGGCGACAACATCGACTATGGCTACCGCTTTGCCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAGTTCGTGGACGCCCGCGAGCGGGAGCGCATCCACGCCAAGGGCTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106483 GAGTTCGTGGACGCCCGCGAGCGGGAGCGCATCCACGCCAAGGGCTCCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CGAGAGTGCTCGCATCCTCATGAACCTGCACAACAACGAGGCCGGCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106533 CGAGAGTGCTCGCATCCTCATGAACCTGCACAACAACGAGGCCGGCCGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GG         ACGGTGTACAACCTGGCTGATGTGGCCTGCAAGTGCCAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106583 GGGTG...CAGACGGTGTACAACCTGGCTGATGTGGCCTGCAAGTGCCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGGGTGTCCGGCTCATGTAGCCTGAAGACATGCTGGCTGCAGCTGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110410 GGGGTGTCCGGCTCATGTAGCCTGAAGACATGCTGGCTGCAGCTGGCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CTTCCGCAAGGTGGGTGATGCCCTGAAGGAGAAGTACGACAGCGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110460 CTTCCGCAAGGTGGGTGATGCCCTGAAGGAGAAGTACGACAGCGCGGCGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CCATGCGGCTCAACAGCCGGGGCAAGTTGGTACAGGTCAACAGCCGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110510 CCATGCGGCTCAACAGCCGGGGCAAGTTGGTACAGGTCAACAGCCGCTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AACTCGCCCACCACACAAGACCTGGTCTACATCGACCCCAGCCCTGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110560 AACTCGCCCACCACACAAGACCTGGTCTACATCGACCCCAGCCCTGACTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CTGCGTGCGCAATGAGAGCACCGGCTCGCTGGGCACGCAGGGCCGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110610 CTGCGTGCGCAATGAGAGCACCGGCTCGCTGGGCACGCAGGGCCGCCTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GCAACAAGACGTCGGAGGGCATGGATGGCTGCGAGCTCATGTGCTGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110660 GCAACAAGACGTCGGAGGGCATGGATGGCTGCGAGCTCATGTGCTGCGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CGTGGCTACGACCAGTTCAAGACCGTGCAGACGGAGCGCTGCCACTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110710 CGTGGCTACGACCAGTTCAAGACCGTGCAGACGGAGCGCTGCCACTGCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GTTCCACTGGTGCTGCTACGTCAAGTGCAAGAAGTGCACGGAGATCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110760 GTTCCACTGGTGCTGCTACGTCAAGTGCAAGAAGTGCACGGAGATCGTGG

   1150     .    :    .
   1124 ACCAGTTTGTGTGCAAG
        |||||||||||||||||
 110810 ACCAGTTTGTGTGCAAG