seq1 = pF1KE1860.tfa, 1140 bp
seq2 = pF1KE1860/gi568815579f_45417661.tfa (gi568815579f:45417661_45626003), 208343 bp

>pF1KE1860 1140
>gi568815579f:45417661_45626003 (Chr19)

1-177  (99997-100174)   98% ->
178-343  (100269-100434)   100% ->
344-428  (103662-103746)   100% ->
429-478  (104508-104557)   100% ->
479-720  (104680-104921)   100% ->
721-821  (105058-105158)   100% ->
822-873  (105984-106035)   100% ->
874-910  (106181-106217)   100% ->
911-956  (106437-106482)   100% ->
957-1047  (106910-107000)   100% ->
1048-1105  (108286-108343)   100% ->
1106-1140  (108480-108514)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATG AGCGAGACGGTCATCTGTTCCAGCCGGGCCACTGTGATGCTTTATG
         ||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 CTGCAGCGAGACGGTCATCTGTTCCAGCCGGGCCACTGTGATGCTTTATG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 ATGATGGCAACAAGCGATGGCTCCCTGCTGGCACGGGTCCCCAGGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100047 ATGATGGCAACAAGCGATGGCTCCCTGCTGGCACGGGTCCCCAGGCCTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 AGCCGCGTCCAGATCTACCACAACCCCACGGCCAATTCCTTTCGCGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100097 AGCCGCGTCCAGATCTACCACAACCCCACGGCCAATTCCTTTCGCGTCGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150 GGGCCGGAAGATGCAGCCCGACCAGCAG         GTGGTCATCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100147 GGGCCGGAAGATGCAGCCCGACCAGCAGGTG...CAGGTGGTCATCAACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 GTGCCATCGTCCGGGGTGTCAAGTATAACCAGGCCACCCCCAACTTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100282 GTGCCATCGTCCGGGGTGTCAAGTATAACCAGGCCACCCCCAACTTCCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241 CAGTGGCGCGACGCTCGCCAGGTCTGGGGCCTCAACTTCGGCAGCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100332 CAGTGGCGCGACGCTCGCCAGGTCTGGGGCCTCAACTTCGGCAGCAAGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291 GGATGCGGCCCAGTTTGCCGCCGGCATGGCCAGTGCCCTAGAGGCGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100382 GGATGCGGCCCAGTTTGCCGCCGGCATGGCCAGTGCCCTAGAGGCGTTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    341 AAG         GAGGTGGGCCCCCTCCACCCCCAGCACTTCCCACCTGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100432 AAGGTC...CAGGAGGTGGGCCCCCTCCACCCCCAGCACTTCCCACCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    382 TCGGTCCCGAACGGCCCCTCCCCGGAGGAGGTGGAGCAGCAGAAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103700 TCGGTCCCGAACGGCCCCTCCCCGGAGGAGGTGGAGCAGCAGAAAAGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    429       GCAGCAGCCCGGCCCGTCGGAGCACATAGAGCGCCGGGTCTCCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103750 ...CAGGCAGCAGCCCGGCCCGTCGGAGCACATAGAGCGCCGGGTCTCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473 ATGCAG         GAGGCCCACCTGCTCCCCCCGCTGGGGGTCCACCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104552 ATGCAGGTG...CAGGAGGCCCACCTGCTCCCCCCGCTGGGGGTCCACCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    514 CCACCACCAGGACCTCCCCCTCCTCCAGGTCCCCCCCCACCCCCAGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104715 CCACCACCAGGACCTCCCCCTCCTCCAGGTCCCCCCCCACCCCCAGGTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    564 GCCCCCTTCGGGGGTCCCAGCTGCAGCGCACGGAGCAGGGGGAGGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104765 GCCCCCTTCGGGGGTCCCAGCTGCAGCGCACGGAGCAGGGGGAGGACCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    614 CCCCTGCACCCCCTCTCCCGGCAGCACAGGGCCCTGGTGGTGGGGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104815 CCCCTGCACCCCCTCTCCCGGCAGCACAGGGCCCTGGTGGTGGGGGAGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    664 GGGGCCCCAGGCCTGGCCGCAGCTATTGCTGGAGCCAAACTCAGGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104865 GGGGCCCCAGGCCTGGCCGCAGCTATTGCTGGAGCCAAACTCAGGAAAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    714 CAGCAAG         CAGGAGGAGGCCTCAGGGGGGCCCACAGCCCCCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104915 CAGCAAGGTG...CAGCAGGAGGAGGCCTCAGGGGGGCCCACAGCCCCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    755 AAGCTGAGAGTGGTCGAAGCGGAGGTGGGGGACTCATGGAAGAGATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105092 AAGCTGAGAGTGGTCGAAGCGGAGGTGGGGGACTCATGGAAGAGATGAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    805 GCCATGCTGGCCCGGAG         AAGGAAAGCCACGCAAGTTGGGGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 105142 GCCATGCTGGCCCGGAGGTG...CAGAAGGAAAGCCACGCAAGTTGGGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    846 GAAAACCCCCAAGGATGAATCTGCCAAT         CAGGAGGAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 106008 GAAAACCCCCAAGGATGAATCTGCCAATGTA...CAGCAGGAGGAGCCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    887 AGGCCAGAGTCCCGGCCCAGAGTG         AATCTGTGCGGAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 106194 AGGCCAGAGTCCCGGCCCAGAGTGGTG...CAGAATCTGTGCGGAGACCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    928 TGGGAGAAGAACAGCACAACCTTGCCAAG         GATGAAGTCGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 106454 TGGGAGAAGAACAGCACAACCTTGCCAAGGTA...CAGGATGAAGTCGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    969 TTCTTCGGTGACCACTTCCGAGACCCAACCCTGCACGCCCAGCTCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106922 TTCTTCGGTGACCACTTCCGAGACCCAACCCTGCACGCCCAGCTCCAGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1019 ATTACTCGGACCTACAGAGGGTGAAACAG         GAGCTTCTGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 106972 ATTACTCGGACCTACAGAGGGTGAAACAGGTA...TAGGAGCTTCTGGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1060 GAGGTGAAGAAGGAATTGCAGAAAGTGAAAGAGGAAATCATTGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108298 GAGGTGAAGAAGGAATTGCAGAAAGTGAAAGAGGAAATCATTGAAGGTG.

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :
   1106      CCTTCGTCCAGGAGCTGAGGAAGCGGGGTTCTCCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108348 ..CAGCCTTCGTCCAGGAGCTGAGGAAGCGGGGTTCTCCC