seq1 = pF1KE1859.tfa, 1137 bp
seq2 = pF1KE1859/gi568815590f_42956347.tfa (gi568815590f:42956347_43185279), 228933 bp

>pF1KE1859 1137
>gi568815590f:42956347_43185279 (Chr8)

1-200  (100001-100200)   100% ->
201-286  (102746-102831)   100% ->
287-401  (107755-107869)   100% ->
402-506  (113209-113313)   100% ->
507-633  (115835-115961)   100% ->
634-782  (120870-121018)   100% ->
783-845  (126772-126834)   100% ->
846-1017  (128364-128535)   100% ->
1018-1137  (128814-128933)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCACCGAGGGGGTCGGGGAGGCTGCGCAAGGGGGCGAGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCCACCGAGGGGGTCGGGGAGGCTGCGCAAGGGGGCGAGCCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCCGGCGCAACCCCCGCCCCAGCCGCACCCACCGCCGCCCCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGCCGGCGCAACCCCCGCCCCAGCCGCACCCACCGCCGCCCCAGCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCACAAGGAAGAGATGGCGGCCGAGGCTGGGGAAGCCGTGGCGTCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCACAAGGAAGAGATGGCGGCCGAGGCTGGGGAAGCCGTGGCGTCCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGGACGACGGGTTTGTGAGCCTGGACTCGCCCTCCTATGTCCTGTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGGACGACGGGTTTGTGAGCCTGGACTCGCCCTCCTATGTCCTGTACAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201          GGACAGAGCAGAATGGGCTGATATAGATCCGGTGCCGCAGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTA...CAGGGACAGAGCAGAATGGGCTGATATAGATCCGGTGCCGCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGATGGCCCCAATCCCGTGGTCCAGATCATTTATAGTGACAAAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102787 ATGATGGCCCCAATCCCGTGGTCCAGATCATTTATAGTGACAAATGTA..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    287     TTAGAGATGTTTATGATTACTTCCGAGCTGTCCTGCAGCGTGATGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102837 .TAGTTAGAGATGTTTATGATTACTTCCGAGCTGTCCTGCAGCGTGATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAGAAGTGAACGAGCTTTTAAGCTAACCCGGGATGCTATTGAGTTAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107801 AAGAAGTGAACGAGCTTTTAAGCTAACCCGGGATGCTATTGAGTTAAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGCCAATTATACAGTGTG         GCATTTCCGGAGAGTTCTTTTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 107851 CAGCCAATTATACAGTGTGGTA...TAGGCATTTCCGGAGAGTTCTTTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGTCACTTCAGAAGGATCTACATGAGGAAATGAACTACATCACTGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113231 AAGTCACTTCAGAAGGATCTACATGAGGAAATGAACTACATCACTGCAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AATTGAGGAGCAGCCCAAAAACTATCAAGTTTG         GCATCATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 113281 AATTGAGGAGCAGCCCAAAAACTATCAAGTTTGGTA...TAGGCATCATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGCGAGTATTAGTGGAATGGCTAAGAGATCCATCTCAGGAGCTTGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115843 GGCGAGTATTAGTGGAATGGCTAAGAGATCCATCTCAGGAGCTTGAATTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATTGCTGATATTCTTAATCAGGATGCAAAGAATTATCATGCCTGGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115893 ATTGCTGATATTCTTAATCAGGATGCAAAGAATTATCATGCCTGGCAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCGACAATGGGTTATTCAG         GAATTTAAACTTTGGGATAATG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 115943 TCGACAATGGGTTATTCAGGTA...TAGGAATTTAAACTTTGGGATAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGCTGCAGTATGTGGACCAACTTCTGAAAGAGGATGTGAGAAATAACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120892 AGCTGCAGTATGTGGACCAACTTCTGAAAGAGGATGTGAGAAATAACTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTCTGGAACCAAAGATACTTCGTTATTTCTAACACCACTGGCTACAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120942 GTCTGGAACCAAAGATACTTCGTTATTTCTAACACCACTGGCTACAATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TCGTGCTGTATTGGAGAGAGAAGTCCA         ATACACTCTGGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 120992 TCGTGCTGTATTGGAGAGAGAAGTCCAGTT...CAGATACACTCTGGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGATTAAACTAGTACCACATAATGAAAGTGCATGGAACTATTTGAAAGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 126786 TGATTAAACTAGTACCACATAATGAAAGTGCATGGAACTATTTGAAAGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    846         GATTTTGCAGGATCGTGGTCTTTCCAAATATCCTAATCTGTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126836 TA...CAGGATTTTGCAGGATCGTGGTCTTTCCAAATATCCTAATCTGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AAATCAATTACTTGATTTACAACCAAGTCATAGTTCCCCCTACCTAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128406 AAATCAATTACTTGATTTACAACCAAGTCATAGTTCCCCCTACCTAATTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCTTTCTTGTGGATATCTATGAAGACATGCTAGAAAATCAGTGTGACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128456 CCTTTCTTGTGGATATCTATGAAGACATGCTAGAAAATCAGTGTGACAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAGGAAGACATTCTTAATAAAGCATTAGAG         TTATGTGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 128506 AAGGAAGACATTCTTAATAAAGCATTAGAGGTA...CAGTTATGTGAAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCTAGCTAAAGAAAAGGACACTATAAGAAAGGAATATTGGAGATACATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128825 CCTAGCTAAAGAAAAGGACACTATAAGAAAGGAATATTGGAGATACATTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GAAGATCCCTTCAAAGCAAACACAGCACAGAAAATGACTCACCAACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128875 GAAGATCCCTTCAAAGCAAACACAGCACAGAAAATGACTCACCAACAAAT

   1200     .
   1129 GTACAGCAA
        |||||||||
 128925 GTACAGCAA